CuGenDBv2

Gene ID	PI0028886
Organism	Cucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome location	chr11:9260027..9261297
RNA-Seq Expression	PI0028886
Synteny	PI0028886
Gene Ontology terms	GO:0009416 - response to light stimulus (biological process) GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009522 - photosystem I (cellular component) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG6570576.1 hypothetical protein SDJN03_29491, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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A0A5D3DVR3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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P04783 Chlorophyll a-b binding protein 91R, chloroplastic

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P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic

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P12333 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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P27491 Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic

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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic

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Arabidopsis top hits

e value

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AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 3

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Show/hide

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        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP AS++LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 2

1.8e-137

88.43

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP AS++LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 1

4.7e-138

88.81

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+ AG+AVKLSP AS++LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B2

6.8e-137

88.81

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MA+S+MALSSP+ AG+AVK  P ASD+LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B1

1.2e-136

88.43

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+L G+AVKLSP AS++ G GRITMRK +    P  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCAGCTTCATCCATGGCTCTCTCCTCCCCATCTCTCGCCGGCCAAGCCGTCAAATTATCCCCCACCGCCTCCGACCTCCTCGGCGAAGGCCGCATCACCATGAGAAA
AACCGCCGGAAAGCCCAAGCCCGTTTCCTCCGGTAGCCCATGGTACGGCCCCGATCGTGTCAAATACCTAGGCCCATTCTCTGGCGAACCCCCATCTTATCTAACCGGAG
AATTCCCGGGTGACTATGGTTGGGACACTGCTGGCCTCTCCGCCGACCCCGAAACCTTCGCCAAAAATCGTGAACTTGAAGTAATCCACTCGAGATGGGCCATGCTTGGA
GCCTTAGGCTGTGTATTCCCCGAGCTCCTCTCTCGCAACGGAGTCAAATTCGGCGAGGCTGTGTGGTTCAAAGCTGGATCCCAAATCTTCAGCGAAGGTGGTCTCGACTA
TTTGGGAAACCCAAGTTTGGTTCATGCCCAAAGCATTCTAGCTATTTGGGCTTGTCAAGTAGTGCTCATGGGTGCGGTGGAAGGCTACAGAATTGCTGGCGGTCCGTTGG
GTGAAATCACAGACCCGATTTATCCAGGTGGGAGCTTTGATCCATTGGGACTGGCAGATGATCCAGAGGCATTTGCGGAATTGAAAGTGAAGGAGCTTAAGAATGGAAGA
TTGGCTATGTTTTCGATGTTTGGATTTTTCGTACAAGCAATTGTAACTGGAAAAGGGCCGTTGGAGAATTTGGCTGATCATTTAGCTGACCCTGTTAACAACAATGCTTG
GGCATATGCTACTAACTTTGTACCTGGAAAGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TAGAGATCTCATCAAGATAAGGACCCTATTCTCTTCATCTATAAAACAAAAACAAATCAAACCCTCAGTTCATTCATTCAAAACGAAAAGTACTCAAAATCAAACTAACA
CATACGATGGCAGCTTCATCCATGGCTCTCTCCTCCCCATCTCTCGCCGGCCAAGCCGTCAAATTATCCCCCACCGCCTCCGACCTCCTCGGCGAAGGCCGCATCACCAT
GAGAAAAACCGCCGGAAAGCCCAAGCCCGTTTCCTCCGGTAGCCCATGGTACGGCCCCGATCGTGTCAAATACCTAGGCCCATTCTCTGGCGAACCCCCATCTTATCTAA
CCGGAGAATTCCCGGGTGACTATGGTTGGGACACTGCTGGCCTCTCCGCCGACCCCGAAACCTTCGCCAAAAATCGTGAACTTGAAGTAATCCACTCGAGATGGGCCATG
CTTGGAGCCTTAGGCTGTGTATTCCCCGAGCTCCTCTCTCGCAACGGAGTCAAATTCGGCGAGGCTGTGTGGTTCAAAGCTGGATCCCAAATCTTCAGCGAAGGTGGTCT
CGACTATTTGGGAAACCCAAGTTTGGTTCATGCCCAAAGCATTCTAGCTATTTGGGCTTGTCAAGTAGTGCTCATGGGTGCGGTGGAAGGCTACAGAATTGCTGGCGGTC
CGTTGGGTGAAATCACAGACCCGATTTATCCAGGTGGGAGCTTTGATCCATTGGGACTGGCAGATGATCCAGAGGCATTTGCGGAATTGAAAGTGAAGGAGCTTAAGAAT
GGAAGATTGGCTATGTTTTCGATGTTTGGATTTTTCGTACAAGCAATTGTAACTGGAAAAGGGCCGTTGGAGAATTTGGCTGATCATTTAGCTGACCCTGTTAACAACAA
TGCTTGGGCATATGCTACTAACTTTGTACCTGGAAAGTGAGGTGTAACTTGTTAGTGTGTGTGTGTGTTCTTGTGGCCAGGGATTCTTGTTTTAATGCATGTTTTTGTAA
TGTGTTTGTTTGTTAATGAAATTATGAACTTTTGAATTGGGTGTGTGTTGTGAATGTAAAGTAGAGTTGGAATTTTGTTGAATTTCTTTTTCGCGGTTTGAACAATCAAT
CCCTTTAACTACATTTTGAAGAAAAGTAGGGTTAGAGATCTATTGGATTTCACCTTAGTGTTTAGATTATTAAGTACTCTAAAACAAATCTATTTTATGTAATGCATGAT
TTAAGATTTTTACTTCAAAACATCATCACAATGAAATGATTTAGTAAAGAAGGTTAAAATA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLG
ALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGR
LAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

PI0028886 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome