CuGenDBv2

Gene ID	PI0029147
Organism	Cucumis metuliferus PI 482460 (Melon (PI 482460) v1)
Description	DNA repair REX1-B protein
Genome location	chr10:20839029..20841365
RNA-Seq Expression	PI0029147
Synteny	PI0029147
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR039491 - Required for excision 1-B domain-containing protein

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004135056.1 uncharacterized protein LOC101210078 [Cucumis sativus]

1.9e-101

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XP_008446706.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103489347 [Cucumis melo]

2.8e-100

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XP_022945518.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita moschata]

1.4e-91

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XP_023541138.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita pepo subsp. pepo]

1.1e-91

88.94

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XP_038892275.1 uncharacterized protein LOC120081463 [Benincasa hispida]

1.0e-94

91.75

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TrEMBL top hits

e value

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Alignment

A0A0A0KUN3 Uncharacterized protein

9.4e-102

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A0A1S3BGI9 uncharacterized protein LOC103489347

1.4e-100

97.54

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A0A5D3CFT2 Uncharacterized protein

1.4e-100

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A0A6J1G147 uncharacterized protein C19orf60 homolog

6.7e-92

88.94

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A0A6J1HYI6 uncharacterized protein C19orf60 homolog

6.7e-92

88.94

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        EI ALEDK
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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q17Q97 Required for excision 1-B domain-containing protein

5.1e-04

29.9

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        L+++  ++Q  RA+A+ +L+ G  +Y++SG       Y+    E+T  F+  S++V+ +E+    P    L LA+ +RS+Q+ E+ +L   A +QL+
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G04910.1 unknown protein

3.3e-67

62.21

Show/hide

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        EDF+KK+SL + +  D   +                 +S TL LLR  LEIQQRRA+AY+ LK GF EY+ SG E  YQ+LCSEITTEFS CSKQV ++E
Subjt:  EDFEKKLSLDEQMEEDRRTD-----------------SSNTLSLLRQFLEIQQRRAEAYSKLKRGFDEYMTSGREISYQQLCSEITTEFSNCSKQVIDIE

Query:  SNFRSPDHNRLELANLLRSVQEQEKQKLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFNAPREHECVHVHEITEASGTEEAEADAEYDNALKEAIKGVQDAVT
        S F +P+  R +LA LL  +Q QEKQKLHLT  IQ+LKKAGRPSER+++HENC+F  P +HECVH+HEITEA+GTEEAEADAE+DNALKEAI+GVQDAVT
Subjt:  SNFRSPDHNRLELANLLRSVQEQEKQKLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFNAPREHECVHVHEITEASGTEEAEADAEYDNALKEAIKGVQDAVT

Query:  TINEHMEEVRYEIEALE
        +INE++E++RYEIEALE
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGAAGATTTTGAGAAGAAACTCTCTCTCGATGAACAAATGGAGGAAGACCGGAGAACCGATTCCTCTAACACTCTCTCTTTGCTCCGCCAGTTTCTCGAAATCCAGCA
GCGTAGAGCTGAAGCTTATTCCAAGCTCAAAAGGGGGTTCGATGAGTATATGACTTCAGGAAGGGAGATATCTTACCAACAGCTTTGCAGTGAGATCACTACGGAATTCA
GTAATTGCTCTAAACAAGTCATTGACATCGAATCGAATTTCCGGAGTCCAGATCATAACAGGCTCGAGTTAGCCAACCTGCTTAGATCTGTTCAAGAACAAGAAAAGCAG
AAATTGCACCTGACAGCTCAAATTCAGTTATTGAAGAAGGCTGGCCGCCCATCAGAGCGCTTGGTGAGCCACGAGAATTGTAGATTCAATGCACCTCGAGAGCACGAGTG
TGTGCATGTCCATGAGATAACTGAAGCTTCGGGTACCGAGGAAGCAGAAGCAGATGCGGAATACGACAATGCTCTAAAGGAAGCAATCAAAGGTGTGCAGGATGCTGTGA
CGACCATAAATGAGCACATGGAGGAAGTGAGATATGAGATCGAAGCTCTTGAAGATAAGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MEDFEKKLSLDEQMEEDRRTDSSNTLSLLRQFLEIQQRRAEAYSKLKRGFDEYMTSGREISYQQLCSEITTEFSNCSKQVIDIESNFRSPDHNRLELANLLRSVQEQEKQ
KLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFNAPREHECVHVHEITEASGTEEAEADAEYDNALKEAIKGVQDAVTTINEHMEEVRYEIEALEDK

PI0029147 (gene) of Melon (PI 482460) v1 genome