CuGenDBv2

Gene ID	Pay0001908
Organism	Cucumis melo var. inodorus cv. Payzawat (Melon (Payzawat) v1)
Description	Retrotransposon protein
Genome location	chr10:17750070..17750390
RNA-Seq Expression	Pay0001908
Synteny	Pay0001908
Gene Ontology terms	GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain

Homology

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KAA0048281.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

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TYK30259.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

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XP_008454869.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103495178 [Cucumis melo]

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TrEMBL top hits

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A0A1S3C0S2 uncharacterized protein LOC103495178

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A0A5A7U3Z5 Retrotransposon protein

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A0A5A7UGH9 Retrotransposon protein

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A0A5A7VJU7 Putative nuclease HARBI1

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A0A5D3E392 Retrotransposon protein

2.2e-54

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SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

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AT5G12010.1 unknown protein

2.1e-04

38.3

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        K S  + V +  FG LKGRWA L++++   ++     + ACC+LHN+
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AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)

3.4e-07

29.57

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        ++H S RNVIER FG+ K R+AI +    +  + Q   +  C  LHN + +E  +             D+V+N     +T+     + L   +   E T 
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         WR  +AE+M   WK
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AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)

1.1e-05

39.22

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        +H      I RTFG LK R+ IL     YP++ Q + + A C LHN +  E
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

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ATGAAGCATTCATCTGCTCGTAATGTAATCGAAAGAACATTTGGTGTCTTGAAGGGTCGATGGGCGATACTGCGGGAAAAGTCATACTACCCTGTAGAAGTCCAATGTCG
TACAATATTTGCGTGTTGTCTCCTCCACAACCTTATCAATAGAGAGATGACAACCTTTGATATAGTGGACAACATAGATGAGGTTGATTCCACCCACGTGACTAGTGTCG
CCGATGACTTACATTACATAGAGACGTCCAATGAGTGGACTCGGTGGAGAGACGACCTTGCTGAAGAAATGTTTAGTAAATGGAAGTTGCGTAACCAGTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MKHSSARNVIERTFGVLKGRWAILREKSYYPVEVQCRTIFACCLLHNLINREMTTFDIVDNIDEVDSTHVTSVADDLHYIETSNEWTRWRDDLAEEMFSKWKLRNQ

Pay0001908 (gene) of Melon (Payzawat) v1 genome