CuGenDBv2

Gene ID	Pay0010785
Organism	Cucumis melo var. inodorus cv. Payzawat (Melon (Payzawat) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	chr08:30362414..30364706
RNA-Seq Expression	Pay0010785
Synteny	Pay0010785
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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QBA97746.1 tubulin beta chain [Cucurbita pepo]

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        MREILH+QGGQCGNQIGAKFWEVVCAEHGID TG+Y GDSDLQLERINVYYNEASCGR+VPRAVLMDLEPGTMDS+RSG YGQ FRPDNFVFGQSGAGNN
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        WAKGHYTEGAELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
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Query:  VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMM
        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYR+LTVPELTQQMWD+KNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMLNVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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Query:  EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDE-YYEEEDD
        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA++E  YE+E++
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Sequences

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CDS sequence

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GGGAGATTCCGATCTTCAGCTTGAGAGGATCAATGTTTACTACAATGAAGCCAGTTGTGGTAGGTATGTACCTCGTGCCGTTCTTATGGATCTTGAGCCTGGTACTATGG
ATAGTATCAGATCTGGTCTTTATGGACAGATCTTTAGGCCCGATAACTTTGTTTTCGGTCAATCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCTAAAGGTCATTACACTGAAGGTGCT
GAACTTATTGATTCCGTTCTCGATGTTGTACGCAAGGAGGCCGAGAATTGTGATTGCTTGCAAGGGTTTCAGGTGTGCCACTCTCTAGGAGGAGGAACTGGATCTGGAAT
GGGAACTCTTTTGATTTCCAAGATTAGAGAAGAATACCCCGACAGGATGATGCTTACCTTCTCTGTCTTTCCATCTCCCAAAGTGTCTGATACTGTTGTTGAACCTTACA
ACGCTACTCTATCAGTTCATCAACTAGTTGAAAATGCAGATGAGTGCATGGTTCTTGACAACGAAGCTCTTTATGATATCTGCTTCCGTACTCTCAAGCTCACCACTCCA
AGCTTTGGTGATTTGAACCATTTGATCTCTGCAACAATGTCCGGTGTGACTTGCTGTTTGAGATTCCCGGGACAACTCAACTCCGATCTCAGAAAGCTAGCCGTTAATCT
CATTCCATTCCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGCTCCTCTCACATCTCGTGGTTCCCAGCAATACAGAGCTCTGACTGTTCCCGAGCTTACCCAACAAATGT
GGGATGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGACCCACGACACGGACGCTACTTAACCGCCTCTGCTATGTTTAGAGGGAAGATGAGTACTAAGGAAGTAGATGAACAAATG
CTCAATGTGCAAAACAAAAACTCTTCTTACTTCGTTGAGTGGATTCCAAACAATGTCAAGTCGACTGTTTGTGATATCCCTCCAACTGGTTTGAAGATGGCATCTACCTT
CATTGGAAATTCCACATCAATTCAGGAAATGTTCCGCCGTGTGAGCGAGCAATTCACTGCCATGTTTAGACGAAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGG
ACGAGATGGAGTTCACTGAAGCTGAAAGTAACATGAATGATCTTGTTTCTGAGTACCAGCAGTACCAAGACGCCACAGCCGAAGATGAGTATTACGAAGAAGAAGATGAT
GACGTTGAAGATAATGTGTAA

mRNA sequence

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CCCTCTCTGTCCCTACAAACCTCATTTCATTTCTCTCCATCCCTCCCCCCCCTATTCCTTCTCCCAAAATGAGAGAAATCCTTCATGTTCAAGGTGGCCAATGTGGTAAC
CAGATCGGTGCTAAGTTCTGGGAAGTTGTTTGTGCCGAGCATGGCATTGACACTACCGGAAAGTACCAGGGAGATTCCGATCTTCAGCTTGAGAGGATCAATGTTTACTA
CAATGAAGCCAGTTGTGGTAGGTATGTACCTCGTGCCGTTCTTATGGATCTTGAGCCTGGTACTATGGATAGTATCAGATCTGGTCTTTATGGACAGATCTTTAGGCCCG
ATAACTTTGTTTTCGGTCAATCTGGTGCTGGAAACAACTGGGCTAAAGGTCATTACACTGAAGGTGCTGAACTTATTGATTCCGTTCTCGATGTTGTACGCAAGGAGGCC
GAGAATTGTGATTGCTTGCAAGGGTTTCAGGTGTGCCACTCTCTAGGAGGAGGAACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTTTGATTTCCAAGATTAGAGAAGAATACCCCGA
CAGGATGATGCTTACCTTCTCTGTCTTTCCATCTCCCAAAGTGTCTGATACTGTTGTTGAACCTTACAACGCTACTCTATCAGTTCATCAACTAGTTGAAAATGCAGATG
AGTGCATGGTTCTTGACAACGAAGCTCTTTATGATATCTGCTTCCGTACTCTCAAGCTCACCACTCCAAGCTTTGGTGATTTGAACCATTTGATCTCTGCAACAATGTCC
GGTGTGACTTGCTGTTTGAGATTCCCGGGACAACTCAACTCCGATCTCAGAAAGCTAGCCGTTAATCTCATTCCATTCCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGTTTTGC
TCCTCTCACATCTCGTGGTTCCCAGCAATACAGAGCTCTGACTGTTCCCGAGCTTACCCAACAAATGTGGGATGCCAAGAACATGATGTGTGCTGCTGACCCACGACACG
GACGCTACTTAACCGCCTCTGCTATGTTTAGAGGGAAGATGAGTACTAAGGAAGTAGATGAACAAATGCTCAATGTGCAAAACAAAAACTCTTCTTACTTCGTTGAGTGG
ATTCCAAACAATGTCAAGTCGACTGTTTGTGATATCCCTCCAACTGGTTTGAAGATGGCATCTACCTTCATTGGAAATTCCACATCAATTCAGGAAATGTTCCGCCGTGT
GAGCGAGCAATTCACTGCCATGTTTAGACGAAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGAGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACTGAAGCTGAAAGTAACATGAATGATC
TTGTTTCTGAGTACCAGCAGTACCAAGACGCCACAGCCGAAGATGAGTATTACGAAGAAGAAGATGATGACGTTGAAGATAATGTGTAAGAAGAAGATAGTATAATGATG
GGGTTTTATGAATGATGTTTGTAGGGATGTAATATGTTGCAACTCTTGCAACTATCTGTTGCCAGTCATGTGGATTTGTCTATTTTTCTGTTGTCTTTTATTATGTGCTT
GACTTTTGAACTGATTTTGTCTTCGGACAGTTGAATTTTTAACCTACATAATATGAATTTTGTTCGAATCCCATATGTGAAACATCACTTTTGATTTAAATAGCCGCGCA
CGGTAGACATGTGTTACTGTTCTTTGTTCTCTTGTTTGGTAGTGTTGAATTATTTGATCAAATACATTGAAGATGTTTAAATCCAGAAAAAGAAATCTAGAGCAGCTGCA
GGTAACTGATATGATTTATTGGTTTCTCTTTATGTCTTGCTTTCAC

Protein sequence

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ELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTP
SFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM
LNVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEDEYYEEEDD
DVEDNV

Pay0010785 (gene) of Melon (Payzawat) v1 genome