CuGenDBv2

Gene ID	Pay0012311
Organism	Cucumis melo var. inodorus cv. Payzawat (Melon (Payzawat) v1)
Description	Photosystem I assembly protein Ycf3
Genome location	Contig00288_ERROPOS136135:61171..63175
RNA-Seq Expression	Pay0012311
Synteny	Pay0012311
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0048564 - photosystem I assembly (biological process) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0015935 - small ribosomal subunit (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function) GO:0005515 - protein binding (molecular function) GO:0019843 - rRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001440 - Tetratricopeptide repeat 1 IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily IPR019734 - Tetratricopeptide repeat

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

BBN68611.1 Tetratricopeptide repeat-like superfamily protein [Prunus dulcis]

4.3e-86

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

BBN69936.1 Tetratricopeptide repeat-like superfamily protein, partial [Prunus dulcis]

4.3e-86

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

QGZ08007.1 hypothetical chloroplast RF34 [Prunus davidiana]

9.6e-86

91.43

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSI+ANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

YP_009744688.1 hypothetical chloroplast RF34 [Prunus triloba]

4.3e-86

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

YP_009758243.1 hypothetical chloroplast RF34 [Rubus amabilis]

2.1e-88

93.71

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GRNLP YSDRGEQA++QGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A346TMS9 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.1e-86

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A4Y1QZ78 Tetratricopeptide repeat-like superfamily protein

2.1e-86

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A6B9IN65 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.1e-86

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GR+LP YSDRGEQA++QG SEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A6G8QRP2 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.0e-88

93.71

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GRNLP YSDRGEQA++QGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A7T7D536 Hypothetical chloroplast RF34

1.0e-88

93.71

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY    GRNLP YSDRGEQA++QGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHY----GRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A0ZZ36 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.1e-83

88.2

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY         RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q2L906 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.1e-83

88.2

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY         RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q49KZ7 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.1e-83

88.2

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY         RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q4VZH4 Photosystem I assembly protein Ycf3

4.8e-88

91.01

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY         RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q9MTP0 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.1e-83

88.2

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY         RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00360.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein

6.0e-62

86.92

Show/hide

Query:  DGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQ
        +GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY         RGEQAI+QGDSE+AEAWF Q
Subjt:  DGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQ

Query:  AAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        AAEYWKQAI LTPGNYIEAQNWL ITRRF+
Subjt:  AAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCCTAGATCTGGTGGGATAAATGGAAATTTTATCGATAAGACCTTTTCAATTGTAGCCAATATCTTATTACGAATAATTCCGACAACTTCCGGGGAAAAAGAGGCATT
CACCTATTACAGAGATGGAAATTATGCGGAAGCTCTACAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAATCGATCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAACATAGGTC
TTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACAAAAGCTTTGGAATATTATTTTCGGGCACTAGAACGAAACCCGTTCTTACCACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATCTGT
CATTACGGAAGGAATTTACCTGCCTATTCCGACCGGGGAGAACAGGCCATTCGACAGGGAGATTCTGAAATTGCGGAGGCTTGGTTCAATCAAGCCGCTGAGTATTGGAA
ACAAGCTATAGCGCTTACTCCCGGTAATTATATTGAAGCCCAAAATTGGTTGAAGATCACAAGGCGTTTCAAATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVIC
HYGRNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Pay0012311 (gene) of Melon (Payzawat) v1 genome