; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Pay0013018 (gene) of Melon (Payzawat) v1 genome

Gene IDPay0013018
OrganismCucumis melo var. inodorus cv. Payzawat (Melon (Payzawat) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22A
Genome locationchr04:2551937..2557027
RNA-Seq ExpressionPay0013018
SyntenyPay0013018
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]1.9e-9595.83Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]5.3e-98100Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]5.0e-9697.87Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]4.0e-9395.24Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]2.3e-9396.26Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein9.2e-9695.83Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.6e-98100Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.4e-9697.87Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.9e-9395.24Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like1.1e-9396.26Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ221.2e-7377.07Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A2.6e-6372.31Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+       G GGR R G S+ KCYECGE 
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.2e-6269.95Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS         GGR R GGS++KCYECGE 
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        GHFARECRLR G GG G+G+R      RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRS+SP RGRS+SRSP  RGR   PYA+G      RRSRS
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ231.2e-5764.73Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +   G GR   GR RSGGSD+KCYECGEP
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        GHFARECRLR G GG G+GRR               RSRSPRYRRSPSYGR   SPR RSP+RRS S      R RS+SRSPP                R
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Query:  EELPYAN
        EE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A3.6e-7379.29Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG GG    R RSRS PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANGNG+KD RRSRS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 213.2e-5665.98Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR      G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 213.2e-5665.98Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +   GGRGGGG  R G  D KCYECGE 
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        GHFARECR      G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRS+SRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein2.6e-7479.29Show/hide
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        YECGE GHFARECR RGG GG    R RSRS PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR++SRS PPYR R+E+PYANGNG+KD RRSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 228.8e-7577.07Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R     GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANGNG+K+R
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Query:  RRSRS
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 228.8e-7577.07Show/hide
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        MSRVYVGNLDPRV+ERELEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF+DF+DPRDARDAI  LDGKNGWRVE SHN   RGGGG     G GGGGRG  GGSDLK
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Query:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPRGRS---PRRRSLSP---RGRSFSRS-PPYRGREELPYANGNGIKDR
        CYECGE GHFARECR R     GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRS+SRS PPYR REE+PYANGNG+K+R
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Query:  RRSRS
        RRSRS
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTATATGTTGGGAATTTGGATCCGAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTTGAAGATGAATTTCGTGTATTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
GCCAGGCTATGCCTTCATAGATTTTGACGACCCCAGAGATGCACGGGATGCGATTCATGAATTAGATGGGAAGAATGGCTGGAGAGTTGAACTTTCTCACAATTCTAGAG
GTGGTGGAGGTGGCCGTGGAGGAGGGGGTCGTGGTCGTTCCGGTGGTTCTGATTTGAAATGCTATGAGTGTGGTGAGCCTGGGCATTTTGCTCGTGAGTGCCGTTTACGT
GGTGGTGGCGGTGGCGGTGGTGCTGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCGATACCGCCGGAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGGAAGATCTCCAAG
ACGTCGCAGCTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTTTAGTAGATCACCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGCTACCTTATGCCAACGGAAATGGCATAAAGGACCGGCGCCGGA
GCAGGAGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATCTAGATTGTGTGTGATTGGTTGTAAGAAGTTTGTCCTTAGATGTTGAGAGGTGAATTTTTTTGAAGTTATGACGATATGCTTTGATCCTGGGAACATGTCTTCCATTT
ATATTTTCTAATTCATCAATTGAGTCTAAATTGATAAGACATCATAAATTGACTAAATGACATTGTCATTGATTTGACAAAAGTTTCTTTGTCATTGAAGAGTCTAAGAA
TAAGGATAGAGAACTGAAAGTTATATTTTTCTTTCATGTTCGTCAAAGTTAAAATATGATGACACACTATATTGCACGTAAAACCTTGAAAGATCCAGTGTCTTCAATTC
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