CuGenDBv2

Gene ID	Pay0013486
Organism	Cucumis melo var. inodorus cv. Payzawat (Melon (Payzawat) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	chr02:7663984..7667644
RNA-Seq Expression	Pay0013486
Synteny	Pay0013486
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0009409 - response to cold (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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KAG6590152.1 Tubulin beta-6 chain, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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AT5G23860.2 tubulin beta 8

5.3e-251

93.54

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AT5G62690.1 tubulin beta chain 2

2.4e-251

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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

2.4e-251

94.34

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        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMM
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        CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL +ASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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Sequences

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GGGGACTCTTCTGATTTCCAAAATCAGAGAAGAATATCCAGACAGGATGTTGCTTACTTTCTCTGTCTTCCCTTCACCAAAAGTATCGGATACAGTGGTCGAGCCCTATA
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AGCTTTGGGGACCTCAACCATTTAATTTCTGCTACAATGAGTGGTGTGACATGCTGTCTCAGATTTCCTGGCCAGCTCAACTCTGACCTCAGAAAACTTGCTGTCAATTT
AATTCCCTTTCCTCGTCTACACTTCTTTATGGTTGGATTTGCTCCTCTTACCTCACGTGGATCACAGCTATATAGGGCCTTGACCGTACCAGAGTTGACGCAGCAAATGT
GGGATTCTAAAAACATGATGTGCGCTGCAGATCCACGCCATGGCCGATACCTCACTGCCTCTGCCATGTTCAGGGGCAAGATGAGTACTAAAGAAGTTGATGAACAAATG
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CATCGGAAACTCAACCTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTGAGTGAGCAGTTCACAGCCATGTTCAGGAGAAAAGCTTTCTTGCACTGGTACACTGGAGAAGGAATGG
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mRNA sequence

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GCAACTTGAACGTGTAAATGTGTACTACAATGAGGCTTCTTGCGGACGTTATGTTCCTCGAGCCGTGCTCATGGATCTCGAGCCCGGTACCATGGATAGTGTGAGGACAG
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GTTCTTGACGTTGTGAGAAAGGAAGCGGAGAACTGCGATTGCCTTCAAGGTTTTCAAGTGTGCCATTCCCTTGGTGGAGGAACTGGTTCTGGAATGGGGACTCTTCTGAT
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AACCATTTAATTTCTGCTACAATGAGTGGTGTGACATGCTGTCTCAGATTTCCTGGCCAGCTCAACTCTGACCTCAGAAAACTTGCTGTCAATTTAATTCCCTTTCCTCG
TCTACACTTCTTTATGGTTGGATTTGCTCCTCTTACCTCACGTGGATCACAGCTATATAGGGCCTTGACCGTACCAGAGTTGACGCAGCAAATGTGGGATTCTAAAAACA
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AAGAATTCTTCGTACTTCGTTGAGTGGATTCCAAACAATGTCAAATCCAGCGTTTGTGACATTGCTCCTAAAGGACTTTCCATAGCATCAACCTTCATCGGAAACTCAAC
CTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTGAGTGAGCAGTTCACAGCCATGTTCAGGAGAAAAGCTTTCTTGCACTGGTACACTGGAGAAGGAATGGACGAAATGGAGTTCA
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Protein sequence

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INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLSIASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADDDEYNYEEE
EEIPEHE

Pay0013486 (gene) of Melon (Payzawat) v1 genome