CuGenDBv2

Gene ID	Pay0014078
Organism	Cucumis melo var. inodorus cv. Payzawat (Melon (Payzawat) v1)
Description	protodermal factor 1-like
Genome location	chr11:23550376..23551277
RNA-Seq Expression	Pay0014078
Synteny	Pay0014078
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR039923 - Protodermal factor 1

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

XP_004143175.1 protodermal factor 1 [Cucumis sativus]

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XP_022970795.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita maxima]

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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KF76 Uncharacterized protein

3.2e-117

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A0A1S3C4A9 protodermal factor 1-like

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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like

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A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like

5.4e-101

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A0A6J1I3W1 protodermal factor 1-like

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q9S728 Protodermal factor 1

3.1e-45

45.33

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        S  ++ L A LLSQ L   V S    D K+YY SPP      P S +PPS + GS            P PPSH    +    TPTP TPS     + PP 
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        + GSPPS P  P  PSTPS                                  TP +  +P TP I    P TPF          TC+YW NHP LIWG+
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        LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FP+TT QVR  FV+ LSSNKAA  QA+TFKLANEG++KPR
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G20515.1 unknown protein

4.2e-05

36.62

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Query:  TNLNLLQALSNTRNDG--YGALLREGTASYLNSLASNRFPYTTKQVRTSFVSALSSNKAAGDQANTFKLAN
        ++L L+++ +    +G  YGALL++G A+ +NS A   F Y   +V+T  + A+ S  AA  QA  F +AN
Subjt:  TNLNLLQALSNTRNDG--YGALLREGTASYLNSLASNRFPYTTKQVRTSFVSALSSNKAAGDQANTFKLAN

AT2G42840.1 protodermal factor 1

2.2e-46

45.33

Show/hide

Query:  SALLFTLLAGLLSQSLLIPVLSTSITDQKSYY-SPPD-----PHSGSPPSGSHGS------------PIPPSHGNGGTPHYSTPTPSTPSGGGGYYNPPS
        S  ++ L A LLSQ L   V S    D K+YY SPP      P S +PPS + GS            P PPSH    +    TPTP TPS     + PP 
Subjt:  SALLFTLLAGLLSQSLLIPVLSTSITDQKSYY-SPPD-----PHSGSPPSGSHGS------------PIPPSHGNGGTPHYSTPTPSTPSGGGGYYNPPS

Query:  SGGSPPSTPVDPGTPSTPS----------------------------------TPSVPSTPSTPTI----PTTPF----------TCNYWLNHPGLIWGV
        + GSPPS P  P  PSTPS                                  TP +  +P TP I    P TPF          TC+YW NHP LIWG+
Subjt:  SGGSPPSTPVDPGTPSTPS----------------------------------TPSVPSTPSTPTI----PTTPF----------TCNYWLNHPGLIWGV

Query:  LGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRNDGYGALLREGTASYLNSLASNRFPYTTKQVRTSFVSALSSNKAAGDQANTFKLANEGKIKPR
        LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FP+TT QVR  FV+ LSSNKAA  QA+TFKLANEG++KPR
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAGAAGCAAACAAGCTTCTGCTCTCCTTTTCACTTTGCTTGCTGGGCTGCTTTCTCAAAGCCTACTCATCCCTGTATTGTCCACCTCCATTACTGATCAGAAAAGCTA
CTACTCTCCTCCAGACCCACATTCTGGATCTCCTCCATCAGGTTCACATGGCAGTCCTATCCCACCATCACATGGTAATGGAGGAACGCCACATTACTCCACACCAACAC
CTTCCACACCGTCTGGTGGCGGTGGATACTACAACCCTCCGTCTTCTGGTGGTAGCCCACCAAGCACCCCTGTAGATCCAGGCACTCCTAGCACTCCAAGCACTCCTAGT
GTTCCTAGCACACCAAGCACGCCTACCATTCCCACTACTCCATTTACCTGCAATTATTGGCTGAATCATCCAGGATTGATATGGGGAGTATTGGGATGGTGGGGAACATT
AGGAAATGCCTTCGGAGCAACCAATGTCCCAGGGTTTGGAACAAATCTCAACTTGCTCCAAGCACTTTCTAACACAAGGAATGATGGGTATGGGGCCCTTCTCAGAGAAG
GAACTGCTTCGTACCTCAACTCTCTTGCTAGTAACAGATTCCCCTACACAACCAAGCAAGTTAGGACAAGTTTCGTCTCAGCACTCAGCTCCAACAAAGCAGCAGGCGAT
CAGGCCAACACGTTCAAGTTAGCCAACGAGGGCAAAATTAAACCCAGAGCTTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MRSKQASALLFTLLAGLLSQSLLIPVLSTSITDQKSYYSPPDPHSGSPPSGSHGSPIPPSHGNGGTPHYSTPTPSTPSGGGGYYNPPSSGGSPPSTPVDPGTPSTPSTPS
VPSTPSTPTIPTTPFTCNYWLNHPGLIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRNDGYGALLREGTASYLNSLASNRFPYTTKQVRTSFVSALSSNKAAGD
QANTFKLANEGKIKPRA

Pay0014078 (gene) of Melon (Payzawat) v1 genome