CuGenDBv2

Gene ID	Sed0001071
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	extensin-like
Genome location	LG07:1061418..1063347
RNA-Seq Expression	Sed0001071
Synteny	Sed0001071
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6576117.1 hypothetical protein SDJN03_26756, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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KAG7014636.1 hypothetical protein SDJN02_24815 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

2.1e-179

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XP_022953380.1 formin-2-like [Cucurbita moschata]

2.7e-179

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XP_022991372.1 extensin-like [Cucurbita maxima]

5.3e-183

83.29

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XP_023515622.1 formin-2-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]

8.5e-181

82.17

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TrEMBL top hits

e value

%identity

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A0A0A0KAD5 Uncharacterized protein

7.3e-178

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A0A1S3CB81 extensin

5.8e-175

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A0A5D3DMB9 Extensin

4.4e-175

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A0A6J1GPH0 formin-2-like

1.3e-179

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A0A6J1JLM5 extensin-like

2.6e-183

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SwissProt top hits

e value

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P13983 Extensin

1.2e-04

39.43

Show/hide

Query:  PPNFFPFPFPPL--PPFPSF-PLPPLPPLPPL--PPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPP
        PP + P P  P+  PP P++ P PP  P P    PP  Y P PT   PP    P P  P   P PP   PP  P   PP     P T++P   P SPPPP
Subjt:  PPNFFPFPFPPL--PPFPSF-PLPPLPPLPPL--PPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPP

Query:  ---PPPP----SPPPP----FDLNDPRTWIPHIPPFSPPPPAF--DPRDPRTWIPHIPQFSPPPPPAFDPRDPRTWIPNVPPFS--PSPPPPFDPRDPRT
           PPPP    SPPPP      L  P T+ P  P +SPPPP +   P  P T+ P  P +SPPPPP + P  P T+ P  P ++  P PPP + P  P  
Subjt:  ---PPPP----SPPPP----FDLNDPRTWIPHIPPFSPPPPAF--DPRDPRTWIPHIPQFSPPPPPAFDPRDPRTWIPNVPPFS--PSPPPPFDPRDPRT

Query:  WIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLP-----HLPPSPPQSPQNQKP
          P   P++ PPPP      P    P     HLPP P + P+   P
Subjt:  WIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLP-----HLPPSPPQSPQNQKP

Q9T0K5 Leucine-rich repeat extensin-like protein 3

4.2e-05

36.65

Show/hide

Query:  LNYRPLKKNATLCGKKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSP---PSP
        L+  P+   +  CG+     P  +T         PP   P P PP P F + P    PP P  PP  Y P P  P PP +  P PP PP  P P   P P
Subjt:  LNYRPLKKNATLCGKKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSP---PSP

Query:  LPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPPPPSPPPPFDLNDPRTWIPHIPPFSP-PPPAFDPRDPRTWIPHIPQFSPPPPPAFDPRDPRTWIPNV
         PP  PP PP +    P    P    +SPPPPPPPP PPP +    P  +    PP SP P P +  R P       P    PPPP F P  P  +  + 
Subjt:  LPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPPPPSPPPPFDLNDPRTWIPHIPPFSP-PPPAFDPRDPRTWIPHIPQFSPPPPPAFDPRDPRTWIPNV

Query:  PPFSPSPPPPFDPRDPRTWIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLPHLPPSPP
        PP   S PPP  P  P +  P I P   PPPP   +  P     + PP PP
Subjt:  PPFSPSPPPPFDPRDPRTWIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLPHLPPSPP

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G26960.1 Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein

1.9e-37

50.35

Show/hide

Query:  ITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDGMTMQSFCQASLIGS---SSKVCNVP
        IT++G VYCD C  NS SKHSYF+ GV+V + C+F+A +    E +TFSANRTT+++G+Y++ I S+D   C D  ++ S CQASLIG    S   CN+P
Subjt:  ITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDGMTMQSFCQASLIGS---SSKVCNVP

Query:  GLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCGKK
        G RTT +++  KS+Q N C++  NALN+RP K++  LCGKK
Subjt:  GLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCGKK

AT4G13340.1 Leucine-rich repeat (LRR) family protein

3.0e-06

36.65

Show/hide

Query:  LNYRPLKKNATLCGKKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSP---PSP
        L+  P+   +  CG+     P  +T         PP   P P PP P F + P    PP P  PP  Y P P  P PP +  P PP PP  P P   P P
Subjt:  LNYRPLKKNATLCGKKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSP---PSP

Query:  LPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPPPPSPPPPFDLNDPRTWIPHIPPFSP-PPPAFDPRDPRTWIPHIPQFSPPPPPAFDPRDPRTWIPNV
         PP  PP PP +    P    P    +SPPPPPPPP PPP +    P  +    PP SP P P +  R P       P    PPPP F P  P  +  + 
Subjt:  LPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPPPPSPPPPFDLNDPRTWIPHIPPFSP-PPPAFDPRDPRTWIPHIPQFSPPPPPAFDPRDPRTWIPNV

Query:  PPFSPSPPPPFDPRDPRTWIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLPHLPPSPP
        PP   S PPP  P  P +  P I P   PPPP   +  P     + PP PP
Subjt:  PPFSPSPPPPFDPRDPRTWIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLPHLPPSPP

AT4G22505.1 Bifunctional inhibitor/lipid-transfer protein/seed storage 2S albumin superfamily protein

2.1e-04

40.6

Show/hide

Query:  PFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPP----RPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPP--PPSP
        P PP  P    P PP  P  P PP P  P    P PP  P   PP PP  P  P   PP TPP     PP      P T  P   P SPP  PP  PP  
Subjt:  PFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPFPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPP----RPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPP--PPSP

Query:  PPPFDLNDPRTWIPHIPPFSPP----------PPAFDPRDPRTWIPHIPQFSPP-PPPAFDPRDPRTWIPNVPPFSPSPPPPFD-PRDPRTWIPHIPPVF
        PP      P T  P +PP SPP          PP   PR P T  P  P  SPP  PP   PR P    PN PP SP   PP   PR P    P  PP  
Subjt:  PPPFDLNDPRTWIPHIPPFSPP----------PPAFDPRDPRTWIPHIPQFSPP-PPPAFDPRDPRTWIPNVPPFSPSPPPPFD-PRDPRTWIPHIPPVF

Query:  PP-PPPAFDLRDPRTWLPHLPP-SPPQSPQNQKP
        PP  PP    R   T  P  PP SPP++P    P
Subjt:  PP-PPPAFDLRDPRTWLPHLPP-SPPQSPQNQKP

AT5G13140.1 Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein

3.9e-51

46.54

Show/hide

Query:  TRITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDGMTMQSFCQASLIGSSSK---VCN
        +RITVVG VYCDTC  N+ S+ SYFL GV+VH+ C+F+A +PK AE++  S NRTT++ GVY+LEIP VDGI+CVDG+ + S C A ++ +SS     C+
Subjt:  TRITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDGMTMQSFCQASLIGSSSK---VCN

Query:  VPGLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCG-------KKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPF
        +P  +T   E+S+KSKQD +CI+SL+AL+Y+P  KN +LCG       +K EK       SKFF P+  P +FP+P+           P LPPLP LPPF
Subjt:  VPGLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCG-------KKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPPF

Query:  PYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSP
        P FPF      PSLPF  P L                   P FD  +P TWIPY+  F P
Subjt:  PYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSP

AT5G41050.1 Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein

3.5e-39

47.27

Show/hide

Query:  LLLFTASFFANLFGLTAETVTSFTRITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDG
        LLL       N   L   +     +ITV+G VYCD C +NS S HSYF+PGV+V + C+F + + +  E +TFSANRTT++ G+Y+L+I S++G+ C   
Subjt:  LLLFTASFFANLFGLTAETVTSFTRITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDG

Query:  M---TMQSFCQASLIGSSSKVCNVPGLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCGK
            ++ + CQASLIG S   CNVPG RTT E++  KSK  NLC++   ALN+RPL+KN  LCGK
Subjt:  M---TMQSFCQASLIGSSSKVCNVPGLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCGK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGATTCAACCGTTTCTCTCCATCTCCTCCTTTTTACGGCATCTTTCTTCGCTAACTTGTTCGGCTTAACAGCTGAAACGGTAACGTCGTTCACTCGAATCACGGTGGT
GGGTGCGGTTTATTGCGACACATGTTTGAGCAATAGTATCTCCAAGCACAGCTACTTCTTGCCTGGTGTGGATGTCCATTTACGGTGCAAATTCAGAGCAGTTGCTCCCA
AAATGGCAGAGCAGATGACCTTCTCTGCCAACAGAACAACAGATAAATATGGAGTTTATAGATTGGAAATTCCTTCGGTGGATGGAATTAATTGTGTTGATGGTATGACA
ATGCAGTCATTTTGCCAGGCAAGTTTAATAGGAAGTTCATCTAAAGTCTGTAATGTCCCGGGCTTACGAACTACAGCGGAAGAGATATCGGTCAAGTCTAAGCAAGATAA
TCTCTGTATATTCAGCTTAAATGCTTTGAATTACAGGCCATTGAAGAAGAATGCTACCTTATGTGGGAAAAAGAAAGAGAAAAATCCAGATCCCTTGACCTCCTCAAAGT
TTTTTCTCCCTTTCTTCCCTCCTAATTTCTTCCCTTTCCCTTTTCCTCCTTTGCCACCATTCCCTTCCTTCCCTTTGCCTCCACTTCCCCCATTACCTCCATTGCCCCCT
TTTCCATATTTTCCTTTTCCTACTTGCCCTAACCCACCATCTTTACCATTTCCTTTCCCACCTTTACCTCCTTTATTCCCTTCACCTCCAAGTCCGCTTCCGCCATCTAC
ACCGCCTCGGCCACCTCCATTTGATCTTAATGATCCAAGGACCTGGATACCCTACATTTCTCCATTTTCTCCTCCACCGCCTCCGCCTCCGCCATCTCCACCACCTCCAT
TTGATCTCAATGATCCAAGGACCTGGATACCCCACATTCCTCCATTTTCCCCTCCACCTCCAGCTTTCGATCCCCGAGACCCGAGAACCTGGATTCCCCATATCCCTCAA
TTTTCTCCTCCCCCACCTCCTGCATTTGATCCCAGAGACCCCAGAACATGGATTCCCAATGTTCCTCCATTTTCTCCATCTCCACCTCCTCCATTTGACCCTAGAGACCC
TCGAACATGGATTCCCCATATTCCCCCAGTTTTCCCTCCCCCACCTCCTGCATTTGACCTTAGAGACCCCAGAACATGGCTACCCCATTTACCCCCATCCCCACCACAGA
GCCCTCAAAATCAAAAGCCCTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

AGATCTAGGAAATCAAAGGGCCAATCAATCCCATTTATCTCTGAATCTACCTAAAAAGACTAACAAAAACCCCTTTTCATTTTACGATTGCCCCCACATTCAGCCAAAAA
GGTACTTCACATGTCTTTGTTTGTAGTGAATAGAATAATCATTTTCTCTTTTTTCTGATTACAGTTGGTCTAACACCAAGAACTCACGGGCACATTATATTCAAACACTA
TTCAGCAAACAAATGCTTGAAAATTTTAAGGCCTTACCCTAACCTCATTCATATGTGCTTCACAACTTACTACTCTTTTTCATCCTTGAGTCTTTCTTATGGATTCAACC
GTTTCTCTCCATCTCCTCCTTTTTACGGCATCTTTCTTCGCTAACTTGTTCGGCTTAACAGCTGAAACGGTAACGTCGTTCACTCGAATCACGGTGGTGGGTGCGGTTTA
TTGCGACACATGTTTGAGCAATAGTATCTCCAAGCACAGCTACTTCTTGCCTGGTGTGGATGTCCATTTACGGTGCAAATTCAGAGCAGTTGCTCCCAAAATGGCAGAGC
AGATGACCTTCTCTGCCAACAGAACAACAGATAAATATGGAGTTTATAGATTGGAAATTCCTTCGGTGGATGGAATTAATTGTGTTGATGGTATGACAATGCAGTCATTT
TGCCAGGCAAGTTTAATAGGAAGTTCATCTAAAGTCTGTAATGTCCCGGGCTTACGAACTACAGCGGAAGAGATATCGGTCAAGTCTAAGCAAGATAATCTCTGTATATT
CAGCTTAAATGCTTTGAATTACAGGCCATTGAAGAAGAATGCTACCTTATGTGGGAAAAAGAAAGAGAAAAATCCAGATCCCTTGACCTCCTCAAAGTTTTTTCTCCCTT
TCTTCCCTCCTAATTTCTTCCCTTTCCCTTTTCCTCCTTTGCCACCATTCCCTTCCTTCCCTTTGCCTCCACTTCCCCCATTACCTCCATTGCCCCCTTTTCCATATTTT
CCTTTTCCTACTTGCCCTAACCCACCATCTTTACCATTTCCTTTCCCACCTTTACCTCCTTTATTCCCTTCACCTCCAAGTCCGCTTCCGCCATCTACACCGCCTCGGCC
ACCTCCATTTGATCTTAATGATCCAAGGACCTGGATACCCTACATTTCTCCATTTTCTCCTCCACCGCCTCCGCCTCCGCCATCTCCACCACCTCCATTTGATCTCAATG
ATCCAAGGACCTGGATACCCCACATTCCTCCATTTTCCCCTCCACCTCCAGCTTTCGATCCCCGAGACCCGAGAACCTGGATTCCCCATATCCCTCAATTTTCTCCTCCC
CCACCTCCTGCATTTGATCCCAGAGACCCCAGAACATGGATTCCCAATGTTCCTCCATTTTCTCCATCTCCACCTCCTCCATTTGACCCTAGAGACCCTCGAACATGGAT
TCCCCATATTCCCCCAGTTTTCCCTCCCCCACCTCCTGCATTTGACCTTAGAGACCCCAGAACATGGCTACCCCATTTACCCCCATCCCCACCACAGAGCCCTCAAAATC
AAAAGCCCTAGTTTACCACTACAAGTTTCCTTTCAATATGATATAGTTTGATGTGTGCTTATGTATTTTCCCGGTGTACTGCTCGTTCAGGCAAAACAACAAACACCTTG
CGTGCAATGATCTTTCTAGCTAAAACCTCTATAACTCATGTACAGTAAAAACTACAGGGTTTTATCTGTTAATATGAATCAAGAAACTGGGTTTAATCTCTGTATTGTTT
CATGAATCTTCAAATTTGCTAGAAACCTTACATTCTCAAGTAATTAGTAAATTATGCAAAAACAAAGAGGGAAAAAAC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MDSTVSLHLLLFTASFFANLFGLTAETVTSFTRITVVGAVYCDTCLSNSISKHSYFLPGVDVHLRCKFRAVAPKMAEQMTFSANRTTDKYGVYRLEIPSVDGINCVDGMT
MQSFCQASLIGSSSKVCNVPGLRTTAEEISVKSKQDNLCIFSLNALNYRPLKKNATLCGKKKEKNPDPLTSSKFFLPFFPPNFFPFPFPPLPPFPSFPLPPLPPLPPLPP
FPYFPFPTCPNPPSLPFPFPPLPPLFPSPPSPLPPSTPPRPPPFDLNDPRTWIPYISPFSPPPPPPPPSPPPPFDLNDPRTWIPHIPPFSPPPPAFDPRDPRTWIPHIPQ
FSPPPPPAFDPRDPRTWIPNVPPFSPSPPPPFDPRDPRTWIPHIPPVFPPPPPAFDLRDPRTWLPHLPPSPPQSPQNQKP

Sed0001071 (gene) of Chayote v1 genome