; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0001123 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0001123
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Description40S ribosomal protein S14
Genome locationLG08:38932952..38935674
RNA-Seq ExpressionSed0001123
SyntenySed0001123
Gene Ontology termsGO:0000028 - ribosomal small subunit assembly (biological process)
GO:0000462 - maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (biological process)
GO:0006412 - translation (biological process)
GO:0022627 - cytosolic small ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
GO:0048027 - mRNA 5'-UTR binding (molecular function)
GO:0070181 - small ribosomal subunit rRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001971 - Ribosomal protein S11
IPR018102 - Ribosomal S11, conserved site
IPR036967 - Ribosomal protein S11 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6573353.1 hypothetical protein SDJN03_27240, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.2e-7799.34Show/hide
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KAG6583920.1 hypothetical protein SDJN03_19852, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.2e-7799.34Show/hide
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KAG7012516.1 40S ribosomal protein S14-2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.2e-7799.34Show/hide
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XP_004147409.1 40S ribosomal protein S14-2 [Cucumis sativus]4.2e-7799.34Show/hide
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XP_038893713.1 40S ribosomal protein S14-2-like [Benincasa hispida]9.4e-7798.68Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LGP6 Uncharacterized protein1.1e-7599.33Show/hide
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A0A1S3B9H6 40S ribosomal protein S14-2-like2.1e-7799.34Show/hide
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A0A6J1GTR2 40S ribosomal protein S14-2-like2.1e-7799.34Show/hide
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A0A6J1J4Y9 40S ribosomal protein S14-21.1e-7599.33Show/hide
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A0A6J1KQN4 40S ribosomal protein S14-2-like2.1e-7799.34Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P19950 40S ribosomal protein S142.3e-7394.63Show/hide
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P19951 40S ribosomal protein S144.6e-7494.08Show/hide
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P42036 40S ribosomal protein S14-31.3e-7391.95Show/hide
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Q9CAX6 40S ribosomal protein S14-26.0e-7492.62Show/hide
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Q9SIH0 40S ribosomal protein S14-15.0e-7391.28Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G36160.1 Ribosomal protein S11 family protein3.6e-7491.28Show/hide
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AT3G11510.1 Ribosomal protein S11 family protein4.2e-7592.62Show/hide
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AT3G52580.1 Ribosomal protein S11 family protein9.4e-7591.95Show/hide
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ATCG00750.1 ribosomal protein S114.3e-1132.19Show/hide
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            K PG G  +ALRA+ RSG+ +  + DVTP+P +  R    RR
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTGGGTCAAGGAGGAAGACCAGGGAACCCAAGGAAGAAACTGTGACACTTGGACCTGCTGTGAGGGAAGGCGAGCATGTTTTTGGCGTAGCTCATATCTTTGCCTC
ATTTAATGATACCTTTATTCATGTTACTGATCTTTCTGGAAGGGAAACCCTTGTCCGCGTCACAGGTGGGATGAAGGTGAAGGCTGATAGGGATGAGTCCTCCCCATACG
CAGCTATGCTTGCAGCGCAGGATGTTTCTCAGAGATGCAAGGAACTCGGCATCACTGCCCTCCATATTAAACTGCGTGCCACTGGAGGAAACAAGACCAAAACACCTGGC
CCAGGTGCTCAGTCTGCACTTCGTGCTCTCGCTCGGTCTGGAATGAGGATCGGTCGTATAGAGGACGTGACTCCAATTCCAACCGACAGCACTCGCAGAAAGGGTGGACG
AAGAGGAAGAAGGCTGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTTTACCTTCCGTCTTGCACGAAAGTTTCTGCAGGCGGCGAAATCTCTGTAGGGTTCATCAAAGCTACTTCGTTCATCTCTCGGAAATCATGTCTGGGTCAAGGAGGAAG
ACCAGGGAACCCAAGGAAGAAACTGTGACACTTGGACCTGCTGTGAGGGAAGGCGAGCATGTTTTTGGCGTAGCTCATATCTTTGCCTCATTTAATGATACCTTTATTCA
TGTTACTGATCTTTCTGGAAGGGAAACCCTTGTCCGCGTCACAGGTGGGATGAAGGTGAAGGCTGATAGGGATGAGTCCTCCCCATACGCAGCTATGCTTGCAGCGCAGG
ATGTTTCTCAGAGATGCAAGGAACTCGGCATCACTGCCCTCCATATTAAACTGCGTGCCACTGGAGGAAACAAGACCAAAACACCTGGCCCAGGTGCTCAGTCTGCACTT
CGTGCTCTCGCTCGGTCTGGAATGAGGATCGGTCGTATAGAGGACGTGACTCCAATTCCAACCGACAGCACTCGCAGAAAGGGTGGACGAAGAGGAAGAAGGCTGTAAAC
TTCTTCTGGTTTCGGCTGTTATTGCTGTCAGTGGTTTCTATATGGTTGTGATGCTCTTCTCAATCCTTCTTCCTTAGTTTTTCAGAACTCCAACTTGTTTTTTTATTATT
GCTTTTGTCAGGGACGTGTCTTCGATTTTGTTTTATGTAGAACCGAGATTTGTGAATGAGGAATTTTTGGCTTTAGTTTAACAAATCAAAATATCATGCCAGTGTCATGA
AATATATTTATCAAACGTAAGGTTAAGTTGATTATTTGCTACAAAGTTGGATTACACTGGTTATGTTGATGTATAATAATCGTTACGGAGGACATTGGTGGAAGACTTAG
GCTTTGAGGGTCTACTCCCTTCAAGGTCTTGAGTTCGAGACTTGTGACATTATTCCTTCAAAGGTCGACGAGGCCAGGCCTACTGACGGGCGTTATCTTTGTTTCAAAAA
AATTAATTGTTATGAGGGCGTTGACTAAACAACCATGAGTTGGTAGTTAAAAGAGTGTTTGAGTTGGTATAGGTGAGTTAAGCTTCAATTTTCTGGTTTCTTTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSGSRRKTREPKEETVTLGPAVREGEHVFGVAHIFASFNDTFIHVTDLSGRETLVRVTGGMKVKADRDESSPYAAMLAAQDVSQRCKELGITALHIKLRATGGNKTKTPG
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