; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0001223 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0001223
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionRAB GTPase homolog 1A
Genome locationLG04:31419213..31424624
RNA-Seq ExpressionSed0001223
SyntenySed0001223
Gene Ontology termsGO:0006886 - intracellular protein transport (biological process)
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InterPro domainsIPR001806 - Small GTPase
IPR005225 - Small GTP-binding protein domain
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7030156.1 GTP-binding protein YPTM2 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]7.1e-10496.04Show/hide
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A0A6J1G9D5 GTP-binding protein YPTM2-like1.2e-10496.53Show/hide
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P28188 Ras-related protein RABD2a9.6e-9685.22Show/hide
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Q05737 GTP-binding protein YPTM23.5e-9888.18Show/hide
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AT1G02130.1 RAS 56.8e-9785.22Show/hide
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AT3G09900.1 RAB GTPase homolog E1E4.0e-6559.42Show/hide
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AT3G11730.1 Ras-related small GTP-binding family protein1.6e-8273.27Show/hide
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AT4G17530.1 RAB GTPase homolog 1C9.5e-9987.62Show/hide
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AT5G47200.1 RAB GTPase homolog 1A2.5e-9988.12Show/hide
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        M PEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLDSYISTIGVDFKIRTV+ DGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIV YDVTD +SFNNVK
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Query:  QWLNEIDRYASENVNKLLVGNKSDLTENKVVSSETAKAFAEEIGIPFLETSAKSATNVEQAFMAMATEIKNRMATQPMSNARPPTVQIRGQPVNQKSGCC
        QWLNEIDRYASENVNKLLVGNK+DLT  KVVS+ETAKAFA+E+GIPFLETSAK+ATNVE+AFMAM   IK RMA+QP   A+PPTVQIRGQPVNQ+SGCC
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Query:  SS
        SS
Subjt:  SS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACGCCTGAATATGATTATTTGTTTAAGCTCTTGCTTATCGGAGACTCCGGTGTTGGAAAATCATGTCTCCTTCTGAGGTTTGCAGATGATTCATATTTGGATAGCTA
CATTAGCACCATCGGGGTTGACTTTAAAATCCGCACAGTGGATCTCGATGGAAAAACTATTAAGCTCCAAATTTGGGATACTGCTGGCCAAGAACGTTTTAGAACAATAA
CCAGCAGCTACTACCGTGGTGCTCACGGAATTATTGTTGTTTATGATGTCACAGATCAAGATAGTTTCAATAATGTCAAGCAATGGTTGAATGAAATTGATCGTTATGCA
AGTGAAAACGTGAACAAGCTTCTTGTGGGGAATAAGTCGGACCTGACAGAAAACAAAGTTGTGTCGTCTGAGACTGCGAAGGCATTTGCGGAAGAAATTGGAATCCCCTT
TTTGGAAACAAGTGCTAAAAGTGCCACGAACGTGGAACAGGCTTTCATGGCCATGGCTACTGAAATCAAGAATAGGATGGCAACTCAACCAATGAGCAATGCAAGGCCGC
CAACTGTGCAAATTCGAGGACAGCCTGTGAACCAAAAGTCTGGTTGCTGCTCATCTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AAATCCACGCCTCTCCAGCACCGTGCGGAGATCTCTCTGATTTCATCGATCTCCACCGCTCGTTGCTATGACGCCTGAATATGATTATTTGTTTAAGCTCTTGCTTATCG
GAGACTCCGGTGTTGGAAAATCATGTCTCCTTCTGAGGTTTGCAGATGATTCATATTTGGATAGCTACATTAGCACCATCGGGGTTGACTTTAAAATCCGCACAGTGGAT
CTCGATGGAAAAACTATTAAGCTCCAAATTTGGGATACTGCTGGCCAAGAACGTTTTAGAACAATAACCAGCAGCTACTACCGTGGTGCTCACGGAATTATTGTTGTTTA
TGATGTCACAGATCAAGATAGTTTCAATAATGTCAAGCAATGGTTGAATGAAATTGATCGTTATGCAAGTGAAAACGTGAACAAGCTTCTTGTGGGGAATAAGTCGGACC
TGACAGAAAACAAAGTTGTGTCGTCTGAGACTGCGAAGGCATTTGCGGAAGAAATTGGAATCCCCTTTTTGGAAACAAGTGCTAAAAGTGCCACGAACGTGGAACAGGCT
TTCATGGCCATGGCTACTGAAATCAAGAATAGGATGGCAACTCAACCAATGAGCAATGCAAGGCCGCCAACTGTGCAAATTCGAGGACAGCCTGTGAACCAAAAGTCTGG
TTGCTGCTCATCTTAACAGATACAAAAAAAGGTGAGATACTCTTAAGATTAGCACTGTACCTGTATGGTGCGGTCAAATCCATTCACATGTAAAACTCTTTGGATTAGCC
TTTTCTTCTCTCCACCTTATATTACTTTCTGCTCAGCATTTCCTTTCAATTCTCATTCTTTTCAATGTACTTGATTCTCATAACCCAAAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAA
AAGATAACCCATCTGTACAAATTAGAAAAATATTATTGGTTAATAGCACTATTTGCCCTTTTATCTTTTCCATGCCTTCATGCCTCTTGGTGATTCATCAAGATCTGAAG
TCTACCTAATTTTAATGCTGTGTTCTATATTGCTGGTGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTPEYDYLFKLLLIGDSGVGKSCLLLRFADDSYLDSYISTIGVDFKIRTVDLDGKTIKLQIWDTAGQERFRTITSSYYRGAHGIIVVYDVTDQDSFNNVKQWLNEIDRYA
SENVNKLLVGNKSDLTENKVVSSETAKAFAEEIGIPFLETSAKSATNVEQAFMAMATEIKNRMATQPMSNARPPTVQIRGQPVNQKSGCCSS