; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0001252 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0001252
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionMYB transcription factor
Genome locationLG05:46144580..46145953
RNA-Seq ExpressionSed0001252
SyntenySed0001252
Gene Ontology termsGO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017930 - Myb domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6571346.1 Transcription factor MYB52, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.2e-8576.13Show/hide
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KAG6605324.1 Transcription factor MYB52, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.3e-8678.14Show/hide
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XP_022971627.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita maxima]5.2e-8676.47Show/hide
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XP_023512391.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-8576.13Show/hide
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XP_023533866.1 transcription factor CSA-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.3e-8678.5Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LM98 Uncharacterized protein5.1e-7973.15Show/hide
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A0A6J1EVU5 transcription factor CSA-like2.1e-8575.57Show/hide
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A0A6J1G7J0 transcription factor CSA-like2.8e-8578.7Show/hide
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A0A6J1I2H4 transcription factor CSA-like2.5e-8676.47Show/hide
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A0A6J1KY48 transcription factor CSA-like2.1e-8577.48Show/hide
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        HGNKWALIARH KGRTDNAVKNHYHVIMARR+RERFTIFT  NNNILR+RH +LPF    QSSHQK   KW+PLT      NG GKS   VA + SDERE
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        EE +GEQ  RIPFIDFLGMGSS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5NBM8 Transcription factor CSA1.8e-4469.11Show/hide
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        +G  GGG  G  C RGHWRPAED KL+ LV Q GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  FTEEEEERL+   + +GNKWALIAR F GRT
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        DNAVKNH+HV+MARR RE+   F
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Q6R053 Transcription factor MYB564.8e-4270.43Show/hide
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        G SG++   C RGHWRP ED KL++LV Q GPQNWN I+ H  GRSGKSCRLRW+NQLDP INK  FTEEEE RLL   + +GNKWALI+R F GRTDNA
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        VKNH+HVIMARR RE
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Q6R0C4 Transcription factor MYB525.5e-4676.64Show/hide
Query:  CYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHVIM
        C RGHWRPAED+KLR+LVEQ GP NWN IA+   GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HVIM
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Query:  ARRKRER
        ARR RER
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Q9FX36 Transcription factor MYB545.2e-4473.15Show/hide
Query:  VSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHV
        + C RGHWRPAED+KL+ LVEQ GP NWN IA    GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HV
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Query:  IMARRKRE
        IMARR R+
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Q9SEZ4 Transcription factor MYB1054.8e-4270.18Show/hide
Query:  GGSSGVSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVK
        G SS  S  RGHWRPAED KL++LV   GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  FTEEEEERL+   +L+GNKWA+IAR F GRTDN+VK
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Query:  NHYHVIMARRKRER
        NH+HVIMAR+ RE+
Subjt:  NHYHVIMARRKRER

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G17950.1 myb domain protein 523.9e-4776.64Show/hide
Query:  CYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHVIM
        C RGHWRPAED+KLR+LVEQ GP NWN IA+   GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HVIM
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Query:  ARRKRER
        ARR RER
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AT1G69560.1 myb domain protein 1053.4e-4370.18Show/hide
Query:  GGSSGVSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVK
        G SS  S  RGHWRPAED KL++LV   GPQNWN IAE  +GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+  FTEEEEERL+   +L+GNKWA+IAR F GRTDN+VK
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Query:  NHYHVIMARRKRER
        NH+HVIMAR+ RE+
Subjt:  NHYHVIMARRKRER

AT1G73410.1 myb domain protein 543.7e-4573.15Show/hide
Query:  VSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNAVKNHYHV
        + C RGHWRPAED+KL+ LVEQ GP NWN IA    GRSGKSCRLRW+NQLDP IN+NPFTEEEEERLL   ++HGN+W++IAR F GRTDNAVKNH+HV
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Query:  IMARRKRE
        IMARR R+
Subjt:  IMARRKRE

AT4G33450.1 myb domain protein 691.9e-4967.15Show/hide
Query:  SDGSGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGR
        S GS    +   SC RGHWRP EDD LRQLVEQ GP+NWN+IA+H  GRSGKSCRLRWYNQLDPNI K PFTEEEEERLL   ++ GN+WA IAR F GR
Subjt:  SDGSGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGR

Query:  TDNAVKNHYHVIMARRKRERFTIFTNNNILRTRHNIL
        TDNAVKNH+HVIMARRKRE F+    +   +T H +L
Subjt:  TDNAVKNHYHVIMARRKRERFTIFTNNNILRTRHNIL

AT5G17800.1 myb domain protein 563.4e-4370.43Show/hide
Query:  GSSGVS---CYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNA
        G SG++   C RGHWRP ED KL++LV Q GPQNWN I+ H  GRSGKSCRLRW+NQLDP INK  FTEEEE RLL   + +GNKWALI+R F GRTDNA
Subjt:  GSSGVS---CYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTDNA

Query:  VKNHYHVIMARRKRE
        VKNH+HVIMARR RE
Subjt:  VKNHYHVIMARRKRE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGAGATCAGGAAGCAGCAACAGTGACGGCAGCGGCGGCGGCGGAAGCAGTGGCGTCAGCTGCTACAGAGGCCACTGGCGGCCGGCGGAGGATGACAAACTCCGGCA
ACTTGTTGAACAACTTGGCCCTCAGAACTGGAATTACATTGCTGAGCATTTCGAGGGCAGATCTGGAAAAAGTTGTAGATTGAGATGGTACAATCAACTGGATCCAAATA
TTAACAAAAACCCTTTCACCGAAGAAGAAGAAGAAAGGCTTCTAATGTTTCAACAGCTTCATGGGAACAAATGGGCGTTAATAGCAAGACATTTCAAAGGAAGAACAGAC
AATGCAGTGAAAAATCACTACCACGTCATAATGGCCAGAAGAAAAAGAGAACGCTTCACAATATTTACCAACAATAACATCCTAAGAACTCGTCATAACATATTGCCCTT
TCCAAAAGACCAACAAAGCTCCCATCAGAAACCCCCCACCAAATGGACTCCTCTCACCTCCGCTATGATGCCCGGGAACGGTAGCGGGAAGTCGGTGGCCATGGCGATAT
CCGACGAGAGGGAGGAAGAGAGGGGAGAGCAAACAAGGATTCCATTTATAGATTTTCTTGGTATGGGAAGCTCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATGAGATCAGGAAGCAGCAACAGTGACGGCAGCGGCGGCGGCGGAAGCAGTGGCGTCAGCTGCTACAGAGGCCACTGGCGGCCGGCGGAGGATGACAAACTCCGGCA
ACTTGTTGAACAACTTGGCCCTCAGAACTGGAATTACATTGCTGAGCATTTCGAGGGCAGATCTGGAAAAAGTTGTAGATTGAGATGGTACAATCAACTGGATCCAAATA
TTAACAAAAACCCTTTCACCGAAGAAGAAGAAGAAAGGCTTCTAATGTTTCAACAGCTTCATGGGAACAAATGGGCGTTAATAGCAAGACATTTCAAAGGAAGAACAGAC
AATGCAGTGAAAAATCACTACCACGTCATAATGGCCAGAAGAAAAAGAGAACGCTTCACAATATTTACCAACAATAACATCCTAAGAACTCGTCATAACATATTGCCCTT
TCCAAAAGACCAACAAAGCTCCCATCAGAAACCCCCCACCAAATGGACTCCTCTCACCTCCGCTATGATGCCCGGGAACGGTAGCGGGAAGTCGGTGGCCATGGCGATAT
CCGACGAGAGGGAGGAAGAGAGGGGAGAGCAAACAAGGATTCCATTTATAGATTTTCTTGGTATGGGAAGCTCTTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMRSGSSNSDGSGGGGSSGVSCYRGHWRPAEDDKLRQLVEQLGPQNWNYIAEHFEGRSGKSCRLRWYNQLDPNINKNPFTEEEEERLLMFQQLHGNKWALIARHFKGRTD
NAVKNHYHVIMARRKRERFTIFTNNNILRTRHNILPFPKDQQSSHQKPPTKWTPLTSAMMPGNGSGKSVAMAISDEREEERGEQTRIPFIDFLGMGSS