; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0002165 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0002165
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionArginine/serine-rich splicing factor, putative
Genome locationLG13:25717574..25722963
RNA-Seq ExpressionSed0002165
SyntenySed0002165
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6608210.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.3e-8892.02Show/hide
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XP_008466294.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A [Cucumis melo]1.7e-8892.11Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]1.3e-8891.15Show/hide
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XP_022940964.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita moschata]1.1e-8790.16Show/hide
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XP_022981880.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita maxima]6.6e-8891.1Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein1.6e-8788.27Show/hide
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A0A1S3CQW5 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A8.4e-8992.11Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like6.4e-8991.15Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like5.5e-8890.16Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like3.2e-8891.1Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ222.4e-7277.56Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A8.7e-5967.34Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AF+DFDD RD +DAI ++DGKNGWRVE+S N+  G G      GR R    G S+ KCYE
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ215.1e-5966.5Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AF+DFDD RD  DA+ +LDGKNGWRVE+S NS   G       GR R    GGS++KCYE
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ232.2e-5460.19Show/hide
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Query:  YRGREELPYAN
           REE PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A5.6e-7479.7Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.5e-5363.27Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RD  DAI  LD KNGWRVE+SH  +GG G  GG RG       G  D KCYE
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.5e-5363.27Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RD  DAI  LD KNGWRVE+SH  +GG G  GG RG       G  D KCYE
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        CGE GHFARECR    G G  RRRS SP  R SP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein4.0e-7579.7Show/hide
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        ECGE GHFARECRSRGG GG  R RSRS   P YR SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANGNG+KD RRSRS
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.7e-7377.56Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.7e-7377.56Show/hide
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        LKCYECGE GHFARECR+R   GG GRRRS+S     P YR SPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANGNG+K+R
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        RRSRS
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCTCGTGTGTACGTTGGGAATTTGGATCCAAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTAGAAGATGAATTTCGCGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGGGTTGCACGAAGACC
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TGCCGTTCTCGTGGTGGTGGTGGTGGTGTAGGAAGAAGACGTAGCCGCAGTCCTCCATACCGGCATAGTCCAAGTTACGGTCGCAGGAGTTATAGTCCTCGTGGAAGATC
TCCAAGGCGCCGAAGCTTGTCTCCACGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCTCCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGCTTCCTTATGCCAACGGAAATGGCATAAAGGATCGAC
GTCGGAGCAGGAGCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CAAACTCTGATCCTGAATTATGTATTTTTTCCATTGAATCGCCGGTTATCGGATTTTCCTTTATGAATCCTTTGAGTAACCTTTCTTGAACAGTTTCTTTCGAGAAGTTA
CTCGGAAAGATAAAATGTCTCGTGTGTACGTTGGGAATTTGGATCCAAGGGTCTCTGAGCGCGAGCTAGAAGATGAATTTCGCGTGTTTGGAGTTATTCGAAGTGTATGG
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