CuGenDBv2

Gene ID	Sed0003780
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Photosystem II D2 protein
Genome location	Contig00347:17214..18274
RNA-Seq Expression	Sed0003780
Synteny	Sed0003780
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0005506 - iron ion binding (molecular function) GO:0010242 - oxygen evolving activity (molecular function) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000484 - Photosynthetic reaction centre, L/M IPR005868 - Photosystem II D2 protein IPR036854 - Photosystem II protein D1/D2 superfamily

Homology

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Q2MIA5 Photosystem II D2 protein

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Q2MIJ2 Photosystem II D2 protein

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        SQEIR                    IRAWMAAQDQPHENLIFPEEVLPRGNAL
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Q2VEI1 Photosystem II D2 protein

9.6e-194

94.05

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Q4VZN8 Photosystem II D2 protein

7.4e-194

94.33

Show/hide

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00020.1 photosystem II reaction center protein A

2.0e-37

29.87

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        ++   L+    +W+   +  +++GW G+L+ P    A   +             G+    + S L G N ++ A+   + ++      +W          
Subjt:  KDENDLFDIMDDWL-RRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGL----ASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQGDFTR

Query:  WCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAG
        W   GG +  + LH   G+  +M R++EL+  + +RP+ A+A+S P+A   +VFLIYP+GQ  +      G++  F F++ FQ  HN  ++PFHM+GVAG
Subjt:  WCQLGGLWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAG

Query:  VLGAALLCAIHGATVENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF
        V G +L  A+HG+ V ++L  E  +  +    +   Q EETY++V A+ ++ ++     +F+N R LHFF+   PV G+W +ALG+  +A NL  ++F
Subjt:  VLGAALLCAIHGATVENTLF-EDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIF--GVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDF

ATCG00270.1 photosystem II reaction center protein D

2.4e-192

92.92

Show/hide

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        MTIA+GKFTKDE DLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFA+GGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG
Subjt:  MTIAVGKFTKDENDLFDIMDDWLRRDRFVFVGWSGLLLFPCAYFAVGGWFTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSLAHSLLLLWGPEAQG

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        DFTRWCQLGGLW FVALHGAF LIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMM
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        GVAGVLGAALLCAIHGATVENTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFV
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        SQEIR                    IRAWMAAQDQPHENLIFPEEVLPRGNAL
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGACTATAGCCGTTGGTAAATTTACCAAAGACGAAAATGATTTATTCGATATTATGGATGACTGGTTACGGAGGGACCGTTTCGTTTTTGTAGGTTGGTCCGGTCTATT
GCTCTTTCCTTGTGCCTATTTTGCCGTAGGAGGTTGGTTTACAGGTACAACTTTTGTAACTTCATGGTATACCCATGGATTGGCAAGTTCCTATTTGGAAGGATGCAACT
TCTTAACCGCCGCAGTTTCTACCCCTGCTAATAGTTTAGCACACTCTTTGTTGTTACTATGGGGTCCTGAAGCACAAGGAGATTTTACTCGGTGGTGTCAATTAGGTGGT
CTGTGGACTTTTGTTGCTCTCCACGGTGCTTTCGGACTAATAGGTTTCATGTTACGTCAATTTGAACTTGCTCGATCTGTTCAATTGCGACCTTATAATGCAATCGCATT
CTCGGGTCCAATTGCTGTTTTTGTTTCTGTATTCCTGATTTATCCACTAGGTCAGTCTGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGTGTAGCAGCTATATTTCGATTCATCC
TCTTTTTCCAAGGGTTTCATAATTGGACATTGAACCCATTTCATATGATGGGAGTTGCCGGTGTATTGGGCGCTGCTCTGCTATGCGCTATTCATGGTGCTACCGTCGAA
AATACCTTATTTGAAGATGGTGATGGTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCTGAAGAAACTTATTCAATGGTCACTGCTAACCGCTTTTGGTCCCAAAT
CTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGTAACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTTGGTCTGGCCCTGAACC
TACGTGCCTATGACTTCGTTTCTCAGGAAATACGTATTCGTGCTTGGATGGCGGCCCAAGATCAGCCTCATGAAAACCTTATATTCCCTGAGGAGGTTCTACCCCGTGGA
AACGCTCTTTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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LWTFVALHGAFGLIGFMLRQFELARSVQLRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLIYPLGQSGWFFAPSFGVAAIFRFILFFQGFHNWTLNPFHMMGVAGVLGAALLCAIHGATVE
NTLFEDGDGANTFRAFNPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSALGVVGLALNLRAYDFVSQEIRIRAWMAAQDQPHENLIFPEEVLPRG
NAL

Sed0003780 (gene) of Chayote v1 genome