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Sed0004141 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0004141
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Description40S ribosomal protein S15a
Genome locationLG03:425624..427201
RNA-Seq ExpressionSed0004141
SyntenySed0004141
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0022627 - cytosolic small ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR000630 - Ribosomal protein S8
IPR035987 - Ribosomal protein S8 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KJB83794.1 hypothetical protein B456_013G265000 [Gossypium raimondii]7.6e-6798.46Show/hide
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MBA0576079.1 hypothetical protein [Gossypium lobatum]7.6e-6798.46Show/hide
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XP_013457334.1 40S ribosomal protein S15a-1 [Medicago truncatula]3.4e-6799.23Show/hide
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XP_022134546.1 40S ribosomal protein S15a-1 [Momordica charantia]3.4e-6799.23Show/hide
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XP_022949003.1 40S ribosomal protein S15a-1-like [Cucurbita moschata]2.0e-6799.23Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1BY30 40S ribosomal protein S15a-11.6e-6799.23Show/hide
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A0A6J1FJB0 40S ribosomal protein S15a-11.6e-6799.23Show/hide
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A0A6J1GAW0 40S ribosomal protein S15a-1-like9.7e-6899.23Show/hide
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A0A6J1I5M1 40S ribosomal protein S15a-1-like9.7e-6899.23Show/hide
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I3SJY8 Putative ribosomal protein S81.6e-6799.23Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O80646 40S ribosomal protein S15a-32.8e-6490.77Show/hide
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P42798 40S ribosomal protein S15a-11.7e-6997.69Show/hide
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Q00332 40S ribosomal protein S15a4.9e-6996.92Show/hide
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Q9AT34 40S ribosomal protein S15a1.4e-6896.92Show/hide
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Q9LX88 40S ribosomal protein S15a-42.2e-6997.69Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G07770.1 ribosomal protein S15A1.2e-7097.69Show/hide
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AT1G07770.2 ribosomal protein S15A1.2e-7097.69Show/hide
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AT2G39590.1 Ribosomal protein S8 family protein2.0e-6590.77Show/hide
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AT3G46040.1 ribosomal protein S15A D1.6e-7097.69Show/hide
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AT5G59850.1 Ribosomal protein S8 family protein1.2e-7097.69Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCTTATGGTTATGCAAAAGCACGGATACATTGGTGAGTTTGAGTACGTTGACGATCATAGGTCAGGGAAAATTGTTGTTGAACTGAATGGGAGACTTAACAAATGTGGGG
TCATCAGTCCTCGTTTCGATGTTGGTGTCAAGGAGATCGAAGGTTGGACTGCAAGGTTGCTACCCTCAAGACAGTTTGGATTCATTGTGTTGACAACATCTGCGGGAATC
ATGGACCACGAAGAGGCCAGAAGAAAAAACGTCGGTGGTAAAGTGCTTGGTTTCTTCTACTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CGCTAGGGTTTCTCTCTTACCGTTCTCTCTTCGCTAGAACTCTGGAAAAAAGCCCTTGTTCCCGCCCCTGTTCGTCAAGCTCTTCGAAGTTGTCTCTGCAATTACCTAAC
AATGGTTCGCGTGAGTGTTCTGAACGATGCTCTTAAAAGTATGTATAATGCTGAGAAACGCGGGAAGCGTCAGGTCATGATAAGGCCATCTTCGAAAGTTATCATCAAGT
TTCTTATGGTTATGCAAAAGCACGGATACATTGGTGAGTTTGAGTACGTTGACGATCATAGGTCAGGGAAAATTGTTGTTGAACTGAATGGGAGACTTAACAAATGTGGG
GTCATCAGTCCTCGTTTCGATGTTGGTGTCAAGGAGATCGAAGGTTGGACTGCAAGGTTGCTACCCTCAAGACAGTTTGGATTCATTGTGTTGACAACATCTGCGGGAAT
CATGGACCACGAAGAGGCCAGAAGAAAAAACGTCGGTGGTAAAGTGCTTGGTTTCTTCTACTAGGCGATCTCGTGAGATTTTTTTTTTTTTTTGGTATTTACTGCACTTT
TAAACTTTAATGGGAAGCAGTAGAGAGTCCTGTTTTGTTTTAGTTGCTGTTTCGTACCTGCATTCCTTTTGAAGACGTCGATATTGTTTAATGAGCCTTTCCTGAGTTTT
ATTTGTTTCTCCATAGTGAAACTTCAGTTGTTGTAGTTGTCAAGCTTCGGAATTGATTGCATTATTTTGGACCGTATGTTCTTCCCACCATGAAGTTTGTATGTTGTAAA
TCATCCACACATCTTGTTGATTGTTGAACTGTTTTGTTAAACGCTTGAAACCCTCTTGAGAAATTAATAATCTAAAATTAGAAAGAAACTCCATTCTTAAAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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