; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0005531 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0005531
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationLG08:26960873..26964334
RNA-Seq ExpressionSed0005531
SyntenySed0005531
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
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GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]1.9e-9294.32Show/hide
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XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]6.4e-9394.89Show/hide
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XP_038906991.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Benincasa hispida]1.1e-9294.32Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein9.0e-9394.32Show/hide
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A0A218W3C2 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.5e-9293.75Show/hide
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A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like1.5e-9294.32Show/hide
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A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like1.5e-9294.32Show/hide
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A0A7N2N2J7 Uncharacterized protein3.1e-9394.89Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 71.1e-9089.77Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.3e-9393.64Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.7e-5252.91Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.7e-5252.91Show/hide
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         GP+  F+S H IP +MEF    + P Y T D  + IQ++ E+RLKI+GTR+D  +IF IG++ DD+LG+V+
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.7e-5253.49Show/hide
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         GP+  F+S H IP +MEF    + P Y T D  V IQ++ E+RLKI+GTR+D  +IF IG++ DD+LG+V+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein4.5e-0428.74Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein4.5e-0428.74Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L D + + L            G  V+I  I++V  G +  G G  ++ V  + V FRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.2e-1433.59Show/hide
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        G+++  T +EN+G+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.7e-1432.58Show/hide
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        G+ VA+T ++ +G+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ E+ V
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Query:  RLKIIGTRIDAT--EIFCIGTIKDDFLGVVND
        R+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II7.5e-9289.77Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTTCCACATAGTTTTGGAGAGGAATATGCAGCTCCATCCTCGCCACTTTGGGCGTAATCTCCGTGACAACCTCGTCGCCAAGCTCATGAAAGATGTCGAGGGCAC
TTGCAGCGGGCGGCATGGTTTTGTAGTGGCAATTACAGGAATCGAGAATGTTGGGAAAGGATTGATTCGTGATGGCACAGGTTTTGTCTCATTTCCTGTTAAATACCAAT
GTGTTGCGTTTCGCCCTTTCAAGGGAGAAATCTTAGAAGCAGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAAT
CATTTGATACCAGATGATATGGAGTTCCAGGCTGGAGATGTGCCAAACTATACCACTTCGGATGGATCTGTTAAGATTCAGAAGGAGAGTGAAGTTCGATTAAAGATAAT
TGGGACTCGAATCGATGCAACTGAAATTTTTTGTATTGGAACCATCAAAGATGACTTCTTGGGTGTGGTAAATGACCCTACGGCGGCTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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