; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0005556 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0005556
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Description50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like
Genome locationLG08:37736027..37739564
RNA-Seq ExpressionSed0005556
SyntenySed0005556
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR001857 - Ribosomal protein L19
IPR008991 - Translation protein SH3-like domain superfamily
IPR038657 - Ribosomal protein L19 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6573088.1 50S ribosomal protein L19, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.8e-11683.33Show/hide
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XP_022955269.1 54S ribosomal protein subunit img1, mitochondrial-like isoform X1 [Cucurbita moschata]8.8e-11883.33Show/hide
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XP_022955270.1 54S ribosomal protein subunit img1, mitochondrial-like isoform X2 [Cucurbita moschata]8.2e-11682.96Show/hide
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XP_023542738.1 54S ribosomal protein subunit img1, mitochondrial-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]8.2e-11682.59Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1CB38 50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like4.0e-11684.39Show/hide
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A0A6J1GUP7 54S ribosomal protein subunit img1, mitochondrial-like isoform X24.0e-11682.96Show/hide
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A0A6J1GVN3 54S ribosomal protein subunit img1, mitochondrial-like isoform X14.3e-11883.33Show/hide
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A0A6J1K1Y5 50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like isoform X24.9e-11481.85Show/hide
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A0A6J1K3G4 50S ribosomal protein L19, chloroplastic-like isoform X15.2e-11682.22Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P82413 50S ribosomal protein L19, chloroplastic1.1e-3048Show/hide
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        S+  S F  P  + F +   AE +S   +  +A  +  E  P ES A      PR +  +L      IM IL+K+AV   +  R +P I+ G IVQ+++ 
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        VPENKRRLS  KGIVI+R+NAG++TT R+RR++AGVG+E +FPLYSPNIKEIKV+  +KVR+A+LYYLRDK+  L
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Q2RV56 50S ribosomal protein L193.7e-1843.4Show/hide
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        +I++  +KE +E++  QR +P   PG  +++ V V+  N++R+   +G+ IARRNA LN++F +R++  G G+E +FPLY+P I  I+V+ + KVRRAKL
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        YYLR +
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Q2VZV5 50S ribosomal protein L199.7e-1944.34Show/hide
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        +I++ L+KE +E++   R +P   PG  +++ V V+  N+ R+   +G+ IAR+N GLN++F +R++  G G+E +FPLYSPNI  I+V+ +  VRRAKL
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        YYLRD+
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Q8RXX5 50S ribosomal protein L19-2, chloroplastic6.5e-3159.26Show/hide
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        IM +L+K+A+E  +T R +P ++ G IV++K+ VPENKRRLS  KGIV++R+NAG++TT R+RR++AG+G+E +FP+YSPNIKEIKV+  +KVRRA+LYY
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Query:  LRDKMNAL
        LRDK+  L
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Q8W463 50S ribosomal protein L19-1, chloroplastic2.5e-3047.37Show/hide
Query:  TSPFSSRGIATTSSMESDPQESPAIDTAITPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYIVQLKVVVPENKRRLSTLKGIVIARRNAGL
        T   S   +A  +  E + +E         PRIK          +M IL+++A+E  +  R +P+I+ G IV++K+ VPENKRRLS  KGIV++R+NAG+
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        +TT R+RR++AG+G+E +FP+YSPNIKEIKV+  +KVRRA+LYYLRDK+  L
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24240.1 Ribosomal protein L19 family protein1.6e-5674.34Show/hide
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        FSSR  +TT       Q SP  D  +  RIKFKRLDKT++HIMQI+DKEAVEEV+T REIP+IKPGYIVQLKV VPENKRR+S +KG+VIARRNAGLN+T
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        FR+RRLVAGVG+ES+FPLYSPN++ IKV+DKKKVRRAKLYYLR+K+NALKKH
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AT4G11630.1 Ribosomal protein L19 family protein2.4e-5763.59Show/hide
Query:  DFLPSRKRVSSTCSTFQSPRPHLFRLAEITSPFSSRGIATTSSMESDPQESPAIDTAITPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYI
        D  PS +  +   S+ ++       + +    ++SR  +TT   +S  Q SP  D  +  RIKFKRLDKT++HIMQI+DKEAVEEV++ REIP+IKPGYI
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        VQLKV VPENKRR+S +KG+VIARRNAGLN+TFR+RRLVAGVG+ES+FPLYSPN++EIKV+DKKKVRRAKLYYLRDK+NALKKH
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AT4G17560.1 Ribosomal protein L19 family protein1.8e-3147.37Show/hide
Query:  TSPFSSRGIATTSSMESDPQESPAIDTAITPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYIVQLKVVVPENKRRLSTLKGIVIARRNAGL
        T   S   +A  +  E + +E         PRIK          +M IL+++A+E  +  R +P+I+ G IV++K+ VPENKRRLS  KGIV++R+NAG+
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        +TT R+RR++AG+G+E +FP+YSPNIKEIKV+  +KVRRA+LYYLRDK+  L
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AT5G11750.1 Ribosomal protein L19 family protein1.3e-5875.16Show/hide
Query:  FSSRGIATT-SSMESDPQESPAIDTAITPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYIVQLKVVVPENKRRLSTLKGIVIARRNAGLNT
        +S R  +TT  S++S PQ SP  D  +  RIKFKRLDKT++HIMQI+DKEAVEEV+  REIP+IKPGYIVQLKV VPENKRR+S +KG+VIARRNAGLN+
Subjt:  FSSRGIATT-SSMESDPQESPAIDTAITPRIKFKRLDKTSRHIMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYIVQLKVVVPENKRRLSTLKGIVIARRNAGLNT

Query:  TFRLRRLVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLDKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKH
        TFR+RRLVAGVG+ES+FPLYSPN++EIKV+DKKKVRRAKLYYLRDK+NALKKH
Subjt:  TFRLRRLVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLDKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKH

AT5G47190.1 Ribosomal protein L19 family protein4.6e-3259.26Show/hide
Query:  IMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYIVQLKVVVPENKRRLSTLKGIVIARRNAGLNTTFRLRRLVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLDKKKVRRAKLYY
        IM +L+K+A+E  +T R +P ++ G IV++K+ VPENKRRLS  KGIV++R+NAG++TT R+RR++AG+G+E +FP+YSPNIKEIKV+  +KVRRA+LYY
Subjt:  IMQILDKEAVEEVKTQREIPDIKPGYIVQLKVVVPENKRRLSTLKGIVIARRNAGLNTTFRLRRLVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLDKKKVRRAKLYY

Query:  LRDKMNAL
        LRDK+  L
Subjt:  LRDKMNAL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAGAGTTTTCGCAGAATCCATCAATGGGTGCGAAGGCAAAGCCCCGATGCTCATTTCAAGTCGATTCGAAGCTACCCTCTGAATGGGGATGCTGGATGCAGCTGCTC
GGCGCCAATGTCGATAGAAAATGGTTTCACCATTCCTCGTCTTTTTCGGAATCCATATGGGTCTTTCACTGGTGGCCTCTTGGGATCTTTCTCGAAGTTGGGCTATCAAT
TTCCGGAAGCCTTTCAGAAAGATATGGGCTCTCAAGTAGATTTTTTGCCTTCGAGAAAGCGTGTATCTTCAACTTGTTCAACATTCCAAAGTCCCAGGCCACATTTATTT
CGGCTAGCAGAAATTACATCTCCTTTCTCTAGCAGGGGCATTGCAACCACAAGTTCGATGGAATCAGATCCACAAGAATCTCCTGCAATTGATACTGCTATAACTCCTCG
CATCAAATTTAAGAGGCTTGATAAAACCTCAAGACACATTATGCAGATTTTAGATAAAGAAGCTGTTGAGGAGGTAAAAACGCAGAGAGAAATTCCAGATATAAAGCCAG
GCTATATTGTGCAGCTCAAAGTGGTAGTACCTGAGAACAAGCGACGACTCTCAACGTTGAAAGGCATCGTAATAGCCAGAAGGAATGCTGGTCTAAACACAACTTTTAGA
CTAAGGAGGCTAGTTGCTGGTGTTGGGATTGAGTCTCTCTTCCCTCTATACTCACCAAACATAAAAGAGATTAAGGTGTTGGACAAGAAGAAAGTGCGAAGGGCCAAGCT
TTACTATCTTAGGGACAAAATGAACGCGCTTAAGAAGCATTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GAAAAGTGAAGGTTCAGCTCCATTTGCAACAGCGCCTGCTCGACCAAAAACCTCTCTGGATTTAGGGCTTTACGATCTCTTCCTCAGCGTTCGATTACAGTAGCCACGAT
CGCTTCAAATCTAGCCCGAGAATGCAGAGTTTTCGCAGAATCCATCAATGGGTGCGAAGGCAAAGCCCCGATGCTCATTTCAAGTCGATTCGAAGCTACCCTCTGAATGG
GGATGCTGGATGCAGCTGCTCGGCGCCAATGTCGATAGAAAATGGTTTCACCATTCCTCGTCTTTTTCGGAATCCATATGGGTCTTTCACTGGTGGCCTCTTGGGATCTT
TCTCGAAGTTGGGCTATCAATTTCCGGAAGCCTTTCAGAAAGATATGGGCTCTCAAGTAGATTTTTTGCCTTCGAGAAAGCGTGTATCTTCAACTTGTTCAACATTCCAA
AGTCCCAGGCCACATTTATTTCGGCTAGCAGAAATTACATCTCCTTTCTCTAGCAGGGGCATTGCAACCACAAGTTCGATGGAATCAGATCCACAAGAATCTCCTGCAAT
TGATACTGCTATAACTCCTCGCATCAAATTTAAGAGGCTTGATAAAACCTCAAGACACATTATGCAGATTTTAGATAAAGAAGCTGTTGAGGAGGTAAAAACGCAGAGAG
AAATTCCAGATATAAAGCCAGGCTATATTGTGCAGCTCAAAGTGGTAGTACCTGAGAACAAGCGACGACTCTCAACGTTGAAAGGCATCGTAATAGCCAGAAGGAATGCT
GGTCTAAACACAACTTTTAGACTAAGGAGGCTAGTTGCTGGTGTTGGGATTGAGTCTCTCTTCCCTCTATACTCACCAAACATAAAAGAGATTAAGGTGTTGGACAAGAA
GAAAGTGCGAAGGGCCAAGCTTTACTATCTTAGGGACAAAATGAACGCGCTTAAGAAGCATTAGCAACAAATTGTATGATTCTTCAATATTTGACTGTCAAGTTTTCATG
ATTATCTTATCCTGTTTTAAGCATGGAGGACCGACCTGAGAATTTACGCAGCACTCAGATTTGACTATAATAAAAAAAAAGTGAAGTCAATATTGATTGCTCAAGCAAAC
ATTGCCATCATTTGATCTTTTTTCTCCTCTCCTCTTTCTGGAATATCAAAGAGTTTGCCTAAATAGTGTAATAGAAACTTAGAACATGCTGATATTAGGCTGTTTGTAAT
GTGTGTGCATGATGGCTGATGTTATGCCATTCCATCCATCAACATTATCATCTTTTTTAATGAAGTATCGATTATTTATTAGTAGTGTGTTTCAATTCCATGCAAACCTT
CCCCATGTTGTTCCCTTTTCTGATTG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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LRRLVAGVGIESLFPLYSPNIKEIKVLDKKKVRRAKLYYLRDKMNALKKH