; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0005920 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0005920
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionOxidoreductase/transition metal ion-binding protein
Genome locationLG07:5231274..5232080
RNA-Seq ExpressionSed0005920
SyntenySed0005920
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6575655.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.4e-5485.04Show/hide
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XP_022991944.1 uncharacterized protein LOC111488435 [Cucurbita maxima]1.3e-5585.04Show/hide
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XP_023548678.1 uncharacterized protein LOC111807266 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.9e-5686.61Show/hide
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XP_038898802.1 uncharacterized protein LOC120086305 [Benincasa hispida]2.4e-5788.98Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K9W6 Uncharacterized protein1.1e-5287.29Show/hide
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A0A1S3CE82 uncharacterized protein LOC1034998799.5e-5286.55Show/hide
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A0A6J1GPN5 uncharacterized protein LOC1114563231.1e-5585.83Show/hide
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A0A6J1H718 uncharacterized protein LOC1114606921.1e-5287.4Show/hide
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A0A6J1JW83 uncharacterized protein LOC1114884356.3e-5685.04Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G21180.1 unknown protein5.7e-0930.95Show/hide
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        +PWGV  L+ LLL ++ Y S F E W
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AT2G31940.1 unknown protein1.7e-3256.9Show/hide
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        +    P  PLHLC F LILLMF++ SWY++YE V+EG   Q KL L+ SPLLLLL +HF S+ +   G +  L+ L E++SL+RAGGTPWGV F+L  L 
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AT5G19875.1 unknown protein7.7e-3058.25Show/hide
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        HLCF F+++   LSF+WY N+ES++E   D LKL+ I +PL LLLL+HFFS    G L   VP PE+DS+HRAG +PWGV  +L L+LFM+SY S FQER
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        WFP
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AT5G42146.1 unknown protein3.5e-0632.11Show/hide
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        PL L     I+ + L  S Y  Y+  VE     LKL ++  P+L + ++   S       +    V   +  SL   G  PWGV  +L LLL ++S  SY
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        F   W+P L
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCCAACGGAAGCTCCTCCGCCGCAAATTCCCACTCTCAGCCAACTTTTCCCCTTCATCTCTGCTTCTTCTTCCTCATCCTCCTCATGTTCTTGTCCTTC
TCTTGGTACTCCAATTACGAGTCCGTTGTCGAAGGCGTCTTCGATCAACTCAAGCTCCTCCTCATCGTCTCGCCTCTCCTCCTTCTCCTCCTCATCCACTTTTTC
TCCAATGCCGAAAATGGCCGCCTTCCACCCCTCGTCCCCTTGCCCGAAAAAGACTCGCTCCACCGCGCCGGAGGCACGCCGTGGGGCGTAGGGTTCTTGTTGGCT
CTTCTCCTTTTCATGATCTCGTATCACTCTTACTTCCAAGAACGGTGGTTTCCTCTCTTGAGCCGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTCAGTTTTCACACTATATGTATATAAAAAGCTTTCTAGCCACATAAATTTTTCCACATATAACCATAAACCAAGCCACACAGCCATTTCTTAAATCCCAAAAAA
AAAAAAACAAAAGCTCTAACGCCGCCGTCCATGGCTGCCAACGGAAGCTCCTCCGCCGCAAATTCCCACTCTCAGCCAACTTTTCCCCTTCATCTCTGCTTCTTC
TTCCTCATCCTCCTCATGTTCTTGTCCTTCTCTTGGTACTCCAATTACGAGTCCGTTGTCGAAGGCGTCTTCGATCAACTCAAGCTCCTCCTCATCGTCTCGCCT
CTCCTCCTTCTCCTCCTCATCCACTTTTTCTCCAATGCCGAAAATGGCCGCCTTCCACCCCTCGTCCCCTTGCCCGAAAAAGACTCGCTCCACCGCGCCGGAGGC
ACGCCGTGGGGCGTAGGGTTCTTGTTGGCTCTTCTCCTTTTCATGATCTCGTATCACTCTTACTTCCAAGAACGGTGGTTTCCTCTCTTGAGCCGGTGATTCGGG
CCGAGGATCCCCGATCAGTGCTCGAAATGTTCCATATGTCGTCTTGTTGTCGTCGAACAATACTTTGCTGATTTGATGCACTTTTTCAAGTTTGGCTAGGAATGA
ATCAGATCTTGTGATCATGTAATACTTGTTTATGTTAATTATTATTGTAATTAGTTTTTTTTTGTTTTTTTATTTTGGTTCTGATTTTAGATGGAATCCTATGCG
TAGATCGAAGCTGTGTGTAAAGTGTAATCGATTGAGTGTTCAACTCTTCTCATTGTAAATATTTTATTTCCC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAANGSSSAANSHSQPTFPLHLCFFFLILLMFLSFSWYSNYESVVEGVFDQLKLLLIVSPLLLLLLIHFFSNAENGRLPPLVPLPEKDSLHRAGGTPWGVGFLLA
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