; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0006109 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0006109
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationLG03:5783555..5788957
RNA-Seq ExpressionSed0006109
SyntenySed0006109
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.2e-9598.86Show/hide
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XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]6.8e-9598.86Show/hide
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XP_021894560.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Carica papaya]1.2e-9498.3Show/hide
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XP_022923594.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Cucurbita moschata]5.2e-9598.86Show/hide
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XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]1.5e-9498.3Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein3.3e-9598.86Show/hide
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A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.3e-9498.3Show/hide
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A0A6J1CIV0 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB72.8e-9497.16Show/hide
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A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like2.5e-9598.86Show/hide
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A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like2.5e-9598.86Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 72.1e-9191.48Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB77.1e-9595.98Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.8e-5354.07Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.8e-5354.07Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB78.8e-5354.65Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein2.7e-0429.89Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein2.7e-0429.89Show/hide
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        MF+   LE ++++ P      L + + + L            G  V+I  I++V  G +  G G  T+ V  + VVFRPF GE++ A
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AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain3.7e-1433.59Show/hide
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        G+++  T +EN+G+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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Query:  RLKIIGT--RVDATEIFCIGTIKDDFLG
        R  ++ T  R    +   + +I  D LG
Subjt:  RLKIIGT--RVDATEIFCIGTIKDDFLG

AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.2e-1427.53Show/hide
Query:  MFFHIVLERNMQLHPRHF---GRNLRENLVTKLMKDVEGTCSGRH-GFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMG
        MF  + L  N+ +   +    G  L+  ++ +L++      + +  G+ VA+T ++ +G+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G
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Query:  FFAEAGPVQIFVSNHLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTR--VDATEIFCIGTIKDDFLGVIND
         F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ VR+ +IG +      E   + +++ D+LG +++
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II1.5e-9291.48Show/hide
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        MFFHIVLERNMQLHPR FGRNL+ENLV+KLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGI+ +GKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVT+VNKMGFFAE
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTTCCACATAGTTTTAGAGAGGAATATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGACGAAACCTCCGTGAGAATTTGGTAACGAAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCAC
TTGTAGCGGCCGGCATGGTTTTGTAGTGGCGATTACGGGAATCGAGAATGTTGGGAAAGGACTGATTCGTGATGGGACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAATACCAAT
GTGTTGTGTTTCGGCCATTCAAGGGAGAAATATTAGAAGCAGTCGTTACTATGGTCAACAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAAT
CACTTGATTCCAGATGATATGGAGTTTCAGTCTGGAGATGTGCCAAACTATACTACTTCGGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAAT
TGGGACTCGAGTTGATGCAACTGAAATCTTTTGTATTGGAACCATCAAAGATGATTTCTTGGGTGTGATAAATGATCCTTCGGCGGCTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTTTCAACGCCCGCTCACTCAGAAGTCTCCGTGCTTCCCCATCTTCGTTTTCACGCCGTCTCCTCCACCTTCCGCCAAGCTCAGTGTCGCCACCGCCGGCGCCGACGCCG
ACGCCGGCTTATTCCGACTCCGTTCTCATCATAGCAGCTTGCACTGATTTTATACTTTTTTGTTACTGGTAGAGAGAGCCACTATGTTCTTCCACATAGTTTTAGAGAGG
AATATGCAGCTGCATCCACGGCACTTTGGACGAAACCTCCGTGAGAATTTGGTAACGAAACTCATGAAAGATGTCGAGGGCACTTGTAGCGGCCGGCATGGTTTTGTAGT
GGCGATTACGGGAATCGAGAATGTTGGGAAAGGACTGATTCGTGATGGGACAGGTTTTGTCACTTTTCCTGTTAAATACCAATGTGTTGTGTTTCGGCCATTCAAGGGAG
AAATATTAGAAGCAGTCGTTACTATGGTCAACAAGATGGGTTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAATCACTTGATTCCAGATGATATGGAGTTT
CAGTCTGGAGATGTGCCAAACTATACTACTTCGGATGGATCAGTTAAGATTCAGAAGGACAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATTGGGACTCGAGTTGATGCAACTGAAAT
CTTTTGTATTGGAACCATCAAAGATGATTTCTTGGGTGTGATAAATGATCCTTCGGCGGCTTAAGTGTGCAATAATCTTGTTCAAGCAATTCTTCCTTGCATTGGAGTAT
TGTATTACCAGTTTGTATACTGTTGTTATCGCCTAACCCTATCATATACTTTTTTCTCTTACCTAATTTTATTGTATAGTTTTTCCATCTTCTAAACTGCTTTTGTATTT
CATTATACAGATCCTCTTGTTAATTACTTTTTATTTCAGTGAGTGACATTAGAATGATAAACATTTTAATCTTATCAGGAATCATGGTACCCCTTTCTATATCCC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFFHIVLERNMQLHPRHFGRNLRENLVTKLMKDVEGTCSGRHGFVVAITGIENVGKGLIRDGTGFVTFPVKYQCVVFRPFKGEILEAVVTMVNKMGFFAEAGPVQIFVSN
HLIPDDMEFQSGDVPNYTTSDGSVKIQKDSEVRLKIIGTRVDATEIFCIGTIKDDFLGVINDPSAA