; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0006232 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0006232
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionRAB GTPASE HOMOLOG B18
Genome locationLG10:37383608..37388805
RNA-Seq ExpressionSed0006232
SyntenySed0006232
Gene Ontology termsGO:0006886 - intracellular protein transport (biological process)
GO:0005794 - Golgi apparatus (cellular component)
GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
GO:0005525 - GTP binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001806 - Small GTPase
IPR005225 - Small GTP-binding protein domain
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6607690.1 Ras-related protein RABC1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.8e-11395.79Show/hide
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XP_011657438.1 ras-related protein RABC1 isoform X1 [Cucumis sativus]8.3e-11194.39Show/hide
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XP_022153719.1 ras-related protein RABC1-like [Momordica charantia]2.8e-11194.39Show/hide
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XP_022926286.1 ras-related protein RABC1-like [Cucurbita moschata]8.8e-11395.79Show/hide
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XP_023525903.1 ras-related protein RABC1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.5e-11295.79Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KH59 Uncharacterized protein4.0e-11194.39Show/hide
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A0A5A7V1Q4 Ras-related protein RABC1 isoform X18.9e-11193.93Show/hide
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A0A6J1DJX3 ras-related protein RABC1-like1.4e-11194.39Show/hide
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A0A6J1EEF0 ras-related protein RABC1-like4.3e-11395.79Show/hide
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A0A6J1IUG0 ras-related protein RABC1-like4.3e-11395.79Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O23657 Ras-related protein RABC11.1e-9782.78Show/hide
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        SSS  PEFDYLFK+LLIGDSGVGKS+LLL FTS+++++LSPTIGVDFK+K++T+G KKLKLAIWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI+MVYDVTRR+TFTN
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        LSDIWAKEIDLYSTNQDCIKMLVGNKVDKESER VSKKEGIDFAREYGCLFLECSAKTR+NVEQCF+ELVLKIL+TPSL A+GS+G KKNIFK+NP    
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          S   CCS
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O49841 Ras-related protein RABC2a4.4e-8369.23Show/hide
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        SSS    +D  FK+LLIGDSGVGKS+LL+ F S S E+L+PTIGVDFKIK +TVGGK+LKL IWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI++VYDVTRRETFTN
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        L D+W KEI+LYSTNQ+C++MLVGNKVD+ESER VS++EGI  A+E  C+FLECSA+TR NVEQCF+EL LKI++ PSLL +GS+ +K+NI K+ P  + 
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         +  GCCS
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P36862 GTP-binding protein yptV39.0e-6062.57Show/hide
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        DY FK+LL+GDSGVGKS +L RFTS  +EE  + TIGVDFK+K++T  GK+ KL IWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI+ VYDVTRR+TF +L   W +
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Query:  EIDLYSTNQDCIKMLVGNKVDKESERVVSKKEGIDFAREYGCLFLECSAKTRINVEQCFDELVLKILDTPSLLADGSTG
        E D+YST +  IKM+V NKVD  ++R VS +EG DFAR +GCLF+E SA+  + V Q F+EL+LKILDTP LL   + G
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Q6DHC1 Ras-related protein Rab-18-B1.2e-5656.35Show/hide
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        K+L+IG+SGVGKS+LLLRFT D+++ EL+ TIGVDFK+K + + G + KLAIWDTAGQERFRTLT SYYRGAQG+++VYDVT+R+TFT L + W  E++ 
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        Y T  D +KMLVGNK+DK++ R V + EG+ FAR++  LF+E SAKTR  V+  F+ELV KIL TP L  + S         +N P   G+ GG CS
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Q9SF92 Ras-related protein RABC2b1.4e-7364.9Show/hide
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        SSS    +D  FK+LLIGDSGVGKS+LLL F S S E+L+PTIGVDFKIK + V GK+LKL IWDTAGQE+FRTLT SY+RG+QGI++VYDVT+RETF N
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        L+DIWAKEI+LYSTN DCIKMLVGNKVD+ESER VS++EG+  A++  CLF ECSA+TR NV  CF+EL LKI++ PSLL +GS+ +K+       P   
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Query:  GSVGGCCS
           G CCS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43890.1 RAB GTPASE HOMOLOG B187.7e-9982.78Show/hide
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        SSS  PEFDYLFK+LLIGDSGVGKS+LLL FTS+++++LSPTIGVDFK+K++T+G KKLKLAIWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI+MVYDVTRR+TFTN
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          S   CCS
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AT1G43890.2 RAB GTPASE HOMOLOG B187.7e-9982.78Show/hide
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        SSS  PEFDYLFK+LLIGDSGVGKS+LLL FTS+++++LSPTIGVDFK+K++T+G KKLKLAIWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI+MVYDVTRR+TFTN
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        LSDIWAKEIDLYSTNQDCIKMLVGNKVDKESER VSKKEGIDFAREYGCLFLECSAKTR+NVEQCF+ELVLKIL+TPSL A+GS+G KKNIFK+NP    
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          S   CCS
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AT1G43890.3 RAB GTPASE HOMOLOG B187.7e-9982.78Show/hide
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        SSS  PEFDYLFK+LLIGDSGVGKS+LLL FTS+++++LSPTIGVDFK+K++T+G KKLKLAIWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI+MVYDVTRR+TFTN
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Query:  G-SVGGCCS
          S   CCS
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AT3G09910.1 RAB GTPase homolog C2B1.0e-7464.9Show/hide
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        SSS    +D  FK+LLIGDSGVGKS+LLL F S S E+L+PTIGVDFKIK + V GK+LKL IWDTAGQE+FRTLT SY+RG+QGI++VYDVT+RETF N
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        L+DIWAKEI+LYSTN DCIKMLVGNKVD+ESER VS++EG+  A++  CLF ECSA+TR NV  CF+EL LKI++ PSLL +GS+ +K+       P   
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Query:  GSVGGCCS
           G CCS
Subjt:  GSVGGCCS

AT5G03530.1 RAB GTPase homolog C2A3.2e-8469.23Show/hide
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        SSS    +D  FK+LLIGDSGVGKS+LL+ F S S E+L+PTIGVDFKIK +TVGGK+LKL IWDTAGQERFRTLT SYYRGAQGI++VYDVTRRETFTN
Subjt:  SSSTPPEFDYLFKLLLIGDSGVGKSTLLLRFTSDSYEELSPTIGVDFKIKHVTVGGKKLKLAIWDTAGQERFRTLTGSYYRGAQGIVMVYDVTRRETFTN

Query:  LSDIWAKEIDLYSTNQDCIKMLVGNKVDKESERVVSKKEGIDFAREYGCLFLECSAKTRINVEQCFDELVLKILDTPSLLADGSTGLKKNIFKENPPPEN
        L D+W KEI+LYSTNQ+C++MLVGNKVD+ESER VS++EGI  A+E  C+FLECSA+TR NVEQCF+EL LKI++ PSLL +GS+ +K+NI K+ P  + 
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Query:  GSVGGCCS
         +  GCCS
Subjt:  GSVGGCCS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GCTAAAGAAATTGACCTGTACTCAACAAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGAAACAAAGTGGATAAGGAAAGTGAAAGGGTAGTCAGTAAAAAAGAGGGAATTGA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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ACCCTTTTCCATTTCTTCTCAAATCGGATGTCGTCGGCACCGTCGTCTTCCACTCCGCCGGAGTTTGATTACTTGTTTAAGTTGCTGTTGATTGGGGATTCTGGCGTTGG
CAAGAGTACGCTTCTCTTGCGATTCACTTCCGATTCATATGAGGAGCTTTCTCCAACTATTGGTGTGGATTTCAAGATTAAGCATGTTACAGTTGGGGGAAAGAAGTTGA
AGCTTGCAATATGGGACACAGCTGGACAGGAGAGGTTTCGAACATTAACAGGTTCATATTACAGAGGAGCTCAAGGAATCGTTATGGTGTACGATGTGACCCGCCGTGAG
ACATTCACAAATCTGTCTGATATCTGGGCTAAAGAAATTGACCTGTACTCAACAAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGAAACAAAGTGGATAAGGAAAGTGAAAG
GGTAGTCAGTAAAAAAGAGGGAATTGACTTTGCTCGAGAATATGGATGCCTATTTCTCGAATGCAGTGCAAAAACTCGAATCAATGTGGAGCAATGCTTTGATGAGCTTG
TGTTGAAGATTTTGGACACACCCAGTCTTTTGGCTGATGGCTCAACAGGTTTGAAAAAGAACATCTTCAAAGAGAACCCTCCTCCGGAGAACGGATCGGTGGGTGGCTGC
TGCTCGTATTAATTTTATGCTAATAATTCCAGGAGCATCATCATCATTTTGTTTTAGGCCTACGCAGGAGCATCATCATCATCCTGAAGTCACAAGGTTCATGTTCTTTA
TTCTTCTCTTTATGGATTATTATAAGTTCTTTCAACCAGAATGTCTCCCAGACAGTGATTTCCTTGCATTCTTTTAGTCTTTGTTTCTAAGTTGGTTGATGATTAATTGT
TTTTTTTCTGCATCGAACGAATTCGAAACCTTAGGACTCCTATGAATACTCCGGTTTCCGAGACCGATTCTATAAACTGCTTAGTTATATATCCCCTTCGTTTTTTCACT
TGCCCTATCTATCTACACGTTGGCAGTTAGGGGCCAAAACTTTTTTGATACTATGAAATGTTACCTCTCTTGTGTTTATGTTTTAAAATATGCACCTTGTTTGTGGGAAA
TAACAAACATGAAAGTGATTGGAGTATGAATGAAGTAAGTAAACAATGGGG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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AKEIDLYSTNQDCIKMLVGNKVDKESERVVSKKEGIDFAREYGCLFLECSAKTRINVEQCFDELVLKILDTPSLLADGSTGLKKNIFKENPPPENGSVGGCCSY