CuGenDBv2

Gene ID	Sed0006239
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	LG04:25004730..25006840
RNA-Seq Expression	Sed0006239
Synteny	Sed0006239
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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GenBank top hits

e value

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QFZ79247.1 tubulin beta chain-like protein [Luffa aegyptiaca]

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        MREILHIQGGQCGNQIGAKFWEVVCAEHGID  G+Y GDSDLQL+RINVYYNEASCGRFVPRAVLMDLEPG MDS+RSGP+GQ FRPDNFVFGQSGAGNN
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Query:  VLDNEALYDICFRTLKLSTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMM
        VLDNEALYDICFRTLKL+TPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYR+LTVPELTQQMWD+KNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
        CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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Query:  EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEDEYYEEDELGE
        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATA+E+  YE++E GE
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Sequences

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CDS sequence

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TGGCGATTCCGATCTTCAGCTTGACCGGATCAATGTCTACTATAACGAAGCCAGTTGCGGCAGATTCGTTCCTCGCGCCGTGCTGATGGATCTTGAGCCCGGCGTCATGG
ACAGCATCAGATCTGGACCATTCGGTCAGGTTTTCAGGCCTGATAACTTCGTTTTTGGTCAATCTGGTGCCGGAAATAACTGGGCCAAAGGACATTACACCGAAGGTGCC
GAGCTTATTGATTCCGTTCTTGATGTTGTTCGCAAGGAGGCTGAGAATTGTGACTGCCTGCAAGGGTTTCAGGTTTGCCATTCATTGGGAGGCGGGACTGGATCTGGAAT
GGGAACTCTTCTGATCTCCAAGATCAGAGAGGAATACCCTGATAGGATGATGCTCACCTTCTCCGTTTTTCCATCTCCTAAAGTTTCGGATACTGTTGTTGAGCCTTACA
ACGCAACTCTCTCTGTTCATCAACTTGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTTCTCGATAACGAAGCTCTCTACGATATTTGCTTCCGTACCTTGAAGCTCTCCACCCCT
AGCTTTGGTGATCTTAACCATCTGATTTCTGCTACCATGTCCGGTGTAACCTGTTGTTTGCGATTCCCGGGACAGCTTAACTCAGATCTGAGGAAGCTTGCCGTCAATCT
CATCCCATTTCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGGTTTGCTCCTCTCACTTCTCGTGGATCTCAGCAATACAGAGCGCTTACAGTACCTGAGCTCACTCAGCAAATGT
GGGATGCTAAGAACATGATGTGTGCAGCGGATCCTCGACATGGCCGTTATCTTACTGCCTCTGCCATGTTTAGGGGTAAGATGAGCACCAAGGAAGTTGATGAACAGATG
ATCAATGTCCAAAACAAGAACTCTTCGTACTTTGTTGAATGGATCCCCAACAATGTGAAATCTACAGTCTGTGACATTCCACCCACTGGGTTGAAAATGGCATCGACTTT
CATTGGAAATTCGACATCGATCCAGGAGATGTTCCGCCGTGTCAGTGAGCAGTTTACTGCTATGTTCAGGAGGAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAGGGTATGG
ATGAAATGGAGTTCACGGAAGCCGAAAGCAATATGAATGATCTGGTTTCTGAGTATCAACAATACCAAGATGCTACGGCCGAGGAGGATGAATACTACGAAGAAGACGAG
CTTGGGGAACCTGATGACTGA

mRNA sequence

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ACTCATCTCTGCATTTTCGATCTTCAAAATTTCCATATCTTACCAAAATGCGTGAGATTCTCCACATCCAAGGAGGCCAATGCGGCAACCAGATCGGCGCCAAGTTCTGG
GAGGTGGTTTGTGCCGAGCACGGCATCGATTCCATCGGAAAGTACGCTGGCGATTCCGATCTTCAGCTTGACCGGATCAATGTCTACTATAACGAAGCCAGTTGCGGCAG
ATTCGTTCCTCGCGCCGTGCTGATGGATCTTGAGCCCGGCGTCATGGACAGCATCAGATCTGGACCATTCGGTCAGGTTTTCAGGCCTGATAACTTCGTTTTTGGTCAAT
CTGGTGCCGGAAATAACTGGGCCAAAGGACATTACACCGAAGGTGCCGAGCTTATTGATTCCGTTCTTGATGTTGTTCGCAAGGAGGCTGAGAATTGTGACTGCCTGCAA
GGGTTTCAGGTTTGCCATTCATTGGGAGGCGGGACTGGATCTGGAATGGGAACTCTTCTGATCTCCAAGATCAGAGAGGAATACCCTGATAGGATGATGCTCACCTTCTC
CGTTTTTCCATCTCCTAAAGTTTCGGATACTGTTGTTGAGCCTTACAACGCAACTCTCTCTGTTCATCAACTTGTTGAAAACGCCGACGAGTGTATGGTTCTCGATAACG
AAGCTCTCTACGATATTTGCTTCCGTACCTTGAAGCTCTCCACCCCTAGCTTTGGTGATCTTAACCATCTGATTTCTGCTACCATGTCCGGTGTAACCTGTTGTTTGCGA
TTCCCGGGACAGCTTAACTCAGATCTGAGGAAGCTTGCCGTCAATCTCATCCCATTTCCTCGTCTCCACTTTTTCATGGTGGGGTTTGCTCCTCTCACTTCTCGTGGATC
TCAGCAATACAGAGCGCTTACAGTACCTGAGCTCACTCAGCAAATGTGGGATGCTAAGAACATGATGTGTGCAGCGGATCCTCGACATGGCCGTTATCTTACTGCCTCTG
CCATGTTTAGGGGTAAGATGAGCACCAAGGAAGTTGATGAACAGATGATCAATGTCCAAAACAAGAACTCTTCGTACTTTGTTGAATGGATCCCCAACAATGTGAAATCT
ACAGTCTGTGACATTCCACCCACTGGGTTGAAAATGGCATCGACTTTCATTGGAAATTCGACATCGATCCAGGAGATGTTCCGCCGTGTCAGTGAGCAGTTTACTGCTAT
GTTCAGGAGGAAGGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAGGGTATGGATGAAATGGAGTTCACGGAAGCCGAAAGCAATATGAATGATCTGGTTTCTGAGTATCAACAAT
ACCAAGATGCTACGGCCGAGGAGGATGAATACTACGAAGAAGACGAGCTTGGGGAACCTGATGACTGAAGTATGTGCAGGTACTTTTATTTGCCTGTCTCTGGCAAGGAG
GAGGCCAGTGTCGTTGGATTTATCAAGGCCTAAATCATTCTCATGTCTGTATCAGTTTTAGGCCATAATATCTTCGTCAATTCAGATTTGCTTTTCCATTTTGCTTCTTA
ATCGTGTTGTTTGGATAATGCGAAACATGGATTACATATGCTCTTATAATTTGTTCTTCAAGTTTTCTCATTTTGAATATATTTCAGATTTAAGCTTTACATTACAGATT
ATTGAATTTAATAGCTGCACATGATGATATTCGTTTATCAATCATATAAAGGTTACTGATTACTATTTGATTGAGTAGACTTCAAGAGTTTCTTTTGGAGATTTTAGTTT
GCTACATTTTTACATATTCCGTTTTCTAACATCTTTCATTGTGATACACATTTGATTGAGCCGTGT

Protein sequence

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ELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLSTP
SFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDAKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM
INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSTVCDIPPTGLKMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATAEEDEYYEEDE
LGEPDD

Sed0006239 (gene) of Chayote v1 genome