; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0006868 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0006868
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Description40S ribosomal protein S14
Genome locationLG02:42593143..42595575
RNA-Seq ExpressionSed0006868
SyntenySed0006868
Gene Ontology termsGO:0000028 - ribosomal small subunit assembly (biological process)
GO:0000462 - maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (biological process)
GO:0006412 - translation (biological process)
GO:0022627 - cytosolic small ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
GO:0048027 - mRNA 5'-UTR binding (molecular function)
GO:0070181 - small ribosomal subunit rRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001971 - Ribosomal protein S11
IPR018102 - Ribosomal S11, conserved site
IPR036967 - Ribosomal protein S11 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6580713.1 Beta-fructofuranosidase, insoluble isoenzyme 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.3e-7598.67Show/hide
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KAG7017469.1 40S ribosomal protein S14-2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.3e-7598.67Show/hide
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XP_004149195.1 40S ribosomal protein S14-2 [Cucumis sativus]1.3e-7598.67Show/hide
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XP_022946789.1 40S ribosomal protein S14-2-like [Cucurbita moschata]1.8e-7598Show/hide
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XP_038903512.1 40S ribosomal protein S14-2-like isoform X2 [Benincasa hispida]3.0e-7598Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LGP6 Uncharacterized protein6.5e-7698.67Show/hide
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A0A1S3B682 40S ribosomal protein S14-26.5e-7698.67Show/hide
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A0A5D3DNR5 40S ribosomal protein S14-2-like6.5e-7698.67Show/hide
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A0A6J1F6L2 40S ribosomal protein S14-26.5e-7698.67Show/hide
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A0A6J1J4Y9 40S ribosomal protein S14-26.5e-7698.67Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P19950 40S ribosomal protein S141.3e-7394Show/hide
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P19951 40S ribosomal protein S145.9e-7495.27Show/hide
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P42036 40S ribosomal protein S14-37.7e-7491.33Show/hide
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Q9CAX6 40S ribosomal protein S14-23.4e-7492Show/hide
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Q9SIH0 40S ribosomal protein S14-12.9e-7390.67Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G36160.1 Ribosomal protein S11 family protein2.1e-7490.67Show/hide
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AT3G11510.1 Ribosomal protein S11 family protein2.4e-7592Show/hide
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AT3G52580.1 Ribosomal protein S11 family protein5.5e-7591.33Show/hide
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ATCG00750.1 ribosomal protein S114.7e-1031.03Show/hide
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        SR+ TR    + V   P         GV H+ ASFN+T + VTD+ GR       G    +  R   +P+AA  A+ +  +   + G+    +++     
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           K PG G  +ALRA+ RSG+ +  + DVTP+P +  R    RR
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCGAGAAGGAAGACTAGAGAGCCTAAGGAGGAAACTGTCACGCTTGGCCCTGCTGTTCGTGAGGGAGAGCATGTCTTTGGTGTCGCCCACATTTTTGCTTCGTTTAA
TGACACTTTTATTCATGTGACCGATCTGTCGGGTCGAGAAACGTTAGTTCGTGTCACTGGTGGTATGAAGGTGAAAGCTGATAGAGATGAATCATCGCCATATGCTGCCA
TGCTTGCTTCCCAGGATGTTTCTCAACGATGCAAGGAACTTGGTATTACTGCTTTGCATATAAAGCTCAGGGCTACTGGTGGAAACAAAACCAAAACTCCTGGGCCTGGT
GCTCAATCCGCTCTTAGGGCCCTTGCTCGTTCAGGCATGAGAATTGGTCGTATAGAGGATGTAACTCCGATCCCCACGGACAGTACTAGAAGAAAGGGTGGTAGGAGAGG
AAGAAGATTGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAATATTTTCCCCTTCGATAATTTTACATATGGTTTTGGGGCAGATTCGTAGTTTGGGCAAACTCAAAGGACGATTAGGTTATTTCACCTTCGCCCTCATAAACCCTAA
CTATAAATGAAACCATCTTCTTCCATTGAAGCTCCAAAACGTCGAAGGTTGAAGGTTCAGCCAAGTCTCGAAAACCCTAATTTCCCCTTGCAGAGTTCAGTTTCGTACTC
ACCAATATGTCGAGAAGGAAGACTAGAGAGCCTAAGGAGGAAACTGTCACGCTTGGCCCTGCTGTTCGTGAGGGAGAGCATGTCTTTGGTGTCGCCCACATTTTTGCTTC
GTTTAATGACACTTTTATTCATGTGACCGATCTGTCGGGTCGAGAAACGTTAGTTCGTGTCACTGGTGGTATGAAGGTGAAAGCTGATAGAGATGAATCATCGCCATATG
CTGCCATGCTTGCTTCCCAGGATGTTTCTCAACGATGCAAGGAACTTGGTATTACTGCTTTGCATATAAAGCTCAGGGCTACTGGTGGAAACAAAACCAAAACTCCTGGG
CCTGGTGCTCAATCCGCTCTTAGGGCCCTTGCTCGTTCAGGCATGAGAATTGGTCGTATAGAGGATGTAACTCCGATCCCCACGGACAGTACTAGAAGAAAGGGTGGTAG
GAGAGGAAGAAGATTGTAATTCCGAACCTCCCAGATCATCGAGCATTCGTTGCAGTAGTGGTGGAACTTCATACCATGGATTTGGAGAAAAGGTTGCTTTGTTATCTGCT
AAATTCACCTTTCAACATTTTTGTCATTTACATTCATGGAATACCTTCAAAGATGAAATCATAGTACTCTTGTTGCCGTTTCTAAAACTAATTTCATGATCTCAATGACT
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AACTCTTCTCACTTCTAATTTTTAATTGATTTTGAGATTGAACAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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