; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0006953 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0006953
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionRING-type E3 ubiquitin transferase
Genome locationLG07:5226768..5229594
RNA-Seq ExpressionSed0006953
SyntenySed0006953
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR039525 - E3 ubiquitin-protein ligase RNF126-like, zinc-ribbon


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7014205.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.2e-10669.45Show/hide
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XP_022953211.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita moschata]7.2e-11068.62Show/hide
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XP_022991911.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita maxima]9.5e-11068.83Show/hide
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XP_023549060.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.2e-11068.62Show/hide
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XP_038899359.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Benincasa hispida]4.2e-11068.22Show/hide
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        FKLPSDDPSDH  C  AT AL RARDL+HQED SYG  TTL+++ARR  S++SEGI VD  SQS  ++GV+E+G+GE T S ETVSS     GIVIVN +
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KBK3 RING-type E3 ubiquitin transferase9.9e-10566.36Show/hide
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        LCRFKLPSDDPSD   C   T AL RARDLMHQED SYG  TTL+ +ARR SS+ SEGI+VD S QSP ++GV+ + SGE T S ETVSS     GIVIV
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        N +GDENG +G+DG + EDA T+V
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A0A1S3CE92 RING-type E3 ubiquitin transferase1.3e-10467.48Show/hide
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A0A5D3CET0 RING-type E3 ubiquitin transferase4.0e-10667.49Show/hide
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        +SAT   T AA R TYWCHECDMSVTL SP        SSSSSSLLCPHCLTDFLEHMD ++PT                 SDPSSF +VDPLP T+DDN
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        YLL+SPQFLRLF  LAD SS+SDF       PFTPIK SV+AIPTI V+S +LD+DPVL+CAICKDQFLL+VEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPL
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         +GDENG VG+DG + EDA T+V
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A0A6J1GMD4 RING-type E3 ubiquitin transferase3.5e-11068.62Show/hide
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A0A6J1JS41 RING-type E3 ubiquitin transferase4.6e-11068.83Show/hide
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        +SA+AA   AA R TYWCHECDMSVTL SP          SSSSSSLLCPHCLTDFLEHMD ++PT                 SDPSSF IVDPLP T+D
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O22197 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A2.4e-1543.75Show/hide
Query:  PQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPS
        P    LF QL  S+  +   P    + ++ A+PTI ++   L +     C +CKD+F L  EAKQ+PC+H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LPS
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O22283 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A1.8e-1842.16Show/hide
Query:  KPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAATMALSRARDLMHQEDGS
        K ++ A+P I +  T L  D    CA+CK+ F+L   A+++PC+H+YHPDCILPWL+  +SCP+CR +LP++D +D G  +A T   + A +   +ED +
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Query:  YG
         G
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P0CH30 E3 ubiquitin-protein ligase RING11.8e-1841.07Show/hide
Query:  LPATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSC
        LPA   D ++   P   +L  QLA++  +    P    K ++ A+P ++++ + L+ +    CA+C D F    EAKQ+PC HLYH DC+LPWL  H+SC
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Query:  PLCRFKLPSDDP
        P+CR +LP+DDP
Subjt:  PLCRFKLPSDDP

Q8LPN7 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like1.5e-1742.42Show/hide
Query:  PQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDP
        P   +L  QLA++  +    P    K ++ A+PT+ V+  ML  + +  CA+C D+F    + KQ+PC H++H DC+LPWL  H+SCP+CRF+LP+DDP
Subjt:  PQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDP

Q94AK4 E3 ubiquitin-protein ligase RZF14.1e-1537.35Show/hide
Query:  HECDMSVTLASPSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTSDPSSF--FIVDPLP------ATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVV
        ++ ++S  L S  S S S L P  L  F       L   D SS   F+    P       T   +Y    P    L  QL  SS      P    K S+ 
Subjt:  HECDMSVTLASPSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTSDPSSF--FIVDPLP------ATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVV

Query:  AIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPS
        A+PTI ++   L       C +CKD+F L  EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LPS
Subjt:  AIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPS

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55530.1 RING/U-box superfamily protein7.7e-1734.68Show/hide
Query:  VDPLPATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNH
        +D +PA +  +Y +  P F  L  +LA++  +    P    K +V A+ T+ +  T       L C++C D F +  EAK +PC+H +H DC+LPWL  H
Subjt:  VDPLPATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNH

Query:  DSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAA
         SCP+CR++LP+D+     V + +
Subjt:  DSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAA

AT2G39720.1 RING-H2 finger C2A1.3e-1942.16Show/hide
Query:  KPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAATMALSRARDLMHQEDGS
        K ++ A+P I +  T L  D    CA+CK+ F+L   A+++PC+H+YHPDCILPWL+  +SCP+CR +LP++D +D G  +A T   + A +   +ED +
Subjt:  KPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAATMALSRARDLMHQEDGS

Query:  YG
         G
Subjt:  YG

AT2G44330.1 RING/U-box superfamily protein5.3e-1834.3Show/hide
Query:  RTYWCHECDMSVTLASPSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTSDPSSFFIVDPLPATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIP
        R Y C EC++ + + S  S+S    CP C  +   +   S P       F V P P   D+       QFL                        + ++P
Subjt:  RTYWCHECDMSVTLASPSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTSDPSSFFIVDPLPATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIP

Query:  TIHVSSTML----DQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSD
        TI +SS+ML      D  L CAIC++ F++   A++LPC+HLYH DCI+PWL++H+SCPLCR +LP     D
Subjt:  TIHVSSTML----DQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSD

AT3G19950.1 RING/U-box superfamily protein1.1e-1842.42Show/hide
Query:  PQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDP
        P   +L  QLA++  +    P    K ++ A+PT+ V+  ML  + +  CA+C D+F    + KQ+PC H++H DC+LPWL  H+SCP+CRF+LP+DDP
Subjt:  PQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKPSVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDP

AT3G60080.1 RING/U-box superfamily protein1.5e-4141.35Show/hide
Query:  SSASATAAVTTAANRRTYWCHECDMSVTLASPS---SSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTS---------------------DPSSFFIVDPLPATADD
        SS + T  V     RRTYWCHECDMS++L S S   S SS LLCP C  DFLE MD    +S                     D   +  VDP    +DD
Subjt:  SSASATAAVTTAANRRTYWCHECDMSVTLASPS---SSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTS---------------------DPSSFFIVDPLPATADD

Query:  NYLLSSPQFLRLFNQLA-----DSSSDSDFAPFTPIKPS-VVAIPTIHVSSTML------DQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLS
        N+LL SP   RL   LA      SSS S  +  + +K S + +IPTI +SS++L      D D VLLCA+CK+ F++   A++LPCSH+YH DCI+PWLS
Subjt:  NYLLSSPQFLRLFNQLA-----DSSSDSDFAPFTPIKPS-VVAIPTIHVSSTML------DQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLS

Query:  NHDSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAATMAL------SRARDLMHQEDGSYGFGTTLQNIARRRSSV
        +H+SCPLCRF+LP+      G  S A M +      + A D    ED   G    L+ +ARR   +
Subjt:  NHDSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAATMAL------SRARDLMHQEDGSYGFGTTLQNIARRRSSV


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCCTCCGCCTCCGCCACCGCCGCCGTCACCACCGCCGCCAACCGCCGCACATACTGGTGTCACGAGTGCGATATGAGCGTCACTTTGGCTTCCCCTTCTTCTTCTTC
CTCCTCTCTCCTTTGCCCTCACTGTCTCACTGATTTCCTCGAACACATGGATATCTCCCTTCCCACTTCCGATCCCTCATCCTTCTTCATCGTCGACCCACTTCCGGCCA
CCGCCGACGACAATTACCTCCTCAGCAGCCCCCAATTCCTCCGCCTCTTCAACCAGCTCGCCGATTCCTCGTCCGATTCCGATTTCGCCCCCTTCACTCCGATCAAGCCC
TCCGTCGTGGCGATTCCCACCATTCATGTCTCCTCCACCATGCTCGACCAAGACCCAGTTCTACTCTGCGCCATTTGCAAGGATCAGTTCCTTCTCGACGTCGAAGCCAA
ACAGCTCCCCTGTTCCCATCTCTACCATCCCGATTGTATCCTTCCTTGGCTTTCTAATCACGATTCTTGCCCCCTTTGCCGTTTTAAGCTTCCTTCTGATGACCCTTCAG
ATCATGGCGTGTGTAGTGCGGCGACTATGGCCCTGTCGAGGGCTAGGGATTTGATGCATCAAGAGGATGGTAGTTATGGGTTTGGGACTACTCTTCAGAATATTGCTAGA
AGGCGTAGCTCTGTTTTTAGTGAGGGGATTTATGTGGATTCTTCGTCTCAATCTCCTGCTCGATGGGGGGTTTCTGAAATTGGGAGTGGGGAATTGACTCACAGTGGTGA
GACTGTTTCTAGTGGGATTGTGATTGTTAATGGCAGTGGTGATGAGAATGGACTTGTGGGAATTGATGGATCTGTCTATGAGGATGCTGAGACTCTAGTTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCAGGACAGCCCTGCCACTGAGTGCCTAAAACCCAATTTCAAAACCACCCCATAAATCCAAATCCTCAAATCGTAACCCGTTTTTGAGGGGCAAGATCGATCTAAGCTCC
AAAAATAACAAATTATAAAAAAACCATGTCCTCCGCCTCCGCCACCGCCGCCGTCACCACCGCCGCCAACCGCCGCACATACTGGTGTCACGAGTGCGATATGAGCGTCA
CTTTGGCTTCCCCTTCTTCTTCTTCCTCCTCTCTCCTTTGCCCTCACTGTCTCACTGATTTCCTCGAACACATGGATATCTCCCTTCCCACTTCCGATCCCTCATCCTTC
TTCATCGTCGACCCACTTCCGGCCACCGCCGACGACAATTACCTCCTCAGCAGCCCCCAATTCCTCCGCCTCTTCAACCAGCTCGCCGATTCCTCGTCCGATTCCGATTT
CGCCCCCTTCACTCCGATCAAGCCCTCCGTCGTGGCGATTCCCACCATTCATGTCTCCTCCACCATGCTCGACCAAGACCCAGTTCTACTCTGCGCCATTTGCAAGGATC
AGTTCCTTCTCGACGTCGAAGCCAAACAGCTCCCCTGTTCCCATCTCTACCATCCCGATTGTATCCTTCCTTGGCTTTCTAATCACGATTCTTGCCCCCTTTGCCGTTTT
AAGCTTCCTTCTGATGACCCTTCAGATCATGGCGTGTGTAGTGCGGCGACTATGGCCCTGTCGAGGGCTAGGGATTTGATGCATCAAGAGGATGGTAGTTATGGGTTTGG
GACTACTCTTCAGAATATTGCTAGAAGGCGTAGCTCTGTTTTTAGTGAGGGGATTTATGTGGATTCTTCGTCTCAATCTCCTGCTCGATGGGGGGTTTCTGAAATTGGGA
GTGGGGAATTGACTCACAGTGGTGAGACTGTTTCTAGTGGGATTGTGATTGTTAATGGCAGTGGTGATGAGAATGGACTTGTGGGAATTGATGGATCTGTCTATGAGGAT
GCTGAGACTCTAGTTTAGGAGGATATTGGAGTTTTGTTTCTGCCAATTTGAGGTAATAGTAGAGTATGCTTGTGAAAGAGGACTCTTAGAAAGCTACCTAAGTAGATGGT
TGGAAATGTAAATTTCTACAGAGAAAGACTCTGCTACCTTCTTCTTATTATTTTACTTTTCCTTCTCCTCTTTCATCTTGGGTAACCTATATAATAAGATTTGAACCGTA
GAGTGAAAATAGATTAATACTAAATTAGATAATCAATCACGTCATCGACCCATTCGATAGAGGTTCATTCTATTTTAAACATTACATTTTTAAGTGTTAAAATTCAGTTC
ATGTATTTTCAACCAATCTTAAAGTTAGCTTTGCAAAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSSASATAAVTTAANRRTYWCHECDMSVTLASPSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDISLPTSDPSSFFIVDPLPATADDNYLLSSPQFLRLFNQLADSSSDSDFAPFTPIKP
SVVAIPTIHVSSTMLDQDPVLLCAICKDQFLLDVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSDHGVCSAATMALSRARDLMHQEDGSYGFGTTLQNIAR
RRSSVFSEGIYVDSSSQSPARWGVSEIGSGELTHSGETVSSGIVIVNGSGDENGLVGIDGSVYEDAETLV