; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0007112 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0007112
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionPhotosystem I assembly protein Ycf3
Genome locationLG13:18635592..18636711
RNA-Seq ExpressionSed0007112
SyntenySed0007112
Gene Ontology termsGO:0015979 - photosynthesis (biological process)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001440 - Tetratricopeptide repeat 1
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
IPR019734 - Tetratricopeptide repeat


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
QJD26297.1 Ycf3 [Trichosanthes kirilowii]8.5e-5182.68Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY  G                + AAE
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE

Query:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        YWKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

YP_009139469.1 hypothetical chloroplast RF34 [Dunalia solanacea]1.4e-5089.47Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLGS---TAAEYWKQAIALTPANY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYV  +    AAEYWKQAIALTP NY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLGS---TAAEYWKQAIALTPANY

Query:  IEAQNWLKITRRFK
        IEA NWLKITRRF+
Subjt:  IEAQNWLKITRRFK

YP_009447451.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Cucurbita maxima]3.2e-5082.54Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                  + AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

YP_009525187.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Hodgsonia macrocarpa]3.2e-5082.54Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                  + AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

YP_009945418.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Sechium edule]3.8e-5184.13Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                  + AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6H0ER18 Photosystem I assembly protein Ycf31.8e-5184.13Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                  + AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

A0A6M3RU95 Photosystem I assembly protein Ycf34.1e-5182.68Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY  G                + AAE
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE

Query:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        YWKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

A0A6M3RWP8 Photosystem I assembly protein Ycf34.1e-5182.68Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY  G                + AAE
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE

Query:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        YWKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

A0A6M3S6C6 Photosystem I assembly protein Ycf34.1e-5182.68Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY  G                + AAE
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE

Query:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        YWKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

A0A7D4XNM0 Photosystem I assembly protein Ycf34.1e-5182.68Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY  G                + AAE
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG----------------STAAE

Query:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        YWKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  YWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0ZZ36 Photosystem I assembly protein Ycf38.0e-5280.95Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                    AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

Q2L906 Photosystem I assembly protein Ycf38.0e-5280.95Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                    AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

Q49KZ7 Photosystem I assembly protein Ycf38.0e-5280.95Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                    AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

Q4VZH4 Photosystem I assembly protein Ycf34.2e-5382.54Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                  + AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

Q9MTP0 Photosystem I assembly protein Ycf38.0e-5280.95Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                    AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAIALTP NYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G04240.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein7.5e-0533.67Show/hide
Query:  GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG--STAAEYWKQAIALTPANYIEAQN
        G+   ALQ Y EA++L+   +  +Y+  N+G ++   G  T+A+  Y  AL+  P    AF N+A I +Y  G    A  ++KQA++  P  ++EA N
Subjt:  GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLG--STAAEYWKQAIALTPANYIEAQN

AT3G11540.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein2.6e-0538.36Show/hide
Query:  SAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDP-YDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVI
        S +  GN  E +Q YYEA  L+IDP Y  +Y  YN+G++++   ++  AL  Y +A    P   +A+ NM VI
Subjt:  SAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDP-YDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVI

AT3G11540.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein2.2e-0437.14Show/hide
Query:  SAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDP-YDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNM
        S +  GN  E +Q YYEA  L+IDP Y  +Y  YN+G++++   ++  AL  Y +A    P   +A+ NM
Subjt:  SAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDP-YDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNM

ATCG00360.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein6.3e-5279.37Show/hide
Query:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY
        MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKAL+YYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY                  + AAEY
Subjt:  MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY---------------VLGSTAAEY

Query:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK
        WKQAI LTP NYIEAQNWL ITRRF+
Subjt:  WKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRFK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCGGCTCAATCCGAAGGAAATTATGCGGAAGCTCTACAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAATCGATCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAACATAGG
TCTTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACGAAAGCTTTGAAATATTATTTTCGGGCACTAGAACGAAACCCGTTCTTACCACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATCT
GTCATTACGTGCTTGGTTCAACTGCCGCTGAGTATTGGAAACAAGCTATAGCACTTACTCCCGCCAATTATATTGAAGCACAAAATTGGTTGAAGATCACAAGGCGCTTC
AAATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCGGCTCAATCCGAAGGAAATTATGCGGAAGCTCTACAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAATCGATCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAACATAGG
TCTTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACGAAAGCTTTGAAATATTATTTTCGGGCACTAGAACGAAACCCGTTCTTACCACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATCT
GTCATTACGTGCTTGGTTCAACTGCCGCTGAGTATTGGAAACAAGCTATAGCACTTACTCCCGCCAATTATATTGAAGCACAAAATTGGTTGAAGATCACAAGGCGCTTC
AAATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSAQSEGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALKYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVLGSTAAEYWKQAIALTPANYIEAQNWLKITRRF
K