CuGenDBv2

Gene ID	Sed0007390
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	30S ribosomal protein S15, chloroplastic
Genome location	LG05:27534415..27539567
RNA-Seq Expression	Sed0007390
Synteny	Sed0007390
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000589 - Ribosomal protein S15 IPR005290 - Ribosomal protein S15, bacterial-type IPR009068 - S15/NS1, RNA-binding

Homology

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GenBank top hits

e value

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Alignment

KAG7036528.1 rpsO [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

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XP_022998182.1 uncharacterized protein LOC111492906 [Cucurbita maxima]

1.4e-168

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XP_023523996.1 uncharacterized protein LOC111788072 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

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XP_038893797.1 uncharacterized protein LOC120082614 [Benincasa hispida]

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TrEMBL top hits

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Alignment

A0A0A0KVK2 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

3.7e-151

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        S EEIRK+LSEFR+RS+VPPPSDLGS  +PS+SS WQRGISFQ+LYK N++R GED N APA+ T GGR G + FDSI+ SLR+V S+  MQ+E KSGDS
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A0A1S3BXJ5 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

7.9e-154

69.43

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        SLSAFK+ LK   S PV G TE RLP S  GKE++DRK G N  MKTEFV MYS++ELG KLRALRP   K KNWFSL+ELN+RL++LR MEEKE ESRI
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        GG   +DLR SL+Q+K SD+ EK  + A++QRLDI GQL RT +YM EPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEK+KIELAKVR++FKMSESDCGSARVQVAQLTT
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A0A5A7TSB7 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

7.9e-154

69.43

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A0A6J1G9E3 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

3.0e-169

75.16

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A0A6J1K776 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

6.6e-169

74.95

Show/hide

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Query:  SFEEIRKHLSEFRSRSAVPPPSDLGSSPSPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGGRTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSI
        S EEIRK+LSEFRSRS+VPPPS+LG +PS SASS WQRGISFQELYKRNA+R G+DG+AP    + GR+G L+FDSIR SLRQV SS AMQNERKSGDS+
Subjt:  SFEEIRKHLSEFRSRSAVPPPSDLGSSPSPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGGRTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSI

Query:  SLSAFKNRLK----PDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRKGGGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEA
        SLSAFKN LK       ST VFG TE RLPAS  GKE+ DRK G NE MKTEFV MYSH ELG KLRALRP + K KNWFSLTELNERL++LR MEEKE 
Subjt:  SLSAFKNRLK----PDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRKGGGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEA

Query:  ESRIGGSPIRDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVA
        ES+IGG   +DLRESL+++K SD+ EK  +  TIQRLDI GQL RT ++M +PP+EHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVR+EFKMSESDCGSARVQVA
Subjt:  ESRIGGSPIRDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVA

Query:  QLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYKN
        QLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYC+VLNKLG RDNPDYKN
Subjt:  QLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYKN

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A6TEI4 30S ribosomal protein S15

7.6e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        AK+  EF   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D   Y  ++ +LGLR
Subjt:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

A8F724 30S ribosomal protein S15

4.5e-13

51.22

Show/hide

Query:  ELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        E  K+ ++F+++E D GSA VQVA LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ MV  R+KLL+YLR+++ ESY  ++ KL LR
Subjt:  ELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

B5XSX7 30S ribosomal protein S15

5.8e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        AK+  EF   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV  R+KLL YL+R D   Y  ++ +LGLR
Subjt:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

B7IFB5 30S ribosomal protein S15

1.7e-12

54.67

Show/hide

Query:  EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        EF++ E D GS  VQ+A LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ +V  R+K+LKYLR  D ESY  V+ KLGLR
Subjt:  EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

Q8RHN4 30S ribosomal protein S15

5.8e-13

Show/hide

Query:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR
        A++  EF  SE+D GS  VQ+A LT KINHLT  L  HKKD HS+ GLL MV  RK+LL YL + D E Y  ++ KLG+R
Subjt:  AKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G15810.1 S15/NS1, RNA-binding protein

9.4e-75

44.05

Show/hide

Query:  MALQLSLRPKNPKALTNPSLINLFSSNSSAA-----SDPNDHPADSSSSSATTASAP-----SPISSYFSNVKHQPPSPSPPN--QSSPASKAASFEEIR
        MAL L+ R  + +  +N SLI  FS++SS +     + P + P+ S SS + + S+P     + +     N + Q   P   +  QS      +  + + 
Subjt:  MALQLSLRPKNPKALTNPSLINLFSSNSSAA-----SDPNDHPADSSSSSATTASAP-----SPISSYFSNVKHQPPSPSPPN--QSSPASKAASFEEIR

Query:  KHLSEFRSRSAVPPPSDLGSSPSPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGGRTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSISLSAFK
        K+L++F+ RS VPPP D G    PS        IS   LYK++A  N  D   P +    G       ++++    Q+ +S    N  K G    L +FK
Subjt:  KHLSEFRSRSAVPPPSDLGSSPSPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGGRTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSISLSAFK

Query:  NRLKPDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRKG--GGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEAESRIGGSP
        + +         GE    LP      ++ + KG  G  E   TEF+M Y+ EELGEKLR LRP   K++ WFSL ELN+RL++LR++EEKEA+ R     
Subjt:  NRLKPDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRKG--GGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEAESRIGGSP

Query:  IRDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINH
           LR  +   K  +    +      Q + I G L    +Y   PPKE LV+ YFHPDNMSSAEK+KIEL+KVR+EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI H
Subjt:  IRDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINH

Query:  LTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK
        L++ LHKKDKHS+KGLL MVQ RKKLLKYLRRTDW+SYCLVL+KL LRDNPDYK
Subjt:  LTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK

AT1G80620.1 S15/NS1, RNA-binding protein

5.5e-83

45.7

Show/hide

Query:  MALQLSLRPKNPKALTNPSLINLFS-SNSSAASDPNDHPADSSSSSATTASAPSPISSYFSNVK---HQPPSPSPPNQ-----SSPASKAASFEEIRKHL
        MAL L+ RPK  +  +NPSLI+LFS S+SS++S P D   + S+   + +S+   ISSYFS ++    Q  S     Q     + P +  +  ++IR++L
Subjt:  MALQLSLRPKNPKALTNPSLINLFS-SNSSAASDPNDHPADSSSSSATTASAPSPISSYFSNVK---HQPPSPSPPNQ-----SSPASKAASFEEIRKHL

Query:  SEFRSRSAVPPPSDLGSSPSPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGG--RTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSISLSAFKN
        +EFRSR+  PPP D+                  Q+L+K+N +              GG  R   +   +I+ +LRQ+    A    + +  S   +  K 
Subjt:  SEFRSRSAVPPPSDLGSSPSPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGG--RTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSISLSAFKN

Query:  RLKPDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRKGGGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEAE--SRIGGSPI
         +  ++ + V G     LP S VGKE+ + +    E MK+EF+  Y   ELGEKLR  RP   KE+ WFSL ELN+RL++LR MEE++ +  S +  S +
Subjt:  RLKPDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRKGGGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEAE--SRIGGSPI

Query:  RDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHL
         +LR          +  K  +    Q  +I+G L  T  YM EPPK+ LVE YFHPDNMSSAEK+KIELAKVR+EFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI HL
Subjt:  RDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHL

Query:  TAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK
        ++VLHKKDKHS+KGL+AMVQ RKKLLKY+RRTDW+SYCL L+KLGLRDNPDYK
Subjt:  TAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTTCAACTCAGCCTCAGACCCAAAAACCCTAAAGCTCTCACCAATCCTTCTCTCATCAATCTCTTCTCCTCCAATTCCTCCGCCGCATCCGATCCAAATGACCA
CCCCGCCGATTCTTCTTCCTCCTCCGCCACCACTGCCTCTGCTCCATCTCCCATCTCCTCTTACTTCAGCAACGTCAAACATCAGCCGCCATCTCCTTCTCCACCGAATC
AATCTTCTCCAGCTTCAAAAGCCGCCTCGTTCGAAGAAATCAGAAAGCATCTCTCAGAGTTCCGCAGTCGATCCGCTGTGCCGCCTCCCTCCGATCTCGGCTCTTCACCT
TCGCCTTCAGCTTCTTCGCCCTGGCAGCGTGGCATCTCCTTCCAAGAGCTGTACAAGAGAAACGCGATCAGAAATGGAGAGGATGGCAATGCACCTGCGGATCCGACCAA
AGGTGGCCGTACCGGCTTCCTCACGTTTGATTCCATTCGTAGGAGCTTGCGGCAGGTCGGTTCATCCACGGCCATGCAAAACGAACGAAAGAGTGGGGATTCGATTTCCT
TGTCGGCGTTTAAGAACAGATTGAAACCAGACCTGTCGACGCCGGTGTTCGGTGAAACAGAGAACCGGTTACCGGCGTCCGGCGTTGGGAAGGAGGTGAGGGACAGAAAA
GGTGGGGGGAATGAGAGAATGAAGACGGAGTTTGTGATGATGTATAGCCATGAGGAATTGGGGGAGAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCACATAGAGCGAAAGAGAAGAATTG
GTTTTCATTGACGGAGTTGAATGAGAGGTTGTTGCAGCTAAGGGAAATGGAGGAGAAGGAGGCCGAGTCGAGAATTGGGGGATCTCCAATCAGGGATTTGAGAGAGAGCT
TGATTCAGTTGAAGACTTCTGATGAACATGAGAAGACGCCAAGGATAGCAACAATTCAACGGCTCGATATCTTTGGTCAGCTAGATCGAACAAAGGACTATATGCAAGAA
CCTCCAAAGGAACATCTTGTTGAAAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCGTCTGCCGAAAAGCTTAAAATCGAGTTGGCAAAAGTTAGAGATGAATTTAAAATGTCAGA
GTCAGACTGTGGATCTGCTCGAGTTCAAGTTGCACAACTTACAACTAAAATCAATCATCTAACTGCCGTCTTGCACAAGAAGGATAAGCATTCTAAGAAAGGTCTTCTTG
CAATGGTGCAACTGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTATTGTCTGGTTCTTAACAAACTTGGTCTCCGAGACAACCCGGATTACAAG
AACTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GCCGGTTTTGGCGGGCCAACTTCCATAGGCTCATTTCTGAAACCCTAGTCATCTTCTTCTTGTTCTTCTTCTTCATTTTTCCTGTGAAAACCTTGTTCATTTCATCTAAC
AATGGCGCTTCAACTCAGCCTCAGACCCAAAAACCCTAAAGCTCTCACCAATCCTTCTCTCATCAATCTCTTCTCCTCCAATTCCTCCGCCGCATCCGATCCAAATGACC
ACCCCGCCGATTCTTCTTCCTCCTCCGCCACCACTGCCTCTGCTCCATCTCCCATCTCCTCTTACTTCAGCAACGTCAAACATCAGCCGCCATCTCCTTCTCCACCGAAT
CAATCTTCTCCAGCTTCAAAAGCCGCCTCGTTCGAAGAAATCAGAAAGCATCTCTCAGAGTTCCGCAGTCGATCCGCTGTGCCGCCTCCCTCCGATCTCGGCTCTTCACC
TTCGCCTTCAGCTTCTTCGCCCTGGCAGCGTGGCATCTCCTTCCAAGAGCTGTACAAGAGAAACGCGATCAGAAATGGAGAGGATGGCAATGCACCTGCGGATCCGACCA
AAGGTGGCCGTACCGGCTTCCTCACGTTTGATTCCATTCGTAGGAGCTTGCGGCAGGTCGGTTCATCCACGGCCATGCAAAACGAACGAAAGAGTGGGGATTCGATTTCC
TTGTCGGCGTTTAAGAACAGATTGAAACCAGACCTGTCGACGCCGGTGTTCGGTGAAACAGAGAACCGGTTACCGGCGTCCGGCGTTGGGAAGGAGGTGAGGGACAGAAA
AGGTGGGGGGAATGAGAGAATGAAGACGGAGTTTGTGATGATGTATAGCCATGAGGAATTGGGGGAGAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCACATAGAGCGAAAGAGAAGAATT
GGTTTTCATTGACGGAGTTGAATGAGAGGTTGTTGCAGCTAAGGGAAATGGAGGAGAAGGAGGCCGAGTCGAGAATTGGGGGATCTCCAATCAGGGATTTGAGAGAGAGC
TTGATTCAGTTGAAGACTTCTGATGAACATGAGAAGACGCCAAGGATAGCAACAATTCAACGGCTCGATATCTTTGGTCAGCTAGATCGAACAAAGGACTATATGCAAGA
ACCTCCAAAGGAACATCTTGTTGAAAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCGTCTGCCGAAAAGCTTAAAATCGAGTTGGCAAAAGTTAGAGATGAATTTAAAATGTCAG
AGTCAGACTGTGGATCTGCTCGAGTTCAAGTTGCACAACTTACAACTAAAATCAATCATCTAACTGCCGTCTTGCACAAGAAGGATAAGCATTCTAAGAAAGGTCTTCTT
GCAATGGTGCAACTGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGAATCCTATTGTCTGGTTCTTAACAAACTTGGTCTCCGAGACAACCCGGATTACAA
GAACTGAAGGTAGTAGCCCTGGTAGTCCCTGTTCTTCTCTGAGGTTTGTACTCAGTTTTGTTGGAGACAATTCTGTGGAACTAAAATTCATATCATAAAGTGAGAGCTTT
CTGCTTGTTGGCATGAAATGCCAAAAATGGCATTGGAAGCTTGGAGGCTAGATGGATGGTTCATTGCTAATGTGGGAAGTGCAGATTTTCTATTGTATTAGATGATCCTG
TTCTGTTTGTTATGCTATACTGTTCTTGAACTCATTCCTATTTAGCTGCAAAATGCTCTGGTCTGCTCTTGCTAGCATCTTTCTTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTA
ATTTAATAACATTTTAATCCGTAGCCGCTTGGTCATCTAATAGCTCAACTGTGTTAGTGTTTTCCTAAT

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQLSLRPKNPKALTNPSLINLFSSNSSAASDPNDHPADSSSSSATTASAPSPISSYFSNVKHQPPSPSPPNQSSPASKAASFEEIRKHLSEFRSRSAVPPPSDLGSSP
SPSASSPWQRGISFQELYKRNAIRNGEDGNAPADPTKGGRTGFLTFDSIRRSLRQVGSSTAMQNERKSGDSISLSAFKNRLKPDLSTPVFGETENRLPASGVGKEVRDRK
GGGNERMKTEFVMMYSHEELGEKLRALRPHRAKEKNWFSLTELNERLLQLREMEEKEAESRIGGSPIRDLRESLIQLKTSDEHEKTPRIATIQRLDIFGQLDRTKDYMQE
PPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKLKIELAKVRDEFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQLRKKLLKYLRRTDWESYCLVLNKLGLRDNPDYK
N

Sed0007390 (gene) of Chayote v1 genome