; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0009829 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0009829
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionGag/pol protein
Genome locationLG11:23880067..23880489
RNA-Seq ExpressionSed0009829
SyntenySed0009829
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0044955.1 gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa]7.2e-1553.64Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG
        N+ EMN  VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV         TS+R   +G T   S  K  PS 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG

Query:  SKNKCYASKK
        S NK +  KK
Subjt:  SKNKCYASKK

KAA0048404.1 gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa]7.2e-1553.64Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG
        N+ EMN  VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV         TS+R   +G T   S  K  PS 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG

Query:  SKNKCYASKK
        S NK +  KK
Subjt:  SKNKCYASKK

KAA0062798.1 gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-1554.55Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER
        NM EMNE VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV    +K  R + S TK  P     K S KK+ 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER

Query:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK
          G+K    A   SKK KA K
Subjt:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK

TYJ96755.1 gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-1554.55Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER
        NM EMNE VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV    +K  R + S TK  P     K S KK+ 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER

Query:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK
          G+K    A   SKK KA K
Subjt:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK

TYK14550.1 gag/pol protein [Cucumis melo var. makuwa]7.2e-1553.64Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG
        N+ EMN  VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV         TS+R   +G T   S  K  PS 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG

Query:  SKNKCYASKK
        S NK +  KK
Subjt:  SKNKCYASKK

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SMH8 Gag/pol protein3.5e-1553.64Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG
        N+ EMN  VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV         TS+R   +G T   S  K  PS 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG

Query:  SKNKCYASKK
        S NK +  KK
Subjt:  SKNKCYASKK

A0A5A7V4M1 Gag/pol protein3.5e-1553.64Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG
        N+ EMN  VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV         TS+R   +G T   S  K  PS 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG

Query:  SKNKCYASKK
        S NK +  KK
Subjt:  SKNKCYASKK

A0A5A7V5A8 Gag/pol protein9.2e-1654.55Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER
        NM EMNE VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV    +K  R + S TK  P     K S KK+ 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER

Query:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK
          G+K    A   SKK KA K
Subjt:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK

A0A5D3BE74 Gag/pol protein9.2e-1654.55Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER
        NM EMNE VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV    +K  R + S TK  P     K S KK+ 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIK-KKSPRTTSSRTK--PKGRTFKVSSKKER

Query:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK
          G+K    A   SKK KA K
Subjt:  PSGSKNKCYA---SKKVKAEK

A0A5D3CPJ6 Gag/pol protein3.5e-1553.64Show/hide
Query:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG
        N+ EMN  VI+E  QVSFILE++P SFLQF+SN VMNK+A+ L TLLNELQ FES++KI G++GE NV         TS+R   +G T   S  K  PS 
Subjt:  NMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKGRTFKVSSKKERPSG

Query:  SKNKCYASKK
        S NK +  KK
Subjt:  SKNKCYASKK

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTCTCCGAGCCATTCCTAATGCTAAGACAAGTCAGGAATGTAAGTGACGGAGCATGTACTCTAGATGATAACATGGATGAAATGAATGAGGACGTTATAGAGGAATT
TGATCAGGTAAGTTTTATTCTTGAGACGATACCGAGTAGCTTCTTACAATTTAAAAGCAATATTGTTATGAATAAGGTTGCCTTTAACCTTGGTACTCTTCTTAATGAAC
TTCAAAACTTTGAGTCCATTGTGAAAATCTCGGGAAAAGAAGGGGAGGAAAATGTTGTCATCAAGAAAAAGAGTCCTCGAACCACGAGTTCAAGGACCAAGCCTAAAGGT
CGGACATTTAAGGTAAGTTCTAAAAAAGAAAGACCTAGTGGGAGCAAGAATAAGTGCTATGCTTCAAAGAAAGTCAAGGCTGAGAAGGATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCTCTCCGAGCCATTCCTAATGCTAAGACAAGTCAGGAATGTAAGTGACGGAGCATGTACTCTAGATGATAACATGGATGAAATGAATGAGGACGTTATAGAGGAATT
TGATCAGGTAAGTTTTATTCTTGAGACGATACCGAGTAGCTTCTTACAATTTAAAAGCAATATTGTTATGAATAAGGTTGCCTTTAACCTTGGTACTCTTCTTAATGAAC
TTCAAAACTTTGAGTCCATTGTGAAAATCTCGGGAAAAGAAGGGGAGGAAAATGTTGTCATCAAGAAAAAGAGTCCTCGAACCACGAGTTCAAGGACCAAGCCTAAAGGT
CGGACATTTAAGGTAAGTTCTAAAAAAGAAAGACCTAGTGGGAGCAAGAATAAGTGCTATGCTTCAAAGAAAGTCAAGGCTGAGAAGGATTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLSEPFLMLRQVRNVSDGACTLDDNMDEMNEDVIEEFDQVSFILETIPSSFLQFKSNIVMNKVAFNLGTLLNELQNFESIVKISGKEGEENVVIKKKSPRTTSSRTKPKG
RTFKVSSKKERPSGSKNKCYASKKVKAEKD