; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0012538 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0012538
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Description28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic
Genome locationLG12:2649892..2652442
RNA-Seq ExpressionSed0012538
SyntenySed0012538
Gene Ontology termsGO:1901259 - chloroplast rRNA processing (biological process)
GO:0009507 - chloroplast (cellular component)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0049207.1 putative G3BP-like protein [Cucumis melo var. makuwa]2.8e-11185.99Show/hide
Query:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST
        AAA GAS F TP+RGSRS H  SDSL+ TPSTQ+L PILS SL IESPP RA    WRPVL ISAAVVQGE AVT G EEGV EETAV+GGSPV+ GS  
Subjt:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST

Query:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
         TKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
Subjt:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL

Query:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEM
        SWSVTSE L QAFQEYGNVVGARVIYNGETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL ALNE+
Subjt:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEM

KAG6597332.1 Nuclear transport factor 2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.3e-10577.39Show/hide
Query:  MAAAAGASFKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEET-------AVDGGSP
        MA AAGAS  T  R       LSD+L+TTPS  M  PILS SLAIES P RA    WRP LGISAAVVQ +AAVT G EEGVA+ET       AVDGGSP
Subjt:  MAAAAGASFKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEET-------AVDGGSP

Query:  VDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY
        V+ G    TKLYFGNLPYSVDSSQLA IVQD+GVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDGTAYMGR+LRVNFSDKPKPK  LYP++EY
Subjt:  VDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY

Query:  KLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG
        +L+V NLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIY+ ETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL A NE+ELEGRVIRVSLA+GKQ QG
Subjt:  KLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG

XP_004134038.1 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic [Cucumis sativus]3.7e-11683.33Show/hide
Query:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST
        AAA GAS F T +RGSRS H LSDSL+ TPSTQ+L PILS SLAIESP  RA    WRPV+ ISAAVVQGE AVT G EEGV EET V+GGSPV+ GS  
Subjt:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST

Query:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
         TKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQD+G+AELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDG+AYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
Subjt:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL

Query:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG
        SWSVTSE L QAFQEYGNVVGARVIY+GETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL  +NE+ELEGRVIRVSLAEGKQ  G
Subjt:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG

XP_016898952.1 PREDICTED: LOW QUALITY PROTEIN: putative G3BP-like protein [Cucumis melo]1.8e-11586.09Show/hide
Query:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST
        AAA GAS F TP+RGSRS H  SDSL+ TPSTQ+L PILS SL IESPP RA    WRPVL ISAAVVQGE AV  G EEGV EETAV+GGSPV+ GS  
Subjt:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST

Query:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
         TKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
Subjt:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL

Query:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRV
        SWSVTSE L QAFQEYGNVVGARVIYNGETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL ALNE+ELEGRVIRV
Subjt:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRV

XP_022157973.1 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic [Momordica charantia]4.0e-11079.08Show/hide
Query:  AAAAGASFKT---PIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEE----TAVDGGSPV
        AA  G+SF       +G RS H LSDSL+  PSTQML P+LS  LA+ES   RA    WRPVLGISAAVVQGE AVT   EEGVAEE     AV GGSPV
Subjt:  AAAAGASFKT---PIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEE----TAVDGGSPV

Query:  DFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYK
        + GS   TKLYFGNLPYSVDSSQLA IVQ+HGV ELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCN+VIENLDG+AYMGR+LRVNFSDKPKPKEPLYPETEYK
Subjt:  DFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYK

Query:  LFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG
        LFVGNLSWSVTSESL QAFQEYGNVVGARVIYNGETG+SRGYGFVSY TK EME AL ALNE+ELEGRVIRVSLAEGKQ QG
Subjt:  LFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L496 Uncharacterized protein1.8e-11683.33Show/hide
Query:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST
        AAA GAS F T +RGSRS H LSDSL+ TPSTQ+L PILS SLAIESP  RA    WRPV+ ISAAVVQGE AVT G EEGV EET V+GGSPV+ GS  
Subjt:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST

Query:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
         TKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQD+G+AELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDG+AYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
Subjt:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL

Query:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG
        SWSVTSE L QAFQEYGNVVGARVIY+GETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL  +NE+ELEGRVIRVSLAEGKQ  G
Subjt:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG

A0A1S4DSH7 LOW QUALITY PROTEIN: putative G3BP-like protein8.9e-11686.09Show/hide
Query:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST
        AAA GAS F TP+RGSRS H  SDSL+ TPSTQ+L PILS SL IESPP RA    WRPVL ISAAVVQGE AV  G EEGV EETAV+GGSPV+ GS  
Subjt:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST

Query:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
         TKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
Subjt:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL

Query:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRV
        SWSVTSE L QAFQEYGNVVGARVIYNGETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL ALNE+ELEGRVIRV
Subjt:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRV

A0A5D3CZH4 Putative G3BP-like protein1.3e-11185.99Show/hide
Query:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST
        AAA GAS F TP+RGSRS H  SDSL+ TPSTQ+L PILS SL IESPP RA    WRPVL ISAAVVQGE AVT G EEGV EETAV+GGSPV+ GS  
Subjt:  AAAAGAS-FKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSST

Query:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
         TKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL
Subjt:  TTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNL

Query:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEM
        SWSVTSE L QAFQEYGNVVGARVIYNGETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL ALNE+
Subjt:  SWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEM

A0A6J1DUT6 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic1.9e-11079.08Show/hide
Query:  AAAAGASFKT---PIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEE----TAVDGGSPV
        AA  G+SF       +G RS H LSDSL+  PSTQML P+LS  LA+ES   RA    WRPVLGISAAVVQGE AVT   EEGVAEE     AV GGSPV
Subjt:  AAAAGASFKT---PIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEE----TAVDGGSPV

Query:  DFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYK
        + GS   TKLYFGNLPYSVDSSQLA IVQ+HGV ELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCN+VIENLDG+AYMGR+LRVNFSDKPKPKEPLYPETEYK
Subjt:  DFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYK

Query:  LFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG
        LFVGNLSWSVTSESL QAFQEYGNVVGARVIYNGETG+SRGYGFVSY TK EME AL ALNE+ELEGRVIRVSLAEGKQ QG
Subjt:  LFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG

A0A6J1FA65 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic-like6.4e-10677.39Show/hide
Query:  MAAAAGASFKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEET-------AVDGGSP
        MA AAGAS  T  R       LSD+L+TTPS  M  PILS SLAIES P RA    WRP LGISAAVVQ +AAVT G EEGVA+ET       AVDGGSP
Subjt:  MAAAAGASFKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRA----WRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEET-------AVDGGSP

Query:  VDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY
        V+ G    TKLYFGNLPYSVDSSQLA IVQD+GVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSS+EDCNKVIENLDGTAYMGR+LRVNFSDKPKPK  LYP++EY
Subjt:  VDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY

Query:  KLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG
        +L+V NLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIY+ ETG+SRGYGFVSY TKSEMETAL A NE+ELEGRVIRVSLA+GKQ QG
Subjt:  KLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P19682 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic1.2e-3543.43Show/hide
Query:  STTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPET---EYKL
        S   KL+ GNLPY +DS  LA + Q  GV E+ EV+Y+R T +SRGF FVTMS+VE+ +K +E        GR+L VN +     +    P T    Y++
Subjt:  STTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPET---EYKL

Query:  FVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAE
        +VGN+ W +    L Q F E+G VV ARV+++ E+G+SRG+GFV+  +++EM  A+  L+   L+GR IRV+ AE
Subjt:  FVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAE

P19683 31 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic8.0e-3740.57Show/hide
Query:  GEAAVTNGFEE-----GVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLD
        GE     GF E     G ++E   D             KL+ GNLPY VDS  LA + +  GV E+ EV+Y+R+T +SRGF FVTMS+VE+  K +E  +
Subjt:  GEAAVTNGFEE-----GVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLD

Query:  GTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELE
             GR+L VN +    ++P+ + P   E  Y+++VGN+ W +    L Q F E+G VV ARV+Y+ ETG+SRG+GFV+  +++EM  A+  L+   L+
Subjt:  GTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELE

Query:  GRVIRVSLAEGK
        GR IRV++AE +
Subjt:  GRVIRVSLAEGK

P19684 33 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic6.8e-3636.4Show/hide
Query:  ITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRAWRPVLGIS--AAVVQGEAAVTNGFEEGVA-----EETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQ
        ++T +T     I S  L    P    +R  + +S  A+V  G   V    EE VA     EE   +    V+  S    +LY GNLP+S+ SSQL+ I  
Subjt:  ITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRAWRPVLGIS--AAVVQGEAAVTNGFEEGVA-----EETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQ

Query:  DHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKE------------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQ
        + G    +E++YDR T +SRGFAFVTM SVE+  + I   DG+   GR ++VNF + P+  E              + ++ +KL+V NLSW++TS+ L  
Subjt:  DHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKE------------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQ

Query:  AFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGK
        AF +    + A+VIY+  +G+SRG+GF+++ +   M +AL  +NE+ELEGR +R+++A  K
Subjt:  AFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGK

P28644 28 kDa ribonucleoprotein, chloroplastic1.1e-3843.32Show/hide
Query:  GISAAVVQGEA----AVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCN
        G + AV++GE+    AV+ G E  V++E  V+GG           KL+ GNLPY VDS +LA I    GV E+ EV+Y+R T +SRGF FVTMS+VE+  
Subjt:  GISAAVVQGEA----AVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCN

Query:  KVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY----KLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGA
        K +E L+G    GR L VN    P+      P  ++    +++VGNL W V +  L Q F E+G VV ARV+ + ETG+SRG+GFV+  ++SE+  A+ A
Subjt:  KVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEY----KLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGA

Query:  LNEMELEGRVIRVSLAE
        L+   L+GR +RV++AE
Subjt:  LNEMELEGRVIRVSLAE

Q9ZUU4 RNA-binding protein CP29B, chloroplastic3.6e-3736.88Show/hide
Query:  STQMLRPILSYSLAIESPPF---RAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELI
        S  +L P LS+ L  +S  F     W       A+      A+T+ FE  V E+   D   P +   S   KL+ GNLP++VDS+QLA + +  G  E++
Subjt:  STQMLRPILSYSLAIESPPF---RAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELI

Query:  EVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLY---PETEY-------------------KLFVGNLSWSVTSESL
        EV+YD+ TG+SRGF FVTMSSV +     +  +G    GR LRVN    P  +E  +   P + +                   +++VGNLSW V   +L
Subjt:  EVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLY---PETEY-------------------KLFVGNLSWSVTSESL

Query:  AQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGK
           F E G VV ARVIY+ ++G+S+G+GFV+Y +  E++ A+ +L+  +L+GR IRVS AE +
Subjt:  AQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G60000.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein3.9e-7169.27Show/hide
Query:  EETAVDGGSPV-DFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPK
        EE   DG S V D  ++  TKLYFGNLPY+VDS+ LA I+QD    EL+EVLY+R+TG+SRGFAFVTMS+VEDCN +I+NLDGT Y+GR L+VNF+DKPK
Subjt:  EETAVDGGSPV-DFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPK

Query:  P-KEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQ
        P KEPLYPETE+KLFVGNLSW+VTSESLA AF+E G+VVGARV+++G+TG+SRGYGFV Y +K+EMETAL +L+  ELEGR IRV+LA+GK+
Subjt:  P-KEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQ

AT2G37220.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.5e-3836.88Show/hide
Query:  STQMLRPILSYSLAIESPPF---RAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELI
        S  +L P LS+ L  +S  F     W       A+      A+T+ FE  V E+   D   P +   S   KL+ GNLP++VDS+QLA + +  G  E++
Subjt:  STQMLRPILSYSLAIESPPF---RAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELI

Query:  EVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLY---PETEY-------------------KLFVGNLSWSVTSESL
        EV+YD+ TG+SRGF FVTMSSV +     +  +G    GR LRVN    P  +E  +   P + +                   +++VGNLSW V   +L
Subjt:  EVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLY---PETEY-------------------KLFVGNLSWSVTSESL

Query:  AQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGK
           F E G VV ARVIY+ ++G+S+G+GFV+Y +  E++ A+ +L+  +L+GR IRVS AE +
Subjt:  AQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGK

AT3G52150.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.6e-3539.78Show/hide
Query:  VDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEP-------
        +D  S    ++Y GN+P +V + QL  +V++HG  E ++V+YD+ +G+SR F F TM SVED N V+E L+G    GR ++VN ++KP    P       
Subjt:  VDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEP-------

Query:  ---LYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLA
            + ++ YK++VGNL+ +VT E L   F E G VV A+V     T +S G+GFV++ ++ ++E A+ ALN   LEG+ IRV+ A
Subjt:  ---LYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLA

AT3G52380.1 chloroplast RNA-binding protein 331.5e-3535.27Show/hide
Query:  EEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS
        EEG   E  V+        S    +LY GNLPY++ SS+L+ I  + G    ++++YD+ T +SRGF FVTM S+E+  + ++  + +   GR ++VNF 
Subjt:  EEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS

Query:  DKPKPKE------------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRV
        + P+  E              Y ++ +K++ GNL W++TS+ L  AF +   V+GA+VIY   TG+SRG+GF+S+ +   +++AL  +N +E+EGR +R+
Subjt:  DKPKPKE------------PLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRV

Query:  SLAEGKQ
        +LA  ++
Subjt:  SLAEGKQ

AT5G50250.1 chloroplast RNA-binding protein 31B2.4e-3635.82Show/hide
Query:  SRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSS-------------TTTKLYF
        S  +HR + SL + P        ++ +L+++S   R        S+ VV   +  +N  EE   E+ ++ GG+ V    S                KL+ 
Subjt:  SRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSS-------------TTTKLYF

Query:  GNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSW
        GNLPY VDS  LA + +  G  E+ EV+Y+R+T +SRGF FVTMS+VE+  K +E  +     GR L VN +     +P+ ++P   +  ++++VGNL W
Subjt:  GNLPYSVDSSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFS----DKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSW

Query:  SVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAE
         V S  L + F E+G VV ARV+ + ETG+SRG+GFV    ++E+  A+ AL+   LEGR I+V++AE
Subjt:  SVTSESLAQAFQEYGNVVGARVIYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCCGCCGCCGCCGGAGCCTCCTTCAAAACTCCGATAAGGGGTTCAAGGTCCAACCACCGGCTCTCCGATTCTCTCATAACAACCCCATCAACCCAAATGTTGCGGCC
CATCTTGTCCTATTCTCTGGCAATCGAATCGCCGCCGTTCAGAGCTTGGCGGCCGGTTCTGGGCATCTCTGCCGCCGTCGTGCAAGGAGAGGCGGCTGTGACAAATGGTT
TTGAAGAGGGTGTGGCGGAGGAGACGGCGGTGGACGGCGGTTCTCCGGTGGATTTCGGTAGTAGTACTACTACTAAGCTGTATTTTGGGAATTTGCCTTACAGTGTTGAT
AGTTCCCAGCTTGCTGCTATTGTTCAGGATCATGGGGTTGCTGAGCTTATTGAGGTTTTGTATGACAGAAATACTGGAAAAAGTAGAGGATTCGCATTTGTAACCATGAG
CAGTGTTGAAGATTGCAATAAAGTCATAGAAAATCTGGATGGAACTGCTTACATGGGCAGAATTTTGAGGGTTAATTTCTCAGACAAACCTAAGCCTAAGGAACCCTTAT
ATCCAGAAACTGAGTATAAACTTTTTGTGGGAAATTTATCCTGGTCAGTTACATCAGAAAGTTTGGCACAAGCATTTCAAGAATATGGAAATGTGGTAGGAGCAAGGGTC
ATCTATAATGGAGAGACCGGGCAGTCACGAGGTTATGGCTTTGTATCGTATCCGACTAAGTCAGAGATGGAAACAGCTCTTGGAGCTCTTAATGAAATGGAACTTGAAGG
CAGGGTAATACGCGTAAGCCTGGCTGAAGGAAAACAGGTACAAGGGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCCGCCGCCGCCGGAGCCTCCTTCAAAACTCCGATAAGGGGTTCAAGGTCCAACCACCGGCTCTCCGATTCTCTCATAACAACCCCATCAACCCAAATGTTGCGGCC
CATCTTGTCCTATTCTCTGGCAATCGAATCGCCGCCGTTCAGAGCTTGGCGGCCGGTTCTGGGCATCTCTGCCGCCGTCGTGCAAGGAGAGGCGGCTGTGACAAATGGTT
TTGAAGAGGGTGTGGCGGAGGAGACGGCGGTGGACGGCGGTTCTCCGGTGGATTTCGGTAGTAGTACTACTACTAAGCTGTATTTTGGGAATTTGCCTTACAGTGTTGAT
AGTTCCCAGCTTGCTGCTATTGTTCAGGATCATGGGGTTGCTGAGCTTATTGAGGTTTTGTATGACAGAAATACTGGAAAAAGTAGAGGATTCGCATTTGTAACCATGAG
CAGTGTTGAAGATTGCAATAAAGTCATAGAAAATCTGGATGGAACTGCTTACATGGGCAGAATTTTGAGGGTTAATTTCTCAGACAAACCTAAGCCTAAGGAACCCTTAT
ATCCAGAAACTGAGTATAAACTTTTTGTGGGAAATTTATCCTGGTCAGTTACATCAGAAAGTTTGGCACAAGCATTTCAAGAATATGGAAATGTGGTAGGAGCAAGGGTC
ATCTATAATGGAGAGACCGGGCAGTCACGAGGTTATGGCTTTGTATCGTATCCGACTAAGTCAGAGATGGAAACAGCTCTTGGAGCTCTTAATGAAATGGAACTTGAAGG
CAGGGTAATACGCGTAAGCCTGGCTGAAGGAAAACAGGTACAAGGGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAAAGASFKTPIRGSRSNHRLSDSLITTPSTQMLRPILSYSLAIESPPFRAWRPVLGISAAVVQGEAAVTNGFEEGVAEETAVDGGSPVDFGSSTTTKLYFGNLPYSVD
SSQLAAIVQDHGVAELIEVLYDRNTGKSRGFAFVTMSSVEDCNKVIENLDGTAYMGRILRVNFSDKPKPKEPLYPETEYKLFVGNLSWSVTSESLAQAFQEYGNVVGARV
IYNGETGQSRGYGFVSYPTKSEMETALGALNEMELEGRVIRVSLAEGKQVQG