CuGenDBv2

Gene ID	Sed0013022
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Protein DGCR14
Genome location	LG04:46000877..46001985
RNA-Seq Expression	Sed0013022
Synteny	Sed0013022
Gene Ontology terms	GO:0016020 - membrane (cellular component) GO:0071013 - catalytic step 2 spliceosome (cellular component)
InterPro domains	IPR019148 - Nuclear protein DGCR14/ESS-2

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAA0059187.1 protein DGCR14 [Cucumis melo var. makuwa]

2.5e-66

72.77

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XP_004144540.1 splicing factor ESS-2 homolog [Cucumis sativus]

2.1e-65

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XP_022928403.1 protein DGCR14 [Cucurbita moschata]

1.1e-64

70.73

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XP_023529670.1 protein DGCR14-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]

3.6e-65

71.22

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XP_038887768.1 splicing factor ESS-2 homolog [Benincasa hispida]

1.3e-65

73.27

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0K370 Uncharacterized protein

1.0e-65

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A0A1S3CG32 LOW QUALITY PROTEIN: protein DGCR14

4.3e-64

70.19

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        KSSSSFDE
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A0A5A7UX41 Protein DGCR14

1.2e-66

72.77

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A0A6J1ENX3 protein DGCR14

5.1e-65

70.73

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        SSFDE
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A0A6J1JQ45 protein DGCR14

5.1e-65

70.73

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O70279 Splicing factor ESS-2 homolog

6.1e-07

29.82

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        + FV+T SPAPGV+ESP +T GE+E TPLR++   +P+     G  + IL P  RE      A+  + + R  K E         ++ +    +PA+   
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        ++  +++++S + +
Subjt:  VRNAITKSSSSFDE

Q96DF8 Splicing factor ESS-2 homolog

2.1e-07

30.7

Show/hide

Query:  YSFVSTSSPAPGVDESPFITCGEIERTPLRLDPENTPF--DIVGRHYNILCPPARE----VKAHSLSWERRKAKGEIKNPPVRGGSATSSVRRTPAVQKF
        + FV+T SPAPGV+ESP +T GE+E TPLR++   TP+     G  + IL P  RE      A+  + + R  K E         ++ +    +PA+   
Subjt:  YSFVSTSSPAPGVDESPFITCGEIERTPLRLDPENTPF--DIVGRHYNILCPPARE----VKAHSLSWERRKAKGEIKNPPVRGGSATSSVRRTPAVQKF

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        ++  +++++S + +
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G07790.1 DGCR14-related

1.5e-53

57.43

Show/hide

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        RL GLTKEI + +TRFHGK MDSR R+DG+VE+LYTP+AG++P  +  RD D+ K+YDL+ LRKTPNP YVES  + +N YSFV T SPAPG+DESPFIT
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         GEI+ TP+RLD E+TP DI G     HYNI   P R+V+AHSLS +     R ++    K PP+    R GSA+ +VR  +PA QKF R AI KSSS+ 
Subjt:  CGEIERTPLRLDPENTPFDIVGR----HYNILCPPAREVKAHSLSWE-----RRKAKGEIKNPPV----RGGSATSSVRR-TPAVQKFVRNAITKSSSSF

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        DE
Subjt:  DE

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGTTGCTAGATTGAAGGGCCTAACCAAAGAAATTAACCGAACTAGCACTCGGTTCCATGGTAAAATGGATTCGAGGACAAGAGACGATGGTGCAGTGGAAATGCTTTA
TACCCCAATGGCTGGAGCTACTCCACATCCTGTGCTGGATAGAGATGTGGATAGGTTGAAGAAGTATGATTTGGAGGTTTTAAGGAAGACCCCGAATCCATCTTATGTAG
AATCGAGGATAAAGGATGAGAATGACTACAGTTTTGTCTCAACGTCGTCGCCTGCACCTGGTGTTGATGAATCTCCATTTATTACATGTGGTGAAATTGAAAGAACGCCC
CTGAGACTAGATCCTGAGAATACGCCTTTTGACATTGTTGGGCGACATTATAATATTCTATGTCCACCTGCAAGAGAGGTGAAGGCTCATTCACTTTCATGGGAGCGGCG
CAAAGCCAAGGGAGAAATAAAAAATCCACCTGTTAGAGGGGGAAGTGCTACCTCAAGTGTTCGAAGAACTCCAGCCGTCCAGAAGTTCGTTAGGAATGCAATAACCAAGT
CGTCTTCTTCATTTGATGAATACTTTGTGCCAGTTACAGAGGTGGAAGCCCGAAAAGCGGGAGGAGATTGTCTAGGTTTGCAAGAGATAAGAGCTTTGGCTCTAGGTCAC
CTTCTGTCAAGGAAGTTGCTTTCGGTATTATCATCTCGAAATTTATTCGATCAATTCCCAGCTTTCAATTGCAAAGATGGGGATCTCGAGCGGATGGTTAACTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

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LRLDPENTPFDIVGRHYNILCPPAREVKAHSLSWERRKAKGEIKNPPVRGGSATSSVRRTPAVQKFVRNAITKSSSSFDEYFVPVTEVEARKAGGDCLGLQEIRALALGH
LLSRKLLSVLSSRNLFDQFPAFNCKDGDLERMVN

Sed0013022 (gene) of Chayote v1 genome