; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0013256 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0013256
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionprotein RADIALIS-like 1
Genome locationLG04:47358216..47358556
RNA-Seq ExpressionSed0013256
SyntenySed0013256
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001005 - SANT/Myb domain
IPR009057 - Homeobox-like domain superfamily
IPR017884 - SANT domain
IPR017930 - Myb domain
IPR044636 - Transcription factor RADIALIS-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0036170.1 protein RADIALIS-like 1 [Cucumis melo var. makuwa]1.5e-3086.84Show/hide
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KAG6588435.1 Transcription factor RADIALIS, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]9.6e-3082.89Show/hide
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XP_004151116.1 protein RADIALIS-like 1 [Cucumis sativus]2.5e-3085.53Show/hide
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XP_008447025.1 PREDICTED: protein RADIALIS-like 1 [Cucumis melo]5.1e-3188.16Show/hide
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XP_022952073.1 protein RADIALIS-like 1 [Cucurbita moschata]1.9e-3086.84Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K344 SANT domain-containing protein1.2e-3085.53Show/hide
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A0A1S3BGF6 protein RADIALIS-like 12.5e-3188.16Show/hide
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A0A5A7SYM4 Protein RADIALIS-like 17.2e-3186.84Show/hide
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A0A6J1GJG0 protein RADIALIS-like 19.4e-3186.84Show/hide
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A0A6J1IA78 protein RADIALIS-like 19.4e-3186.84Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
F4JVB8 Protein RADIALIS-like 19.7e-2571.83Show/hide
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        +SMS+   G WTAKQNKAFE+ALA YDQDTP+RW NVA+ +GGKT EEVKRHY+LLVQD+  IE+G VPFP
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Q1A173 Protein RADIALIS-like 68.5e-2163.89Show/hide
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        MAS S      WT  QNK FE+ALA+YD+DTPDRW NVA+A+GGKT EEVKRHY +LV+D+  IE+G+VP P
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Q58FS3 Transcription factor RADIALIS6.3e-2471.01Show/hide
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        S  G G  W+AK+NKAFE+ALA+YD+DTPDRW NVARA+ G+T EEVK+HY++LV+D+KYIESGKVPFP
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Q6NNN0 Protein RADIALIS-like 31.0e-2163.16Show/hide
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        MAS S      WT K+NK FE+ALA YDQDTPDRW NVARA+GGK+ EEV+RHY+LL++DV  IESG+ P P   S
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Q9SIJ5 Protein RADIALIS-like 29.7e-2572.86Show/hide
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        SMS++G G WT KQNKAFE+ALA+YDQDTPDRW NVARA+GGKT EE KR Y LLV+D++ IE+G VPFP
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G19510.1 RAD-like 55.1e-2161.11Show/hide
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        MAS S      WT+KQNK FE+ALA+YD+DTPDRW NVA+A+G K+ EEVKRHY +LV+D+  IE   VP P
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AT1G75250.1 RAD-like 66.0e-2263.89Show/hide
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        MAS S      WT  QNK FE+ALA+YD+DTPDRW NVA+A+GGKT EEVKRHY +LV+D+  IE+G+VP P
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AT1G75250.2 RAD-like 66.0e-2263.89Show/hide
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        MAS S      WT  QNK FE+ALA+YD+DTPDRW NVA+A+GGKT EEVKRHY +LV+D+  IE+G+VP P
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AT2G21650.1 Homeodomain-like superfamily protein6.9e-2672.86Show/hide
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        SMS++G G WT KQNKAFE+ALA+YDQDTPDRW NVARA+GGKT EE KR Y LLV+D++ IE+G VPFP
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AT4G39250.1 RAD-like 16.9e-2671.83Show/hide
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        +SMS+   G WTAKQNKAFE+ALA YDQDTP+RW NVA+ +GGKT EEVKRHY+LLVQD+  IE+G VPFP
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTTCAATGTCAGCTCATGGTTGTGGTGAATGGACTGCAAAGCAAAACAAGGCATTTGAAAAGGCTTTGGCAATGTATGATCAAGACACACCTGATAGATGGTTGAA
TGTTGCAAGGGCCATTGGTGGAAAAACTGAGGAAGAAGTCAAGAGGCATTACCAACTTCTTGTACAGGATGTTAAATATATCGAGTCGGGCAAAGTTCCTTTTCCCTATC
AAAACTCGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTTTTCTATCCCATTTGTTAAATTTTTCCCTTCTCCTTTTTCAAATCCATTAAAGGGTTTCTTTGTATTTTCTTTTTGAGTTAATCTCCATATCAAATTTAGCTTTACCA
ATGGCTTCAATGTCAGCTCATGGTTGTGGTGAATGGACTGCAAAGCAAAACAAGGCATTTGAAAAGGCTTTGGCAATGTATGATCAAGACACACCTGATAGATGGTTGAA
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AAAACTCGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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