; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0013297 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0013297
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionprotodermal factor 1-like
Genome locationLG01:5373986..5375573
RNA-Seq ExpressionSed0013297
SyntenySed0013297
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR039923 - Protodermal factor 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6604731.1 Protodermal factor 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.4e-9878.49Show/hide
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XP_022947015.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita moschata]8.4e-9878.49Show/hide
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XP_022970795.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita maxima]1.3e-9877.56Show/hide
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XP_023534009.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.8e-9676.38Show/hide
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        G+ASYLNSLASN FPFTTKQV++SFVSAL S+RAA DQANIFKLANEG +K+TA
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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]3.5e-9679.51Show/hide
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        SN FPFTTKQVR SFVSAL S++AA DQAN FKLANEG +K  A
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KF76 Uncharacterized protein2.2e-9175.62Show/hide
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         FP+TTKQVR SFVSAL S++AA +QAN FKLANEG +K  A
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A0A1S3C4A9 protodermal factor 1-like1.6e-9478.15Show/hide
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        PGTPSTPSTPSV         PTTPFTCNYW+NHPG+IWGVLGWWGTLGN FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREG+ASYLNSLASN FP+
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        TTKQVR SFVSAL S++AA DQAN FKLANEG +K  A
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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like1.6e-9478.15Show/hide
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        PGTPSTPSTPSV         PTTPFTCNYW+NHPG+IWGVLGWWGTLGN FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREG+ASYLNSLASN FP+
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        TTKQVR SFVSAL S++AA DQAN FKLANEG +K  A
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A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like4.1e-9878.49Show/hide
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A0A6J1I3W1 protodermal factor 1-like6.3e-9977.56Show/hide
Query:  MGTKQASALLFSLLA-----AMLLPVLSTTIADQKSYYSSPDPHAGTPPTGSHSNPLPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSDG----GGYYSPPSSGGSPPT
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Query:  GSASYLNSLASNSFPFTTKQVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLANEGNVKVTA
        G+ASYLNSLASN FPFTTKQV++SFVSAL S+RAA DQANIFKLANEG +K+TA
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9S728 Protodermal factor 18.9e-4249.14Show/hide
Query:  YSSPDPHAGTPPTGSHS-NPLPPSH---------GYGGTPPHYSTPT-PSTPS-------DGGGYYS-----------PPSS---------GGSPPTTPV
        + SP  H  TP T SH+  P  PSH           G  P H STP+ PSTPS         GGYYS           PPS          GGSPPT  +
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Query:  DPGTPSTPSTPS-VPTTPFTCNYWMNHPGMIWGVLGWWGTLGNCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNSFPFTTK
        DPGTP TP  P+  P    TC+YW NHP +IWG+LGWWGT+G  FG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REG+AS+LNS+ ++ FPFTT 
Subjt:  DPGTPSTPSTPS-VPTTPFTCNYWMNHPGMIWGVLGWWGTLGNCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNSFPFTTK

Query:  QVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLANEGNVK
        QVR  FV+ L S++AA  QA+ FKLANEG +K
Subjt:  QVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLANEGNVK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G20515.1 unknown protein5.8e-0433.8Show/hide
Query:  TNLNLLQALSNTRTDG--FGALLREGSASYLNSLASNSFPFTTKQVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLAN
        ++L L+++ +    +G  +GALL++G A+ +NS A  SF +   +V+   + A+ S+ AA  QA  F +AN
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AT2G42840.1 protodermal factor 16.3e-4349.14Show/hide
Query:  YSSPDPHAGTPPTGSHS-NPLPPSH---------GYGGTPPHYSTPT-PSTPS-------DGGGYYS-----------PPSS---------GGSPPTTPV
        + SP  H  TP T SH+  P  PSH           G  P H STP+ PSTPS         GGYYS           PPS          GGSPPT  +
Subjt:  YSSPDPHAGTPPTGSHS-NPLPPSH---------GYGGTPPHYSTPT-PSTPS-------DGGGYYS-----------PPSS---------GGSPPTTPV

Query:  DPGTPSTPSTPS-VPTTPFTCNYWMNHPGMIWGVLGWWGTLGNCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNSFPFTTK
        DPGTP TP  P+  P    TC+YW NHP +IWG+LGWWGT+G  FG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REG+AS+LNS+ ++ FPFTT 
Subjt:  DPGTPSTPSTPS-VPTTPFTCNYWMNHPGMIWGVLGWWGTLGNCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNSFPFTTK

Query:  QVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLANEGNVK
        QVR  FV+ L S++AA  QA+ FKLANEG +K
Subjt:  QVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLANEGNVK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGAACCAAACAAGCTTCTGCTCTCCTTTTCTCTTTGCTTGCTGCCATGCTCCTCCCTGTACTCTCCACCACCATTGCTGACCAGAAAAGCTATTATTCTTCACCAGA
CCCTCATGCTGGAACTCCCCCAACAGGTTCACACAGCAACCCTCTACCACCATCACATGGCTACGGAGGCACGCCGCCGCATTACTCCACGCCGACCCCTTCGACACCAT
CCGATGGAGGTGGATATTACAGCCCTCCATCATCTGGTGGTAGCCCACCAACCACCCCTGTAGATCCAGGCACTCCAAGCACTCCAAGTACACCCAGCGTTCCCACTACT
CCATTTACTTGCAATTATTGGATGAATCACCCAGGAATGATATGGGGAGTATTGGGATGGTGGGGAACATTGGGAAATTGCTTTGGTGCAACCAATGTCCCAGGATTTGG
AACAAATCTCAACCTGCTACAAGCACTTTCTAACACAAGAACTGATGGTTTTGGGGCTCTGTTGAGAGAAGGCTCTGCATCATACCTCAACTCTCTTGCTAGTAACAGTT
TCCCCTTCACAACCAAGCAAGTTCGAGCGAGTTTCGTCTCGGCACTTGGCTCCGACAGAGCAGCAGTAGATCAGGCCAATATCTTCAAGTTAGCCAACGAAGGCAACGTT
AAGGTCACAGCTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATATCCATTTGCTTCAAGCAGATTATAGCAGAGAAGAACAAACCATGGGAACCAAACAAGCTTCTGCTCTCCTTTTCTCTTTGCTTGCTGCCATGCTCCTCCCTGTACTC
TCCACCACCATTGCTGACCAGAAAAGCTATTATTCTTCACCAGACCCTCATGCTGGAACTCCCCCAACAGGTTCACACAGCAACCCTCTACCACCATCACATGGCTACGG
AGGCACGCCGCCGCATTACTCCACGCCGACCCCTTCGACACCATCCGATGGAGGTGGATATTACAGCCCTCCATCATCTGGTGGTAGCCCACCAACCACCCCTGTAGATC
CAGGCACTCCAAGCACTCCAAGTACACCCAGCGTTCCCACTACTCCATTTACTTGCAATTATTGGATGAATCACCCAGGAATGATATGGGGAGTATTGGGATGGTGGGGA
ACATTGGGAAATTGCTTTGGTGCAACCAATGTCCCAGGATTTGGAACAAATCTCAACCTGCTACAAGCACTTTCTAACACAAGAACTGATGGTTTTGGGGCTCTGTTGAG
AGAAGGCTCTGCATCATACCTCAACTCTCTTGCTAGTAACAGTTTCCCCTTCACAACCAAGCAAGTTCGAGCGAGTTTCGTCTCGGCACTTGGCTCCGACAGAGCAGCAG
TAGATCAGGCCAATATCTTCAAGTTAGCCAACGAAGGCAACGTTAAGGTCACAGCTTGAATCTGGCCTTTGCCTTACTGGTTACCACTTTAATAGTTAATGAGTTTTCCT
TATCAGTTAGTAGTGACTAGTGAAAGAGTGAGACCAATTTATCATTTCATATTTCATGTCATGTCATGTCCTATTTTGTTTTGTTCTTGTTTGTTGTTGTTCCTTGCACC
TCTTATGGTCATGTACTTGATCATCATAGAGATGCTTGGTTTTTAAGTTTCCAAATTCATTGTGAAATCAAGATTTGTACCACGTTGTTCATTATGATTAATCAGATGTT
ATTCAAAAAGGGTTATCTACC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGTKQASALLFSLLAAMLLPVLSTTIADQKSYYSSPDPHAGTPPTGSHSNPLPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSDGGGYYSPPSSGGSPPTTPVDPGTPSTPSTPSVPTT
PFTCNYWMNHPGMIWGVLGWWGTLGNCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGSASYLNSLASNSFPFTTKQVRASFVSALGSDRAAVDQANIFKLANEGNV
KVTA