CuGenDBv2

Gene ID	Sed0013321
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Cytochrome c biogenesis protein CcsA
Genome location	Contig00297:70873..71843
RNA-Seq Expression	Sed0013321
Synteny	Sed0013321
Gene Ontology terms	GO:0017004 - cytochrome complex assembly (biological process) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0020037 - heme binding (molecular function)
InterPro domains	IPR002541 - Cytochrome c assembly protein IPR017562 - Cytochrome c-type biogenesis protein CcsA IPR045062 - Cytochrome c-type biogenesis protein CcsA/CcmC

Homology

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A0A2I6C037 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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A0A6H0EPI5 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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A0A6H0ER06 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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A0A6H0EX98 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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Q09WW9 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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Q0ZIW9 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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Q2L962 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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78.06

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Query:  MIFSTLEHILTHISFSVISIVITIHLIT--LLVDETLGLYASSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWGFSIIHIFTSIKKYKKHF
        MIFSTLEHILTHISFSV+SIVITIH +T  LLVDE +GLY SSEKGMI TFFCITGLLVTRWIY  H PLSDLYESL+FLSWGFS+IH+ + +K  K+  
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Query:  SVSAITAPSTIFTQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFN------------QYMNEGNNVLR
        ++SAITAPS IFTQGFATSG LTK+HQS +L PALQS WLMMHVSMMVLGYA+LLCGSL SVAL+VITF+KAI+I              QYMNE +NVL 
Subjt:  SVSAITAPSTIFTQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFN------------QYMNEGNNVLR

Query:  NTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVASMGFLLIWIC
        NT FL SKNYY+ QL QQLD WSYRIISLGFIFL+IGILSGAVWANE WGSYWNWDPKETWAFITWT+FAIY H RTN N EGVNSA+VASMGFL+IWIC
Subjt:  NTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVASMGFLLIWIC

Query:  YFGVNLLGIGLHSYGSFTL
        YFGVNLLGIGLHSYGSFTL
Subjt:  YFGVNLLGIGLHSYGSFTL

Q2QD41 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

2.5e-156

87.93

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Query:  MIFSTLEHILTHISFSVISIVITIHLITLLVDETLGLYASSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWGFSIIHIFTSIKKYKKHFSV
        MIFST EHILTHISFSVISIVITI LITLL++ET+GLY SSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSW FSIIH+FT  KKYK H SV
Subjt:  MIFSTLEHILTHISFSVISIVITIHLITLLVDETLGLYASSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWGFSIIHIFTSIKKYKKHFSV

Query:  SAITAPSTIFTQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIF---------------NQYMNEGNNVL
        SAITAPSTIFTQGFATSGFLT++HQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYA+LLCGSLFSVALIVITFQKAIRIF                QY+NEGN  +
Subjt:  SAITAPSTIFTQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIF---------------NQYMNEGNNVL

Query:  RNTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVASMGFLLIWI
        RNTSF  SKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLH RTNKNFEGVNSAIVASMGFL+IWI
Subjt:  RNTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVASMGFLLIWI

Query:  CYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN
        CYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN
Subjt:  CYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG01040.1 Cytochrome C assembly protein

8.2e-118

67.89

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Query:  MIFSTLEHILTHISFSVISIVITIHLITLLV--DETLGLYASSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWGFSIIHIFTSIKKYKKHF
        MIFS LEHILTHISFSV+SIV+TI+ +TLLV  DE +G + SS+KG+I TFF ITGLL+TRWIY  H PLS+LYESL+FLSW FSIIH+ +   K K+  
Subjt:  MIFSTLEHILTHISFSVISIVITIHLITLLV--DETLGLYASSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWGFSIIHIFTSIKKYKKHF

Query:  SVSAITAPSTIFTQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIF-----------NQ--------YMN
         ++ ITAPS IF QGFATSG L K+ QS +LVPALQS WLMMHVSMM+LGY +LLCGSL S+AL+VITF+K    F           N+        Y+N
Subjt:  SVSAITAPSTIFTQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIF-----------NQ--------YMN

Query:  EGNNVL--RNTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVAS
        E N++L  +N +F  S+NYY+ QLIQQLD WS+RIISLGFIFL++GILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLH++TN+N  G+NSAIVA 
Subjt:  EGNNVL--RNTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVAS

Query:  MGFLLIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFT
        +GF+LIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFT
Subjt:  MGFLLIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFT

Sequences

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CDS sequence

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ATGATATTTTCAACTTTAGAGCATATATTAACTCATATATCTTTTTCGGTCATTTCAATTGTCATTACAATTCATTTGATAACCTTATTAGTCGATGAAACCCTAGGACT
CTATGCTTCGTCAGAAAAGGGTATGATAGCTACTTTTTTCTGTATAACAGGATTATTAGTTACTCGTTGGATTTATTTGAGGCATTTACCATTAAGTGATTTATATGAAT
CATTACTATTTCTCTCATGGGGTTTCTCCATTATTCATATATTTACGTCTATAAAAAAATATAAAAAACATTTTAGTGTAAGCGCAATAACCGCGCCAAGTACTATTTTT
ACCCAAGGTTTTGCTACTTCAGGTTTTTTAACTAAAATCCATCAATCCCCACTATTAGTCCCCGCTCTCCAATCTCATTGGTTAATGATGCACGTAAGTATGATGGTATT
GGGTTATGCATCTCTTTTATGTGGCTCATTATTTTCAGTAGCTCTTATAGTGATTACATTTCAAAAAGCTATAAGAATTTTTAATCAATACATGAACGAGGGGAACAATG
TTTTAAGAAACACTTCTTTTTTGCCTTCGAAGAATTATTATAAGTCTCAACTGATTCAACAATTAGATCATTGGAGTTATCGTATTATTAGTCTAGGGTTTATCTTTTTA
AGCATAGGTATTCTTTCAGGAGCAGTATGGGCTAATGAGACATGGGGATCATATTGGAATTGGGACCCAAAGGAAACTTGGGCATTTATTACTTGGACCATCTTCGCAAT
TTATTTACATATGCGAACAAATAAAAATTTTGAAGGTGTAAATTCTGCAATTGTGGCCTCTATGGGTTTTCTTCTAATTTGGATATGCTATTTTGGGGTCAATCTATTAG
GGATAGGGCTACATAGTTATGGTTCATTTACATTAACATCTAATTGA

mRNA sequence

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Protein sequence

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MIFSTLEHILTHISFSVISIVITIHLITLLVDETLGLYASSEKGMIATFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWGFSIIHIFTSIKKYKKHFSVSAITAPSTIF
TQGFATSGFLTKIHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYASLLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFNQYMNEGNNVLRNTSFLPSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFL
SIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHMRTNKNFEGVNSAIVASMGFLLIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN

Sed0013321 (gene) of Chayote v1 genome