; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0013472 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0013472
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionrapid alkalinization factor-like
Genome locationLG05:38868478..38869261
RNA-Seq ExpressionSed0013472
SyntenySed0013472
Gene Ontology termsGO:0019722 - calcium-mediated signaling (biological process)
GO:0005576 - extracellular region (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR008801 - Rapid ALkalinization Factor


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0044366.1 protein RALF-like 33 [Cucumis melo var. makuwa]9.3e-4679.17Show/hide
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KAG6581259.1 Protein RALF-like 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.7e-4477.69Show/hide
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XP_022934551.1 protein RALF-like 1 [Cucurbita moschata]7.1e-4680.17Show/hide
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XP_022983404.1 protein RALF-like 1 [Cucurbita maxima]4.6e-4579.34Show/hide
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XP_023529110.1 protein RALF-like 33 [Cucurbita pepo subsp. pepo]5.4e-4680.17Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWI2 Uncharacterized protein1.2e-4376.23Show/hide
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A0A5A7TQI0 Protein RALF-like 334.5e-4679.17Show/hide
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A0A6J1F244 protein RALF-like 13.4e-4680.17Show/hide
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A0A6J1J798 protein RALF-like 12.2e-4579.34Show/hide
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A0A6J5XM33 Uncharacterized protein1.0e-2959.17Show/hide
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        M NSSS   F   +FT   ++S+ ++ A     DH LSW+    RC+G SI+EC  D EFDMDSEI+RRILATS YISY +LQ N +PCSRRG+SYYNC+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L9P8 Protein RALF-like 333.6e-2449.59Show/hide
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        C+ GA+ANPY RGC+ ITRCR
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Q945T0 Rapid alkalinization factor1.0e-2354.29Show/hide
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        L+ +  ++  A     A  W+ PA     C+G SI EC   + EF++DSE +RRILAT  YISY +LQ N++PCSRRG+SYYNC+PGA+ANPY RGC+ I
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Q9LUS7 Rapid alkalinization factor 237.4e-2246.27Show/hide
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         IPCSRRG+SYYNC+ GA+ANPY RGC+ ITRCR
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Q9MA62 Protein RALF-like 222.0e-1961.33Show/hide
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        C G SI+EC   + E + DS+I RRILA   YISY +++ N++PCSRRG+SYYNCQ GA+ANPY RGC+ ITRCR
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Q9SRY3 Protein RALF-like 14.6e-2453.51Show/hide
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        F  L   VVF++SS  + A   +    ++W +     + C G SI+EC    E +MDSEI+RRILAT+ YISYQSL+ N++PCSRRG+SYYNCQ GA+AN
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G02900.1 rapid alkalinization factor 13.3e-2553.51Show/hide
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AT2G33775.1 ralf-like 191.8e-1542.72Show/hide
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        ++ ++   +LA +A S++   +W    +   G+     + +L++ MDSE +RR LA   SYISY +L+ NN+PCSRRG SYY+C+    ANPY+RGC+VI
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        T C
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AT3G05490.1 ralf-like 221.4e-2061.33Show/hide
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AT3G16570.1 rapid alkalinization factor 235.3e-2346.27Show/hide
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AT4G15800.1 ralf-like 332.5e-2549.59Show/hide
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        C+ GA+ANPY RGC+ ITRCR
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAAGAAGCCTACCATGGGAAACTCTTCTTCTCCACCAGCTTTTTGTGTGCTCATTTTCACCGTAGTCTTCTTGGTATCTTCTTCCTCTTTAGCGGCCATGGCGATGAG
CAGTGACCATGCCCTTAGCTGGCTCTCACCTGCAGCTCGATGTCGTGGACGTTCGATAAGCGAATGCAACATAGATCTTGAGTTCGACATGGATTCTGAGATTCATCGTC
GTATCTTAGCCACTTCGAGTTACATAAGTTACCAGTCGCTACAGGCGAACAACATTCCATGCTCTCGAAGAGGTTCGTCCTACTACAATTGCCAGCCGGGGGCCGAAGCT
AACCCGTATCAGCGAGGTTGCAACGTCATCACACGTTGCAGAAGCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TATCAACTACATATTAACCATCCAATCTATCCACTAAGTCATTTATATCACTTTCTTGGTTTGTTGGGAGAATTGAGAAGTTTTTTTTTTCACAAATTCAAAATCTTACC
TTTCTTCAGATCAATTAGAATGTTTTTGAAATTGTTGATTTCACAGAGAAAATGAGCACAAAAAAGACCCGTGGCATTTTTGTAAATAAAGTCCAAACAAATGCCCTTTC
CTTGAAACCAACACACTCTAAAATGAGAAGTTATTTCTCATGGAATTCAAGTTGAAGGAATGAAGAAGCCTACCATGGGAAACTCTTCTTCTCCACCAGCTTTTTGTGTG
CTCATTTTCACCGTAGTCTTCTTGGTATCTTCTTCCTCTTTAGCGGCCATGGCGATGAGCAGTGACCATGCCCTTAGCTGGCTCTCACCTGCAGCTCGATGTCGTGGACG
TTCGATAAGCGAATGCAACATAGATCTTGAGTTCGACATGGATTCTGAGATTCATCGTCGTATCTTAGCCACTTCGAGTTACATAAGTTACCAGTCGCTACAGGCGAACA
ACATTCCATGCTCTCGAAGAGGTTCGTCCTACTACAATTGCCAGCCGGGGGCCGAAGCTAACCCGTATCAGCGAGGTTGCAACGTCATCACACGTTGCAGAAGCTAAGGA
ACACTCATCTTCTTGTTCTTGTCTTTGTAACATAGAATAAATTTGAGAAAGGAAATTGTCATGTTTGTGTTTATTCTGGTGTTTATGTTTGGTTTTACACTTTCATTGTG
ACCTTAAGAAAAAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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