; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0013536 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0013536
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionThylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic
Genome locationLG11:35712909..35716686
RNA-Seq ExpressionSed0013536
SyntenySed0013536
Gene Ontology termsGO:0009534 - chloroplast thylakoid (cellular component)
InterPro domainsIPR001646 - Pentapeptide repeat
IPR044213 - Thylakoid lumenal 15kDa protein 1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6602651.1 Thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.4e-9788.24Show/hide
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XP_022991097.1 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X2 [Cucurbita maxima]9.1e-9788.24Show/hide
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XP_023552471.1 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-9789.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1BVJ8 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X12.9e-9686.43Show/hide
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A0A6J1GU31 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X13.4e-9788.69Show/hide
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A0A6J1GWM1 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X21.2e-9789.14Show/hide
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A0A6J1JKT4 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X24.4e-9788.24Show/hide
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A0A6J1JPS6 thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic isoform X11.3e-9687.78Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B1WVN5 Pentapeptide repeat protein Rfr322.6e-1443.65Show/hide
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        + + LC  ADGVNP TG +TRE+L C
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O22160 Thylakoid lumenal 15 kDa protein 1, chloroplastic9.2e-7672.9Show/hide
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        SCC  S  P    P              Q  K  V +  R++V S+GE  SK S  AL+SASLF  DPALAFKGGGPYG GVTRGQDL+GKDFSG+TLI+
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         TTGNATR+TLLCN
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P73709 Uncharacterized protein slr18192.0e-0637.07Show/hide
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        G DL G D SG TL         ++Q+ K        +IL +A+ +GA + G     ADL+ A+L +A+LR  D     + KA+LS ANL+GAL T + +
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Query:  FRGSAINGADFTDVPL
          G+ +NGAD  +  L
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Q8H1Q1 Thylakoid lumenal protein TL20.3, chloroplastic1.7e-0831.71Show/hide
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        AS +   A+   + F AD    F  G     G     DL+    S +   + +F ++ +R+++F G+   GA    A    A+ S ADL         + 
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        +ANL+NA L  ++ T  +   G+ I GADF+D  +   Q++ LCK A G NP TG  TR++L C
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Q9SE95 FH protein interacting protein FIP25.3e-0737.84Show/hide
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        R  D  G  F    L + +F ++ LR A   G  L  A+  DA L G     ADLR A    A++T ANL  ANLEGA   G    N +F+G+ +  A  
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Query:  TDVPLREDQRE
          V LRE   E
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G12250.1 Pentapeptide repeat-containing protein1.2e-0931.71Show/hide
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        +ANL+NA L  ++ T  +   G+ I GADF+D  +   Q++ LCK A G NP TG  TR++L C
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AT1G12250.2 Pentapeptide repeat-containing protein1.2e-0931.71Show/hide
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        AS +   A+   + F AD    F  G     G     DL+    S +   + +F ++ +R+++F G+   GA    A    A+ S ADL         + 
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        +ANL+NA L  ++ T  +   G+ I GADF+D  +   Q++ LCK A G NP TG  TR++L C
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AT2G44920.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein8.3e-5669.49Show/hide
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        SCC  S  P    P              Q  K  V +  R++V S+GE  SK S  AL+SASLF  DPALAFKGGGPYG GVTRGQDL+GKDFSG+TLI+
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        QDFKTSILRQANFKGAKLLGASFFDADLTGADLS+ADLRGADFSLANVTK NL+NANLEGA  TGNTSF+GS I GA
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AT2G44920.2 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein6.6e-7772.9Show/hide
Query:  SCCCSSTIPPKPKPGLHLPPTVPALPNPQVPKHKVEA-ARNLVLSIGESASKASFLALISASLFLADPALAFKGGGPYGAGVTRGQDLTGKDFSGKTLIK
        SCC  S  P    P              Q  K  V +  R++V S+GE  SK S  AL+SASLF  DPALAFKGGGPYG GVTRGQDL+GKDFSG+TLI+
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Query:  PTTGNATRETLLCN
         TTGNATR+TLLCN
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AT5G55000.2 potassium channel tetramerisation domain-containing protein / pentapeptide repeat-containing protein3.8e-0837.84Show/hide
Query:  RGQDLTGKDFSGKTLIKQDFKTSILRQANFKGAKLLGASFFDADLTGADLSDADLRGADFSLANVTKANLSNANLEGALATG----NTSFRGSAINGADF
        R  D  G  F    L + +F ++ LR A   G  L  A+  DA L G     ADLR A    A++T ANL  ANLEGA   G    N +F+G+ +  A  
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Query:  TDVPLREDQRE
          V LRE   E
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGTCTGTTGAGCGCTTCATCATCATGTTGTTGCAGTTCCACAATTCCTCCAAAACCAAAACCTGGCCTTCATCTTCCTCCCACCGTTCCCGCCCTTCCAAACCCTCA
GGTTCCAAAGCACAAAGTGGAAGCCGCTCGAAATTTGGTTCTTTCCATTGGAGAATCCGCCTCGAAAGCCAGCTTCCTCGCTTTGATTTCCGCCTCCTTGTTCCTCGCCG
ATCCTGCGCTTGCCTTTAAGGGTGGAGGTCCTTATGGTGCCGGAGTCACTCGAGGCCAGGATCTTACCGGGAAGGATTTCAGTGGGAAGACGTTGATCAAGCAAGATTTC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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