; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0014259 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0014259
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionprotodermal factor 1-like
Genome locationLG05:42108267..42109157
RNA-Seq ExpressionSed0014259
SyntenySed0014259
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR039923 - Protodermal factor 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6604731.1 Protodermal factor 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.7e-9979.28Show/hide
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        TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPS P+            +PFTC +WLNHPG+IWGVLGW GTLG+CFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGAL+REGTA
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XP_004143175.1 protodermal factor 1 [Cucumis sativus]1.4e-9882.85Show/hide
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        M++K+ SAL FTL+AGL+S SL+IPVLST+I+DQKSYYSPPDPHSG+PPSGSHS+P PPSHG GG+ PHYSTPTPSTPSNPPS  GGYYNPPSSGG+ P+
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        TPVDPGTPSTPST   PSTP+TP+IP  PFTC YWLNHPGLIWGVLGW GTLG+ FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GAL+REGTASYLNSLASN
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XP_022947015.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita moschata]9.5e-10079.68Show/hide
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        M+ K+AS L FTL+AGL+S SL+IPVLSTTI+DQKSYYSPPDPH+GTPP+GSHSNP PPSHG+GG+PPHYSTPTPSTP+  PSG  GYYNPP SGG+TPT
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        TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPS P+            +PFTC +WLNHPG+IWGVLGW GTLG+CFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGAL+REGTA
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        SYLNSLASNRFPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAA+QAN+FKLANEGK KL A
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XP_022970795.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita maxima]1.7e-10179.53Show/hide
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        TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPS P+               +PFTC +WLNHPG+IWGVLGW GTLG+CFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGAL+RE
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        GTASYLNSLASNRFPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAA+QAN+FKLANEGK KL A
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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]9.5e-10084.23Show/hide
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        M+ K+AS L FTL+AGL+S SL+IPV ST+I+DQKSYYSPP DPHSGTPP+GSHS+P PPSHG+GGSPPHYSTPTPSTPS PPS  GGYYNPPSS GG+ 
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Query:  PTTPVDPGTPSTPST---PSTPSTPSIPNSPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLA
        PTTPVDPGTPSTPST   PSTPSTPSIP +PFTC YWLNHPG+IWGVLGW GTLG+ FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGAL+REGTASYLNSLA
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        SNRFPFTTKQVR+SFVSALSSNKAAA+QAN FKLANEGK K
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KF76 Uncharacterized protein6.6e-9982.85Show/hide
Query:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPS--GGYYNPPSSGGTTPT
        M++K+ SAL FTL+AGL+S SL+IPVLST+I+DQKSYYSPPDPHSG+PPSGSHS+P PPSHG GG+ PHYSTPTPSTPSNPPS  GGYYNPPSSGG+ P+
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Query:  TPVDPGTPSTPST---PSTPSTPSIPNSPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASN
        TPVDPGTPSTPST   PSTP+TP+IP  PFTC YWLNHPGLIWGVLGW GTLG+ FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GAL+REGTASYLNSLASN
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Query:  RFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK
        RFP+TTKQVR+SFVSALSSNKAA NQAN FKLANEGK K
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A0A1S3C4A9 protodermal factor 1-like6.2e-9781.86Show/hide
Query:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP
        M++K+ASAL FTL+AGL+S SL+IPVLST+I+DQKSYYSPPDPHSG+PPSGSH +P PPSHG+GG+ PHYSTPTPSTPS    GGYYNPPSSGG+ P+TP
Subjt:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP

Query:  VDPGTPSTPST---PSTPSTPSIPNSPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRF
        VDPGTPSTPST   PSTPSTP+IP +PFTC YWLNHPGLIWGVLGW GTLG+ FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GAL+REGTASYLNSLASNRF
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Query:  PFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK
        P+TTKQVR+SFVSALSSNKAA +QAN FKLANEGK K
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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like6.2e-9781.86Show/hide
Query:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP
        M++K+ASAL FTL+AGL+S SL+IPVLST+I+DQKSYYSPPDPHSG+PPSGSH +P PPSHG+GG+ PHYSTPTPSTPS    GGYYNPPSSGG+ P+TP
Subjt:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP

Query:  VDPGTPSTPST---PSTPSTPSIPNSPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRF
        VDPGTPSTPST   PSTPSTP+IP +PFTC YWLNHPGLIWGVLGW GTLG+ FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GAL+REGTASYLNSLASNRF
Subjt:  VDPGTPSTPST---PSTPSTPSIPNSPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRF

Query:  PFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK
        P+TTKQVR+SFVSALSSNKAA +QAN FKLANEGK K
Subjt:  PFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK

A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like4.6e-10079.68Show/hide
Query:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSG--GYYNPPSSGGTTPT
        M+ K+AS L FTL+AGL+S SL+IPVLSTTI+DQKSYYSPPDPH+GTPP+GSHSNP PPSHG+GG+PPHYSTPTPSTP+  PSG  GYYNPP SGG+TPT
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Query:  TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSIPN------------SPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTA
        TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPS P+            +PFTC +WLNHPG+IWGVLGW GTLG+CFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGAL+REGTA
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Query:  SYLNSLASNRFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTKLAA
        SYLNSLASNRFPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAA+QAN+FKLANEGK KL A
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A0A6J1I3W1 protodermal factor 1-like8.4e-10279.53Show/hide
Query:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSG--GYYNPPSSGGTTPT
        M+ K+AS L FTL+AGL+S SL+IPVLSTTI+DQKSYYSPPDPH+GTPP+GSHSNP PPSHG+GG+PPHYSTPTPSTPS  PSG  GYYNPPSSGG+TPT
Subjt:  MKNKKASALFFTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYYSPPDPHSGTPPSGSHSNPSPPSHGHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSG--GYYNPPSSGGTTPT

Query:  TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSIPN---------------SPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMRE
        TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPS P+               +PFTC +WLNHPG+IWGVLGW GTLG+CFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGAL+RE
Subjt:  TPVDPGTPSTPSTPSTPSTPSIPN---------------SPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMRE

Query:  GTASYLNSLASNRFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTKLAA
        GTASYLNSLASNRFPFTTKQV+SSFVSAL+SN+AAA+QAN+FKLANEGK KL A
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9S728 Protodermal factor 14.5e-4445.42Show/hide
Query:  FTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYY-SPPDPHSGTPPS-----------------GSHSNPSPPSH-------------------------------
        + L A L+S  L   V S    D K+YY SPP    GTPPS                  + S+PSPPSH                               
Subjt:  FTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYY-SPPDPHSGTPPS-----------------GSHSNPSPPSH-------------------------------

Query:  --GHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP----VDPGTP---STPST----PSTPSTPSIPNSPF-----TCYYWLNHPGLIWGVLGW
           H  +P H STP+  TPS+PPSGGYY+ P        TP    VDPGTP    +P T    P TP TP IP +PF     TC YW NHP LIWG+LGW
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Query:  GGTLGSCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK
         GT+G  FG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FPFTT QVR  FV+ LSSNKAA  QA+ FKLANEG+ K
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G42840.1 protodermal factor 13.2e-4545.42Show/hide
Query:  FTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYY-SPPDPHSGTPPS-----------------GSHSNPSPPSH-------------------------------
        + L A L+S  L   V S    D K+YY SPP    GTPPS                  + S+PSPPSH                               
Subjt:  FTLVAGLVSHSLVIPVLSTTISDQKSYY-SPPDPHSGTPPS-----------------GSHSNPSPPSH-------------------------------

Query:  --GHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP----VDPGTP---STPST----PSTPSTPSIPNSPF-----TCYYWLNHPGLIWGVLGW
           H  +P H STP+  TPS+PPSGGYY+ P        TP    VDPGTP    +P T    P TP TP IP +PF     TC YW NHP LIWG+LGW
Subjt:  --GHGGSPPHYSTPTPSTPSNPPSGGYYNPPSSGGTTPTTP----VDPGTP---STPST----PSTPSTPSIPNSPF-----TCYYWLNHPGLIWGVLGW

Query:  GGTLGSCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK
         GT+G  FG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FPFTT QVR  FV+ LSSNKAA  QA+ FKLANEG+ K
Subjt:  GGTLGSCFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAANQANVFKLANEGKTK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAAAAACAAAAAAGCTTCTGCCCTCTTTTTCACTTTGGTTGCTGGGCTTGTTTCCCACAGCCTGGTCATCCCTGTACTCTCCACCACCATTTCTGACCAGAAATCCTA
TTACTCTCCTCCAGACCCACATTCTGGAACTCCCCCATCAGGTTCCCACAGCAACCCTTCACCACCATCACATGGCCATGGAGGTTCACCGCCGCATTACTCCACTCCAA
CGCCTTCAACACCGTCGAATCCTCCGTCTGGTGGATACTACAACCCTCCATCATCTGGTGGTACCACACCAACCACCCCAGTCGATCCGGGCACTCCAAGCACTCCTAGC
ACTCCAAGTACTCCTAGCACTCCAAGCATTCCCAATTCTCCATTTACCTGCTATTATTGGCTGAATCACCCAGGATTGATATGGGGAGTATTGGGATGGGGAGGAACCTT
GGGAAGTTGCTTTGGAGCAACCAATGTCCCAGGATTTGGAACAAATCTCAACTTGCTACAAGCTCTTTCAAACACAAGGACTGATGGGTTTGGGGCTCTTATGAGAGAAG
GCACTGCTTCATACCTCAACTCTCTTGCCAGTAACAGATTCCCCTTCACTACCAAGCAAGTTCGATCGAGTTTTGTCTCGGCTCTTAGCTCCAACAAAGCAGCAGCGAAT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAAAAACAAAAAAGCTTCTGCCCTCTTTTTCACTTTGGTTGCTGGGCTTGTTTCCCACAGCCTGGTCATCCCTGTACTCTCCACCACCATTTCTGACCAGAAATCCTA
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ACTCCAAGTACTCCTAGCACTCCAAGCATTCCCAATTCTCCATTTACCTGCTATTATTGGCTGAATCACCCAGGATTGATATGGGGAGTATTGGGATGGGGAGGAACCTT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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TPSTPSTPSIPNSPFTCYYWLNHPGLIWGVLGWGGTLGSCFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALMREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRSSFVSALSSNKAAAN
QANVFKLANEGKTKLAA