; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0014750 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0014750
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationLG06:41066345..41074092
RNA-Seq ExpressionSed0014750
SyntenySed0014750
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]4.4e-9090.1Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]4.9e-8994.15Show/hide
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XP_022945688.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X1 [Cucurbita moschata]6.0e-8793.58Show/hide
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XP_022956661.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita moschata]2.1e-8794.65Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.4e-8994.65Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X12.1e-9090.1Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X12.9e-8793.58Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.0e-8794.65Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like2.9e-8794.15Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ228.5e-6071.07Show/hide
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        CYECGE GHFARECR+RGG+    G RRS S     PR RRSPS   YGRRS SPR +    PRRRS S PP RGRSYSRSPP   AR   PYANGN
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.9e-6471.36Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A2.0e-5367.2Show/hide
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        MARVY+GNLDPRV+ RELEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS N+  G GG  R         G  + KCYEC
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.4e-5165.96Show/hide
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        MAR+Y+GNLDPRV+  ELEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDD+RDA DA++ LDGKNGWRVELS NS         RGGR     GG ++KCYEC
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        GE GHFARECR R G  G G G RRS S  R RSP Y +   YGRRS SPR  RSPRRRS+S P RGRSYSRSP     R  SPYA+G
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A6.5e-6070.16Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRV+ERELEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ +DGKNGWRVE SHN  GGGG GGGR GG GG G GG DLKCYE
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.4e-6571.36Show/hide
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        CGE GHFARECR     RG G + RRSPSPRRRRSP Y  Y RRSISPRG+RS PRRRS++PP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.4e-6571.36Show/hide
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        CGE GHFARECR     RG G + RRSPSPRRRRSP Y  Y RRSISPRG+RS PRRRS++PP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.7e-6369.85Show/hide
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        CGE GHFARECR     RG G + RRSPSPRRRRSP Y      SISPRG+RS PRRRS++PP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein4.6e-6170.16Show/hide
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Query:  CGEPGHFARECRSRGGSRGGGGLRRSPS-----PRRRRSPSYDRYGRRSISPRGKRSPRRRSISPPKRGRSYSRSPPYRHARRASPYANGN
        CGE GHFARECRSRGGS   GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  SP  RGR+YSRSPP   AR   PYANGN
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 226.0e-6171.07Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRV+ERELEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ALDGKNGWRVE SHN   +GGGG GG RGG GG  GG GG DLK
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        CYECGE GHFARECR+RGG+    G RRS S     PR RRSPS   YGRRS SPR +    PRRRS S PP RGRSYSRSPP   AR   PYANGN
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTTCAAGTACGTATTTATTTTAAAATCGAACTCACTCATCACTTTACTGCCTCCTTCTCCAGACTCCCAATCGCCGGAGCTCTGCGATTTCGTGCACCGCCGCTTTA
TTTTGTTGTTTCGGTTTTTTCGCATCCCGGGTTTTCGAGGGTGGTTTTGGGTTTCTTCGCTACAATGGCTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTTCAGAAA
GGGAACTTGAAGATGAGTTTCGAATGTTTGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATCGAGTTTGATGATCGCAGAGATGCTTTA
GATGCAATACAAGCATTGGATGGGAAAAATGGATGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCCAAAGGCGGTGGAGGTGGTGGGGGTCGTCGTGGTGGCCGAGGTGGTGGTGG
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CTTCTCCTCGGCGCCGTAGGAGTCCAAGTTATGATAGATATGGTCGCAGGAGTATCAGTCCTCGTGGTAAAAGATCTCCACGACGTCGCAGCATTTCACCTCCTAAGCGT
GGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGCCATGCTCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATGGTAATTCTACCAATTTTCTCTCATATATTGAAGGAGGTTTGAAATC
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTTTCAAGTACGTATTTATTTTAAAATCGAACTCACTCATCACTTTACTGCCTCCTTCTCCAGACTCCCAATCGCCGGAGCTCTGCGATTTCGTGCACCGCCGCTTTA
TTTTGTTGTTTCGGTTTTTTCGCATCCCGGGTTTTCGAGGGTGGTTTTGGGTTTCTTCGCTACAATGGCTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTTCAGAAA
GGGAACTTGAAGATGAGTTTCGAATGTTTGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATCGAGTTTGATGATCGCAGAGATGCTTTA
GATGCAATACAAGCATTGGATGGGAAAAATGGATGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCCAAAGGCGGTGGAGGTGGTGGGGGTCGTCGTGGTGGCCGAGGTGGTGGTGG
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GGGTTGGGGTTTGTTTCGATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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