; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0014824 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0014824
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Description30S ribosomal protein S16
Genome locationLG08:7318528..7321711
RNA-Seq ExpressionSed0014824
SyntenySed0014824
Gene Ontology termsGO:0006412 - translation (biological process)
GO:0009507 - chloroplast (cellular component)
GO:0015935 - small ribosomal subunit (cellular component)
GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domainsIPR000307 - Ribosomal protein S16
IPR023803 - Ribosomal protein S16 domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6588049.1 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.3e-6291.54Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRFTTP K  DDS +SK G+ADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

XP_022147743.1 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial [Momordica charantia]1.4e-6090Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVR+RLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPS+PVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRF TP KP DDS +SK GNADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

XP_022933978.1 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial-like [Cucurbita moschata]9.6e-6290.77Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYY+PLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRFTTP K  DDS +SK GNADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

XP_022968515.1 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial-like [Cucurbita maxima]9.6e-6290.77Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRFTTP K  DDS +SK G+ADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

XP_023529314.1 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.6e-6190Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRD+
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRFTTP K  DDS ++K GNADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BQ70 30S ribosomal protein S162.8e-5985.38Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLE+LGYYNPLPGQDGGKRMG+NFERVKYWLSVGAQPSDP+QRILFRAG+LPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRF TP K   DS+N + G+ADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

A0A5D3CDW9 30S ribosomal protein S162.8e-5985.38Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLE+LGYYNPLPGQDGGKRMG+NFERVKYWLSVGAQPSDP+QRILFRAG+LPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRF TP K   DS+N + G+ADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

A0A6J1D251 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial6.7e-6190Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVR+RLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPS+PVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRF TP KP DDS +SK GNADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

A0A6J1F6D0 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial-like4.6e-6290.77Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYY+PLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRFTTP K  DDS +SK GNADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

A0A6J1HXD7 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial-like4.6e-6290.77Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPM AM RKGGPRDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS
        RP+DP+SGRFTTP K  DDS +SK G+ADS
Subjt:  RPIDPMSGRFTTPLKPADDSTNSKAGNADS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A5V9P7 30S ribosomal protein S165.5e-2056.1Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGV
        M V IRL+R G K +P+YR++ AD+RSPRDG  +E +G YNPL  +D  KR+ L+ +R K+WLSVGAQP+D V R L  AGV
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGV

A8LMC0 30S ribosomal protein S165.5e-2054.76Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLP
        M ++IRL+R G K +PFYR++AADSR PRDG+ +E LG YNPL  +D   R+ ++ ERV+YWL  GA+P+D V R+L  A VLP
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLP

O65686 30S ribosomal protein S16-1, chloroplastic4.1e-3155.05Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        M V+IRL+RLGCK++PFYRV+ AD +S RDGK +EVLG+Y+PL G++   R+ L F+R+KYWLSVGAQP+D V+ +LFRAG++PP PM  +  K G + T
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  -RPIDPMSG
         + + P++G
Subjt:  -RPIDPMSG

Q5LNF2 30S ribosomal protein S165.5e-2055.42Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVL
        M ++IRL+R G K +PFYR++AADSR PRDG+ +E LG YNPL  +D  +R+ ++ ERV+YWLS GAQ +D V R+L  AGV+
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVL

Q9LTS6 30S ribosomal protein S16-2, chloroplastic/mitochondrial2.9e-5385.45Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKN+PF+RVMAADSRSPRDGKHLEVLGY+NPLPGQDGGKRMGL F+R+KYWLSVGAQPSDPVQR+LFR+G+LPPPPM AM RKGG RDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRF
        RP+DPM+GR+
Subjt:  RPIDPMSGRF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G34620.1 small subunit ribosomal protein 162.9e-3255.05Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        M V+IRL+RLGCK++PFYRV+ AD +S RDGK +EVLG+Y+PL G++   R+ L F+R+KYWLSVGAQP+D V+ +LFRAG++PP PM  +  K G + T
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  -RPIDPMSG
         + + P++G
Subjt:  -RPIDPMSG

AT5G56940.1 Ribosomal protein S16 family protein2.1e-5485.45Show/hide
Query:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT
        MVVRIRLSR GCKN+PF+RVMAADSRSPRDGKHLEVLGY+NPLPGQDGGKRMGL F+R+KYWLSVGAQPSDPVQR+LFR+G+LPPPPM AM RKGG RDT
Subjt:  MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDT

Query:  RPIDPMSGRF
        RP+DPM+GR+
Subjt:  RPIDPMSGRF

ATCG00050.1 ribosomal protein S163.8e-0834.57Show/hide
Query:  VVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGV
        +V++RL R G K +  YR++A D R  R+G+ L  +G+Y+P+  Q       LN   +  +L  GAQP+     I  +AG+
Subjt:  VVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGV


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGTGGTGAGAATTCGATTGTCGAGGCTTGGTTGCAAGAACAAGCCGTTTTACAGGGTGATGGCGGCCGATAGTCGATCTCCCAGAGACGGCAAGCATCTCGAGGTTCT
AGGCTACTATAATCCCTTGCCAGGTCAAGATGGTGGCAAACGTATGGGTCTTAATTTTGAAAGAGTGAAGTATTGGCTTTCAGTTGGTGCTCAGCCTTCAGACCCTGTGC
AGCGTATTCTTTTCAGAGCAGGGGTACTTCCACCACCCCCAATGGCGGCAATGGAACGTAAAGGCGGACCACGTGATACTCGTCCTATTGATCCTATGAGCGGACGCTTC
ACGACTCCACTGAAGCCAGCTGATGATTCCACTAACAGCAAAGCTGGCAACGCTGATTCATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGTGGTGAGAATTCGATTGTCGAGGCTTGGTTGCAAGAACAAGCCGTTTTACAGGGTGATGGCGGCCGATAGTCGATCTCCCAGAGACGGCAAGCATCTCGAGGTTCT
AGGCTACTATAATCCCTTGCCAGGTCAAGATGGTGGCAAACGTATGGGTCTTAATTTTGAAAGAGTGAAGTATTGGCTTTCAGTTGGTGCTCAGCCTTCAGACCCTGTGC
AGCGTATTCTTTTCAGAGCAGGGGTACTTCCACCACCCCCAATGGCGGCAATGGAACGTAAAGGCGGACCACGTGATACTCGTCCTATTGATCCTATGAGCGGACGCTTC
ACGACTCCACTGAAGCCAGCTGATGATTCCACTAACAGCAAAGCTGGCAACGCTGATTCATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MVVRIRLSRLGCKNKPFYRVMAADSRSPRDGKHLEVLGYYNPLPGQDGGKRMGLNFERVKYWLSVGAQPSDPVQRILFRAGVLPPPPMAAMERKGGPRDTRPIDPMSGRF
TTPLKPADDSTNSKAGNADS