CuGenDBv2

Gene ID	Sed0016128
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Retrotransposon protein
Genome location	LG11:3854259..3855285
RNA-Seq Expression	Sed0016128
Synteny	Sed0016128
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0035620.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

1.1e-89

58.68

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HSSARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

KAA0046727.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

3.6e-90

59.03

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR HD L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HSSARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

KAA0047510.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

2.0e-88

57.99

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+S HF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR NG +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  W G  N P   +EFFN  H SARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD +A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

KAA0048361.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

2.0e-88

58.33

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RWKWFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEG AADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGY N +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HSSARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

KAA0051057.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

1.5e-88

57.99

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+ HDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HS ARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7TWH8 Retrotransposon protein

9.6e-89

57.99

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+S HF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR NG +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  W G  N P   +EFFN  H SARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD +A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

A0A5A7TXW1 Retrotransposon protein

1.7e-90

59.03

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR HD L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HSSARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

A0A5A7U476 Retrotransposon protein

9.6e-89

58.33

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RWKWFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEG AADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGY N +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HSSARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

A0A5A7U9H2 Retrotransposon protein

7.3e-89

57.99

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+ HDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HS ARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

A0A5D3BDX0 Retrotransposon protein

5.1e-90

58.68

Show/hide

Query:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN
        MVAMFLHI+AHDVKNRV+++ F RSGET+SRHF  VL A+IR H+ L KKP+P+   CTD RW+WFE            + VP  +RA +R RK  + TN
Subjt:  MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFE------------LQVPVENRASFRNRKSIITTN

Query:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA
        VL V    G+F+YVLAGWEGSAADSR+LRDALSR N  +VP GYYYL DAGYPN +GFLAPYRG+RYHL  WRG  N P   +EFFN  HSSARN+IERA
Subjt:  VLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERA

Query:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF
        FG LK RWAILR KSYYP +VQ + I ACC LHNLI REM +    + + E D+T      DD   I+++ETS  W+ +RD++A+ MF
Subjt:  FGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMF

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q6AZB8 Putative nuclease HARBI1

1.7e-05

26.71

Show/hide

Query:  LQVPVENRASFRNRKSIITTNVLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNW--RGRNP
        ++ P  + +S+ N+K   + N   V    G  +     W GS  D  V + +               L +    +D+G+L      RY L  W       
Subjt:  LQVPVENRASFRNRKSIITTNVLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNW--RGRNP

Query:  PRNPREF-FNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAIL-RHKSY--YPPKVQVKIITACCRLHNL
        P +P ++ +N AH++   I++R F A++ R+  L   K Y  Y P+    II ACC LHN+
Subjt:  PRNPREF-FNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAIL-RHKSY--YPPKVQVKIITACCRLHNL

Q9M2U3 Protein ALP1-like

5.9e-11

29.82

Show/hide

Query:  AVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDA--------LSRNNGFQVPHG------YYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKA
        AV  P   F+ V+AGW GS  D  VL+++          R NG ++P         Y + D+G+P     L PY+G+           P   P+  FNK 
Subjt:  AVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDA--------LSRNNGFQVPHG------YYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKA

Query:  HSSARNIIERAFGALKNRWAILRHKSYYPPKVQV-KIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQE
        HS A    + A   LK+RW I+    + P + ++ +II  CC LHN+I      T+  + L +     Y++
Subjt:  HSSARNIIERAFGALKNRWAILRHKSYYPPKVQV-KIITACCRLHNLICREMGSTIGLEILGENDATVYQE

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G43722.1 unknown protein

1.1e-23

35.75

Show/hide

Query:  VAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTA--IIRCHDI-------LFKKPEPIQPSCTDSR-WKWFE------------LQVPVENRASFR
        VAMFL I  H+   R V   F R+ ETV R F+ VLTA  ++ C  I       L++ PE +Q    D R W +F             ++V  + +  + 
Subjt:  VAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTA--IIRCHDI-------LFKKPEPIQPSCTDSR-WKWFE------------LQVPVENRASFR

Query:  NRKSIITTNVLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHG-YYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGE-----RYHLSNWRGRNPPRNPREFF
        NR    + N++A+      F Y+  G  GS  D+ VL+ A   ++ F +P    YYL D+GYPN  G LAPYR       RYH+S +     PRN  E F
Subjt:  NRKSIITTNVLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHG-YYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGE-----RYHLSNWRGRNPPRNPREFF

Query:  NKAHSSARNIIERAFGALKNR
        N+ H+S R++IER F   KN+
Subjt:  NKAHSSARNIIERAFGALKNR

AT4G10890.1 unknown protein

6.1e-11

39.13

Show/hide

Query:  DSRVLRDALSRNNGFQVPH---GYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAILRH
        D++VL+   +RN  F  PH     YYL ++ YP   G+L P+R   YHL  +    PP   +E FN+ H   R++I+R FG  K +W IL H
Subjt:  DSRVLRDALSRNNGFQVPH---GYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAILRH

AT5G28730.1 unknown protein

4.7e-11

34.64

Show/hide

Query:  VAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFELQVPVENRASFRNRKSIITTNVLAVWAPSGEFIY
        VA+FL I A +   R +   F  + ET+ R F  VL A+ R   + + +P  ++     S      LQ          +   I + NVLA+      F Y
Subjt:  VAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFELQVPVENRASFRNRKSIITTNVLAVWAPSGEFIY

Query:  VLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQV-PHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGE
           G  GS  D+RVL  A+S +  F V P   YYL D+GY N  G+LAPYR E
Subjt:  VLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQV-PHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGE

AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)

6.0e-27

38.78

Show/hide

Query:  FIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAI
        FIYVL+GWEGSA DSRVL DAL +          +YL D G+ N   FLAP+RG RYHL  + G R  P  P E FN  H S RN+IER FG  K+R+AI
Subjt:  FIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRG-RNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAI

Query:  LRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLI---CREMGSTIGLEILGENDA------TVYQEEMDDTPTINFV----ETSPLWTAFRDSMAQRMFDTAQN
         +    +  K Q  ++  C  LHN +   CR   +    E+  E D        +   E+D+   +       E + +W   R SMA+ M+  A N
Subjt:  LRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLI---CREMGSTIGLEILGENDA------TVYQEEMDDTPTINFV----ETSPLWTAFRDSMAQRMFDTAQN

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)

1.4e-39

39.66

Show/hide

Query:  VAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILF---------KKPEPIQPSCTDSRWKW-FELQVPVENRASFRNRKSIITTNVLA
        +A+FL I+ H+++ R V+++F  SGET+SRHF  VL A+I      F         +  +P    C      +   + V V+ +  FRN   ++T NVLA
Subjt:  VAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILF---------KKPEPIQPSCTDSRWKW-FELQVPVENRASFRNRKSIITTNVLA

Query:  VWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGAL
          +    F YVLAGWEGSA+D +VL  AL+R N  QVP G YY+ D  YPN  GF+APY G           N     +E FN+ H      I R FGAL
Subjt:  VWAPSGEFIYVLAGWEGSAADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGAL

Query:  KNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLI
        K R+ IL     YP + QVK++ A C LHN +
Subjt:  KNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLHNLI

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGTAGCCATGTTTCTACATATCATGGCTCATGATGTTAAGAACCGTGTCGTTCGAAAAATATTTACAAGATCCGGTGAAACAGTGTCGCGACACTTTCAATTTGTCCT
AACTGCTATTATTCGTTGTCATGATATTTTGTTCAAGAAACCTGAACCTATCCAACCATCATGCACCGATAGTAGATGGAAGTGGTTTGAGTTACAAGTCCCAGTTGAAA
ATCGTGCCTCCTTTAGAAATAGGAAGAGTATCATCACAACGAACGTTCTTGCTGTATGGGCTCCAAGCGGAGAGTTCATATACGTACTAGCTGGGTGGGAGGGATCAGCA
GCTGACTCTAGAGTTCTTAGGGATGCTTTATCTCGTAACAATGGATTTCAAGTCCCTCATGGATACTATTACCTTTGTGATGCGGGTTATCCAAATGATGATGGATTTCT
AGCTCCCTATAGAGGCGAACGTTATCATCTATCGAATTGGAGGGGTAGAAATCCACCACGGAATCCAAGAGAGTTTTTTAATAAGGCACACTCCTCGGCACGAAATATAA
TAGAAAGAGCGTTCGGTGCATTAAAAAATCGTTGGGCTATTCTGCGACACAAGTCTTACTATCCTCCAAAAGTGCAAGTGAAGATCATAACAGCTTGTTGTCGCTTACAT
AATTTAATATGTAGGGAAATGGGCTCTACGATTGGTTTAGAGATATTAGGGGAGAACGATGCTACAGTATACCAAGAGGAAATGGACGATACCCCAACGATTAATTTCGT
CGAGACATCGCCTCTTTGGACTGCATTTCGAGATTCCATGGCCCAAAGAATGTTTGACACAGCCCAAAACTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MVAMFLHIMAHDVKNRVVRKIFTRSGETVSRHFQFVLTAIIRCHDILFKKPEPIQPSCTDSRWKWFELQVPVENRASFRNRKSIITTNVLAVWAPSGEFIYVLAGWEGSA
ADSRVLRDALSRNNGFQVPHGYYYLCDAGYPNDDGFLAPYRGERYHLSNWRGRNPPRNPREFFNKAHSSARNIIERAFGALKNRWAILRHKSYYPPKVQVKIITACCRLH
NLICREMGSTIGLEILGENDATVYQEEMDDTPTINFVETSPLWTAFRDSMAQRMFDTAQN

Sed0016128 (gene) of Chayote v1 genome