CuGenDBv2

Gene ID	Sed0016797
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Required for excision 1-B domain-containing protein
Genome location	LG07:37043177..37047254
RNA-Seq Expression	Sed0016797
Synteny	Sed0016797
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR039491 - Required for excision 1-B domain-containing protein

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG7012978.1 hypothetical protein SDJN02_25732 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

5.9e-90

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XP_004135056.1 uncharacterized protein LOC101210078 [Cucumis sativus]

5.5e-88

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XP_022945518.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita moschata]

2.0e-90

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XP_023541138.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita pepo subsp. pepo]

1.5e-90

88.46

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XP_038892275.1 uncharacterized protein LOC120081463 [Benincasa hispida]

4.2e-88

84.95

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KUN3 Uncharacterized protein

2.7e-88

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A0A1S3BGI9 uncharacterized protein LOC103489347

3.8e-87

85.44

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A0A5D3CFT2 Uncharacterized protein

3.8e-87

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A0A6J1G147 uncharacterized protein C19orf60 homolog

9.8e-91

88.46

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A0A6J1HYI6 uncharacterized protein C19orf60 homolog

9.8e-91

88.46

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q17Q97 Required for excision 1-B domain-containing protein

6.7e-04

30.21

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        L+Q+  Q+Q  RA+A+  L+ G  +Y++SG       Y+    E+T  F+  S++V+ +E+       +  LA+ +RS+Q+ E+ +L   A +QL+
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Q9CYZ6 Required for excision 1-B domain-containing protein

4.6e-05

30.69

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        TL+Q+  Q+Q  RA+A+  L +   +Y+ SG+     SY+ +  E+T  F+  S++V+ +E+       +  LA  +RS+QE E+ +L   A +Q++   
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Query:  G
        G
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G04910.1 unknown protein

4.5e-64

60.83

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        EDF +K+SL + +  D               T G  + S TL LL+  L+IQQ RA+AYANLK GF EY+ SG E  YQ+LC EIT EFS CSKQV ++E
Subjt:  EDFGEKLSLGEEMEED-------------ERTDGRDL-SYTLTLLQKFLQIQQLRAEAYANLKRGFDEYMTSGREISYQQLCGEITAEFSNCSKQVIDIE

Query:  SNFRSH--GRLELANLLRSVQEQEKQKLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFKTPREHECVHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKEAIKGVQDAVT
        S F +   GR +LA LL  +Q QEKQKLHLT  IQ+LKKAGRPSER+++HENC+FK P +HECVH+HEITEA+GTEEAEADA++DNALKEAI+GVQDAVT
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Query:  TINEHMEEVRYEIAALE
        +INE++E++RYEI ALE
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGAAGATTTCGGCGAGAAGCTCTCACTGGGCGAAGAAATGGAGGAAGACGAAAGAACCGATGGCAGAGATTTGTCTTACACTCTCACTTTGCTCCAAAAGTTTCTTCA
AATCCAGCAGCTTAGAGCCGAAGCTTATGCCAACCTTAAAAGGGGTTTCGATGAGTATATGACTTCAGGGAGGGAGATATCTTACCAACAGCTTTGCGGGGAGATCACTG
CGGAGTTCAGTAATTGCTCAAAACAAGTCATCGACATCGAGTCGAATTTCCGGAGTCATGGCAGACTCGAGTTAGCCAACCTGCTTAGATCTGTTCAAGAACAGGAAAAA
CAGAAATTGCACCTGACAGCTCAAATTCAGTTATTGAAGAAGGCCGGCCGCCCATCAGAGCGCTTGGTGAGCCACGAGAATTGCAGGTTCAAGACACCTCGAGAACACGA
GTGCGTTCATGTCCATGAGATAACCGAGGCTTCTGGTACTGAGGAAGCAGAAGCAGATGCCGATTATGACAATGCGCTCAAGGAAGCAATCAAAGGTGTGCAAGATGCTG
TGACGACTATAAACGAGCACATGGAGGAAGTGAGATATGAGATTGCAGCTCTTGAAGATAAGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TATTTATCGTAATTAAATAGCAATCAGGTTGAAGAGTGAAGCTGAGCCCTAAAGAATGGAAGATTTCGGCGAGAAGCTCTCACTGGGCGAAGAAATGGAGGAAGACGAAA
GAACCGATGGCAGAGATTTGTCTTACACTCTCACTTTGCTCCAAAAGTTTCTTCAAATCCAGCAGCTTAGAGCCGAAGCTTATGCCAACCTTAAAAGGGGTTTCGATGAG
TATATGACTTCAGGGAGGGAGATATCTTACCAACAGCTTTGCGGGGAGATCACTGCGGAGTTCAGTAATTGCTCAAAACAAGTCATCGACATCGAGTCGAATTTCCGGAG
TCATGGCAGACTCGAGTTAGCCAACCTGCTTAGATCTGTTCAAGAACAGGAAAAACAGAAATTGCACCTGACAGCTCAAATTCAGTTATTGAAGAAGGCCGGCCGCCCAT
CAGAGCGCTTGGTGAGCCACGAGAATTGCAGGTTCAAGACACCTCGAGAACACGAGTGCGTTCATGTCCATGAGATAACCGAGGCTTCTGGTACTGAGGAAGCAGAAGCA
GATGCCGATTATGACAATGCGCTCAAGGAAGCAATCAAAGGTGTGCAAGATGCTGTGACGACTATAAACGAGCACATGGAGGAAGTGAGATATGAGATTGCAGCTCTTGA
AGATAAGTAATCTTAGTGACATATATATGGTGTTGATATCATCTTGCTCTGCAATTGAATTGGTTATTGAAATGTACATGAGATATTCAGAATTGGTTCTTGAATAACTT
GCATGTAGCGTAGTAGGGCAAAAGAAAATTTCTTACTTCATACACTTTTTCACTGATATTTCGCTTTCACCATATTTTAAGTGACAATATATACTGAATTCTCAATTTTT
AGATCCAACTTTCGT

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MEDFGEKLSLGEEMEEDERTDGRDLSYTLTLLQKFLQIQQLRAEAYANLKRGFDEYMTSGREISYQQLCGEITAEFSNCSKQVIDIESNFRSHGRLELANLLRSVQEQEK
QKLHLTAQIQLLKKAGRPSERLVSHENCRFKTPREHECVHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKEAIKGVQDAVTTINEHMEEVRYEIAALEDK

Sed0016797 (gene) of Chayote v1 genome