; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0018254 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0018254
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionCASP-like protein
Genome locationLG07:40557365..40559575
RNA-Seq ExpressionSed0018254
SyntenySed0018254
Gene Ontology termsGO:0005886 - plasma membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0051539 - 4 iron, 4 sulfur cluster binding (molecular function)
InterPro domainsIPR006459 - Casparian strip membrane protein
IPR006702 - Casparian strip membrane protein domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004147690.1 CASP-like protein 4C1 [Cucumis sativus]3.2e-9089.16Show/hide
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XP_022987730.1 CASP-like protein 4C1 [Cucurbita maxima]9.3e-9090Show/hide
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XP_023524861.1 CASP-like protein 4C1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-9090Show/hide
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XP_038893216.1 CASP-like protein 4C1 [Benincasa hispida]4.2e-9088.73Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KNW2 CASP-like protein1.5e-9089.16Show/hide
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A0A5D3BVM1 CASP-like protein1.3e-8987.38Show/hide
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A0A6J1FUB8 CASP-like protein4.5e-9090Show/hide
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A0A6J1H0N7 CASP-like protein4.5e-9089.5Show/hide
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A0A6J1JHP8 CASP-like protein4.5e-9090Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A9T836 CASP-like protein 4C33.4e-3447.37Show/hide
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        H++   + QK +R N +IL+FR  TF FSL S + M TN  R  + S   W+DFD FRYV A N+I+ +YS  E+  +V+   ++    PE  QVWFD+G
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        HDQ FAYLL SA+SAG A+A  L+       G   C  +  FC Q+  SI LGF  FLFL LSSLL+G RV
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B9HMF8 CASP-like protein 4C12.4e-7274.74Show/hide
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        MR PQ  RNGG T  HFHST+S+QKLKRFNSLILVFR S FCFSLASAVFM+TNSR   SDS  W++FDAFRYVFAAN+IVAVYSLFEM A+VWEISR  
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        TLFPE+ QVWFDFGHDQ FAYLLLSA+S GT +A T+K  D C  +  FCVQS I+IALGF GFLFLG+SSL SGFRVVCF+INGSRF++
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B9HTK2 CASP-like protein 4C24.4e-7477.37Show/hide
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        MRSPQ  R+GG T  HF STVSVQKLKRFNSLILVFR + FCFSLASAVFM+TNSR   SDS  W++FDAFRYVFAAN+IVA+YSLFEM ASVWEISR  
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        TLFPEI QVWFDFGHDQ FAYLLLSA++AGT LA TLK  DTC  + AFCVQS I+I LGFAGFLFLG+SSL SGFRVVCF+INGSRF++
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B9SR15 CASP-like protein 4C15.2e-7577.11Show/hide
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        MRSPQSLRN G TP            HFHSTVS+QKLKRFN LILVFRLSTFCFSLAS+VFM+TN        P W+ FDAFRYVFAAN+IVA+YSLFEM
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         ASVWEISR  TLFPEILQVWFDFGHDQ FAYLLLSADSA TALA TLKG DTC  S AFCVQS I+IALGFAGFLFLGLSSLLSGFRVVCF+INGSRF+
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Query:  L
        +
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Q9M2U0 CASP-like protein 4C13.1e-6465.98Show/hide
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        MRSP + RNG         HFHSTV+ QKL+RFNSLIL+ RL++F FSLASAVFM+TNSR S   SP W+DFDAFR+VF AN+IVA+YS+FEM   VWE 
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        SRE TL+PE  QVWFDFGHDQ F+YLLLSA SA  ALA T++G DTC  + AFC+QS ++I LGFA FLFL  SS  SGFRV CF+I GSRFHL
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G79780.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)5.6e-0826.47Show/hide
Query:  VSVQKLKRFNSLILV-FRLSTFCFSLASAVFMITNSRRSTSD--------SPRWFDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWF
        V+ ++ K    L+ V  R      S  +   M+T +    +D        S  W    +++YV  A +   +YSL ++   V+ +     + P   Q W 
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Query:  DFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKG-------TDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLS
         F  DQ F YL++SA SAG+ +    K         D C+  ++FC    +S+ L F  F+FL  SS  +
Subjt:  DFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKG-------TDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLS

AT2G36330.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)2.3e-0630.2Show/hide
Query:  LVFRLSTFCFSLASAVFMITNSRRSTSDSPRWFD-FDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTA
        L FRLS    +L S   M  +  +  S     FD +  +R+  + N +  VYS F+     + + +E  L    L+  F+F  DQ  AYLL+SA +A   
Subjt:  LVFRLSTFCFSLASAVFMITNSRRSTSDSPRWFD-FDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTA

Query:  LA---ITLKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLSGFRV
             ++  G D       F   ++ SIA+ F  FL    SSL+SG+ +
Subjt:  LA---ITLKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLSGFRV

AT3G16300.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)4.4e-0526.88Show/hide
Query:  ILVFRLSTFCFSLAS-AVFMITNSRRSTSDSPRWFDF---------DAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYL
        + +F L   C ++++ AV ++  +R ++  +   F+F         D+  Y+   +S   +YSL ++I S   + R+  + P   Q WF F  DQ   Y 
Subjt:  ILVFRLSTFCFSLAS-AVFMITNSRRSTSDSPRWFDF---------DAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYL

Query:  LLSADSAGTALAIT---------LKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLL
        ++S  SA  AL +T         +   + C+    FC     SI      FL L  SSLL
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AT3G55390.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)2.2e-6565.98Show/hide
Query:  MRSPQSLRNGGGTP----HHFHSTVSVQKLKRFNSLILVFRLSTFCFSLASAVFMITNSRRSTSDSPRWFDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEI
        MRSP + RNG         HFHSTV+ QKL+RFNSLIL+ RL++F FSLASAVFM+TNSR S   SP W+DFDAFR+VF AN+IVA+YS+FEM   VWE 
Subjt:  MRSPQSLRNGGGTP----HHFHSTVSVQKLKRFNSLILVFRLSTFCFSLASAVFMITNSRRSTSDSPRWFDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEI

Query:  SREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLSGFRVVCFVINGSRFHL
        SRE TL+PE  QVWFDFGHDQ F+YLLLSA SA  ALA T++G DTC  + AFC+QS ++I LGFA FLFL  SS  SGFRV CF+I GSRFHL
Subjt:  SREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLSGFRVVCFVINGSRFHL

AT4G11655.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)2.0e-0528Show/hide
Query:  LVFRLSTFCFSLASAVFMITN-----SRRSTSDSPRWFDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADS
        LV R  T      SA+ +  N      R  T +S  +  +    Y F    I  VY+  +    V +I+    L  E L  +  F  DQ   YLL+S+ S
Subjt:  LVFRLSTFCFSLASAVFMITN-----SRRSTSDSPRWFDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADS

Query:  AGTALAITLKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLSGFRV
           A    +       L       S +S+++ F+ FL L LS LLSG+++
Subjt:  AGTALAITLKGTDTCRLSTAFCVQSTISIALGFAGFLFLGLSSLLSGFRV


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGATCCCCTCAGTCCCTCCGGAACGGCGGCGGAACTCCTCACCACTTCCACTCCACCGTTTCCGTTCAGAAACTCAAGCGCTTCAACTCTCTCATCCTCGTCTTCCG
TCTATCCACCTTCTGCTTCTCCCTCGCCTCCGCCGTCTTCATGATTACCAACTCTCGCCGCTCCACCTCCGATTCCCCTCGCTGGTTCGATTTCGACGCCTTCAGGTACG
TATTCGCGGCGAACTCCATAGTTGCAGTGTACTCGCTGTTCGAAATGATCGCTTCCGTGTGGGAGATCTCCAGAGAAGTGACTCTATTCCCTGAGATTCTACAAGTCTGG
TTCGATTTCGGCCATGACCAGGCGTTTGCGTACCTGCTTCTCTCTGCGGACTCGGCAGGGACGGCCCTTGCGATCACTCTGAAGGGAACCGACACGTGTCGGTTATCGAC
CGCCTTTTGCGTCCAATCGACCATCTCCATTGCACTGGGATTTGCCGGTTTCCTGTTTCTCGGGTTATCCTCTCTGCTTTCGGGTTTTCGGGTCGTTTGTTTCGTAATCA
ACGGTTCTCGTTTTCATTTATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AAAGAATTTTTTTATAAAGCAAGAAAGAAAATTAGAGACATCAAAATCAACCTAATTGAGCTGGAGATGGGGACAGCGCAAAGAGAGAGAAATAAGAAAGAAACCCAAAA
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TTTCCCCCACACATTTCCCACTCATTTTTATTTTTCCTCTCTAAAAACCAAAAACCCAAAACCAAAAACCCAAAACCCAAAACCAAAAACCCCTTCTCTCTCTCTCTCTC
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