; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0018318 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0018318
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionchromatin structure-remodeling complex protein BSH
Genome locationLG02:48328207..48335446
RNA-Seq ExpressionSed0018318
SyntenySed0018318
Gene Ontology termsGO:0006338 - chromatin remodeling (biological process)
GO:0006357 - regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
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GO:0070603 - SWI/SNF superfamily-type complex (cellular component)
GO:0003712 - transcription coregulator activity (molecular function)
InterPro domainsIPR006939 - SNF5/SMARCB1/INI1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004147636.1 chromatin structure-remodeling complex protein BSH [Cucumis sativus]1.2e-12192.92Show/hide
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XP_008439008.1 PREDICTED: chromatin structure-remodeling complex protein BSH isoform X1 [Cucumis melo]9.9e-12192.08Show/hide
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XP_022138105.1 chromatin structure-remodeling complex protein BSH isoform X1 [Momordica charantia]2.3e-12292.92Show/hide
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XP_023538812.1 chromatin structure-remodeling complex protein BSH [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-11991.25Show/hide
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XP_038898737.1 chromatin structure-remodeling complex protein BSH [Benincasa hispida]5.8e-12192.08Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L868 Uncharacterized protein5.6e-12292.92Show/hide
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A0A1S3AXP6 chromatin structure-remodeling complex protein BSH isoform X14.8e-12192.08Show/hide
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A0A5A7UEL5 Chromatin structure-remodeling complex protein BSH isoform X14.8e-12192.08Show/hide
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A0A6J1C8H9 chromatin structure-remodeling complex protein BSH isoform X11.1e-12292.92Show/hide
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A0A6J1FBE7 chromatin structure-remodeling complex protein BSH1.5e-11990.83Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O42467 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 11.1e-1838.13Show/hide
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P93045 Chromatin structure-remodeling complex protein BSH5.5e-10678.33Show/hide
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Q5U379 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1-A3.9e-1939.13Show/hide
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Q6DFM1 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 13.0e-1938.85Show/hide
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Q6GQ82 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 13.9e-1939.13Show/hide
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        E LVPIRLD+EIDGQ+ +D+FTWN ++      +FA+    DL L P AF+  IA +I+ Q+  + +    +  + ++++ IKL++ V N  + DQF WD
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G17590.1 transcription regulatory protein SNF5, putative (BSH)3.9e-10778.33Show/hide
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        MK   S   K P KFR+PTAENLVPIRLDI+ +GQR+KD+FTWNPSDPD+EVV+FAKRTVKDLKLP AF+TQIAQSIQSQL++FR+ EGQDMYTGEKI+P
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          +SSVVRKRKD D+YEP+VDLL++EEVDALEA+EER AR
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AT3G17590.2 transcription regulatory protein SNF5, putative (BSH)5.6e-10678.1Show/hide
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        MK   S   K P KFRI  PTAENLVPIRLDI+ +GQR+KD+FTWNPSDPD+EVV+FAKRTVKDLKLP AF+TQIAQSIQSQL++FR+ EGQDMYTGEKI
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Query:  LFGHRSSVVRKRKDWDLYEPIVDLLSNEEVDALEAKEERTAR
        LF  +SSVVRKRKD D+YEP+VDLL++EEVDALEA+EER AR
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAAAGCTTCAGCCTCAGCTCACTCAAAAACCCCTTTCAAGTTCAGGATTCCCACGGCGGAGAATCTGGTGCCGATTCGTCTCGACATTGAAATCGACGGTCAGAGATT
CAAAGATTCTTTCACTTGGAACCCTTCTGATCCCGATTCAGAGGTGGTGGTCTTTGCAAAGAGGACGGTGAAAGATTTAAAGCTGCCCCCAGCATTCATAACACAAATTG
CACAATCCATCCAATCACAACTTACAGAATTTCGATCCCTTGAAGGTCAAGATATGTATACTGGTGAAAAGATTGTTCCGATCAAGCTTGATCTTCGAGTGAACAATACG
CTCATAAAGGATCAATTTCTGTGGGATTTGAACAACTACGAGAGTGACCCTGAAGAGCTCTCCAAGACATTATGCAAAGATTTGGGTATTGAAGACCCTGAAGTAGGACC
TGCGATTGCGTTTGCGATAAGAGAACAGCTTTATGAGATAGCTGTGCAGAATGTTGCTTCAGCAAGAGAAAGTAGAATGAGCAAGAAGGGCCGCCGGAGTTTCGAGCACT
TTTCAGCGAGTAAAATTGGAGGTGCTTCAGTGGACATGATGAAGTTATTTGGTCATAGATCAAGTGTTGTTCGGAAAAGGAAGGACTGGGACCTTTACGAACCAATTGTT
GATCTTCTATCCAACGAGGAAGTAGATGCCCTCGAAGCAAAAGAAGAGAGGACTGCTCGATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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