CuGenDBv2

Gene ID	Sed0019665
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Photosystem II CP47 reaction center protein
Genome location	Contig00297:28912..30439
RNA-Seq Expression	Sed0019665
Synteny	Sed0019665
Gene Ontology terms	GO:0009772 - photosynthetic electron transport in photosystem II (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0045156 - electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity (molecular function)
InterPro domains	IPR000932 - Photosystem antenna protein-like IPR017486 - Photosystem II CP47 reaction centre protein IPR036001 - Photosystem antenna protein-like superfamily

Homology

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A0A1P8LE33 Photosystem II CP47 reaction center protein

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A0A6H0ET92 Photosystem II CP47 reaction center protein

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A0A6H0EV92 Photosystem II CP47 reaction center protein

3.9e-306

99.6

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        PTTKRV
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SwissProt top hits

e value

%identity

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Q09WZ1 Photosystem II CP47 reaction center protein

3.7e-306

98.42

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        PTT+R
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Q2QD63 Photosystem II CP47 reaction center protein

8.3e-306

98.62

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        PTTKRV
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Q33C06 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.4e-305

98.22

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        PTTKR
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Q3C1K3 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.4e-305

98.22

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        PTTKR
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Q7FNS4 Photosystem II CP47 reaction center protein

1.4e-305

98.22

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        PTTKR
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00280.1 photosystem II reaction center protein C

4.8e-22

22.91

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        G  W+  +  ++N  G+LL  H+ H  L+  WAG+M L+E+A F P      PM+ QG+ ++P +  L       GW +  GG + +   +   GV   H
Subjt:  GLPWYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSI-TGGTITNPGIWSYEGVAGAH

Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER------TGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCF--GFGAFHVTGLY---GPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEG
        ++ S +     I+H +     +  +E         K    +  I GIHL L G+G F   F A +  G+Y    PG    D   +T    + +  +G   
Subjt:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDER------TGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCF--GFGAFHVTGLY---GPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEG

Query:  FDPFVPGG----------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPDELFGPTRYQWDQGY
          PF   G          I   H+  G++ I  G++H+  +P     + L + + E  LS S+AA+    F+    +W+ +   P E +GPT  +  Q  
Subjt:  FDPFVPGG----------IASHHIAAGTLGILAGLFHLSVRPPQRLYKGLRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGSATTPDELFGPTRYQWDQGY

Query:  FQQEIYR--RVSAGLAENKSFSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIV
            + R  R+ A +   +         P  L    Y+  +P    +F   +M   D +   WL     R   G +L                      +
Subjt:  FQQEIYR--RVSAGLAENKSFSEAWSKIPEKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGSMDNGDGIAVGWLGHPVFRDKEGRELFVRRMPTFFETFPVVLVDGDGIV

Query:  RADV-PFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYSDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFR
        + D+ P++   S                              +Y   A LG +  +     + + V   SPR W +  H       F GH+WH  R   R
Subjt:  RADV-PFRRAESKYSVEQVGVTVEFYGGELNGVSYSDPATVKKYARRAQLGEIFELDRATLKSDGVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFR

Query:  DVFAGIDPDLDAQVE
           AG +  +D   E
Subjt:  DVFAGIDPDLDAQVE

ATCG00680.1 photosystem II reaction center protein B

4.2e-305

97.62

Show/hide

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        MGLPWYRVHTVVLNDPGRLL+VHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGW+ITGGTITNPG+WSYEGVAGAH
Subjt:  MGLPWYRVHTVVLNDPGRLLSVHIMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLDPMWRQGMFVIPFMTRLGITNSWGGWSITGGTITNPGIWSYEGVAGAH

Query:  IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSGLGCFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTGRVQAVNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
        IVFSGLCFLAAIWHWVYWDLEIFCDERTGKPSLDLPKIFGIHLFLSG+ CFGFGAFHVTGLYGPGIWVSDPYGLTG+VQ VNPAWGVEGFDPFVPGGIAS
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        PTTKR
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Sequences

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CDS sequence

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mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

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Protein sequence

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GVFRSSPRGWFTFGHASFALLFFFGHIWHGARTLFRDVFAGIDPDLDAQVEFGAFQKLGDPTTKRV

Sed0019665 (gene) of Chayote v1 genome