; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0021213 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0021213
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionMADS-box transcription factor 6
Genome locationLG04:35885375..35889965
RNA-Seq ExpressionSed0021213
SyntenySed0021213
Gene Ontology termsGO:0009908 - flower development (biological process)
GO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR002487 - Transcription factor, K-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ABE03878.1 AGAMOUS LIKE6-like protein [Momordica charantia]1.3e-11286.23Show/hide
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XP_022146242.1 agamous-like MADS-box protein AGL6 [Momordica charantia]5.9e-11386.64Show/hide
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XP_038877325.1 agamous-like MADS-box protein MADS3 isoform X1 [Benincasa hispida]5.5e-11184.15Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KCU5 Uncharacterized protein5.2e-10781.38Show/hide
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A0A1S3CBY8 agamous-like MADS-box protein AGL64.0e-10781.53Show/hide
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A0A6J1CZ22 agamous-like MADS-box protein AGL62.9e-11386.64Show/hide
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A0A6J1KE81 MADS-box transcription factor 61.4e-10486.9Show/hide
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Q1KTF3 AGAMOUS LIKE6-like protein6.4e-11386.23Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P29386 Agamous-like MADS-box protein AGL61.9e-7761.51Show/hide
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        ESL RT R+LLGEDLG + VKELQ LE+QLE AL   RQRKTQ+M+E+++ LR+KE QL D+N++LK+K E EG   K  Q  W++SAA+V    + + F
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        P+  S  + ++C  EP LQIG+Q   Y   EG SV KS +A ETNF+QGWV+
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Q38837 Agamous-like MADS-box protein AGL131.9e-5853.66Show/hide
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        SL RT R+L+GEDL  +S+KELQ LE+QLE AL+  R++KTQ+M+EQ++ LRRKE +L D+N   KLKLE E  + K  Q    +          F L  
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Query:  SQTSPI-ECQHEPVLQIGYQNYFSE-EGPSVQKSMA---CETNFIQ
        +  + I +C     LQIG+Q ++ + EG SV KS A    ETNF+Q
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Q6EU39 MADS-box transcription factor 64.9e-7864.68Show/hide
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        E+L RTQRHLLGEDLGPLSVKELQ LEKQLE AL+QARQRKTQ+M+EQV+ LRRKE QL ++NR+LK KLE EG   N +A+Q    +  A VE+G  + 
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Query:  LHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQNYF-SEEGPSVQKSMA---CETNFIQGWVI
             ++ ++   EP LQIGY + F   E  ++Q+S A    E NF+ GWV+
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Q7XUN2 MADS-box transcription factor 171.4e-6959.52Show/hide
Query:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEFGSAGTTKTLERYQRCCFSSQHNYTE---PETQNWFQEISKLKA
        MGRG+VELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELS+LCDAEVALI+FSSRGKL+EFGSAG  KTLE+Y  CC+++Q + +     E Q+W+QE+S+LK 
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Query:  KYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQN---LKAIQSFWSSSAAAVEHGN
        K E L R+QRH+LGEDLGPLS+KELQ LEKQLE +L+QARQRKTQIM+EQVD LRRKE QL +LN++LK KLEAE  +     AIQ  W      V  G 
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Query:  PFPLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEEGPSVQKSMA---CETNFIQGW
             L+   P +   EP LQIGY  +   E  + + +        NF+ GW
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Q8LLR1 Agamous-like MADS-box protein MADS31.2e-10076.73Show/hide
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Query:  SLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAVEHGNPFPLHL
        SL RTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLE ALAQARQRKTQ+M+EQ++ LRRKE QL DLN++LKLKLEAEGQ+LKAIQ  W+ S A   + + FP+H 
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Query:  SQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEEGPSVQKSMACETNFIQGWVI
        SQ++P++C+ EP+LQIGY +Y   EGPSV KSMA E+NFIQGWV+
Subjt:  SQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEEGPSVQKSMACETNFIQGWVI

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24260.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein4.8e-5248.29Show/hide
Query:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEF-GSAGTTKTLERYQRCCFSSQHNYTEPETQ----------NWF
        MGRG+VELKRIENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELS+LCDAEVALI+FS+RGKL+EF  S+   +TLERYQ+C      NY  PE            +  
Subjt:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEF-GSAGTTKTLERYQRCCFSSQHNYTEPETQ----------NWF

Query:  QEISKLKAKYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEG--------QNLKAIQS
        QE  KLK +Y++L RTQR+LLGEDLGPLS KEL++LE+QL+ +L Q R  +TQ M++Q++ L+ KE  L + N+ L+L+L A+G         N + +  
Subjt:  QEISKLKAKYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEG--------QNLKAIQS

Query:  FWSSSAAAVEHGNPFPLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEEGPSVQKSMACETNFIQGWV
        +        +H   F        P+EC  EP+LQIGYQ    ++G     S+    N++ GW+
Subjt:  FWSSSAAAVEHGNPFPLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEEGPSVQKSMACETNFIQGWV

AT2G45650.1 AGAMOUS-like 61.3e-7861.51Show/hide
Query:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEFGSAGTTKTLERYQRCC-FSSQHNYTEPETQNWFQEISKLKAKY
        MGRG+VE+KRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELS+LCDAEVALI+FSSRGKL+EFGS G   T+ERY RC   S  +N  E  TQ+W QE++KLK+KY
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Query:  ESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAV---EHGNPF
        ESL RT R+LLGEDLG + VKELQ LE+QLE AL   RQRKTQ+M+E+++ LR+KE QL D+N++LK+K E EG   K  Q  W++SAA+V    + + F
Subjt:  ESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAV---EHGNPF

Query:  PLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQN--YFSEEGPSVQKS-MACETNFIQGWVI
        P+  S  + ++C  EP LQIG+Q   Y   EG SV KS +A ETNF+QGWV+
Subjt:  PLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQN--YFSEEGPSVQKS-MACETNFIQGWVI

AT3G02310.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein9.6e-5350.4Show/hide
Query:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEF-GSAGTTKTLERYQRCCFSS--QHNYTEPETQNWFQEISKLKA
        MGRG+VELKRIENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELS+LCDAEV+LIVFS+RGKL+EF  ++   KTLERYQ+C + S   +N    E +N ++E  KLK 
Subjt:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEF-GSAGTTKTLERYQRCCFSS--QHNYTEPETQNWFQEISKLKA

Query:  KYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLE-AEGQNLKAIQSFW-SSSAAAVEHGNP
        +YE+L R QR+LLGEDLGPL+ KEL+ LE+QL+ +L Q R  KTQ M++Q+  L+ KE  L D NR L +KLE   G     I   W       + +G+P
Subjt:  KYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLE-AEGQNLKAIQSFW-SSSAAAVEHGNP

Query:  FPLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEE--GPSVQKSMACETNFIQGWVI
                  +EC  +P LQIGY +    E    +VQ        +I GW++
Subjt:  FPLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQNYFSEE--GPSVQKSMACETNFIQGWVI

AT3G61120.1 AGAMOUS-like 131.4e-5953.66Show/hide
Query:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEFGSAGTTKTLERYQRCCFSSQHNYTEPETQNWFQEISKLKAKYE
        MGRGKVE+KRIENKI RQVTFSKR++GLLKKAYELS+LCDAEV+LI+FS+ GKL+EF + G  +T+ERY RC  +   N T  +TQ   QE++KLK KYE
Subjt:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEFGSAGTTKTLERYQRCCFSSQHNYTEPETQNWFQEISKLKAKYE

Query:  SLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAVEHGNPFPLHL
        SL RT R+L+GEDL  +S+KELQ LE+QLE AL+  R++KTQ+M+EQ++ LRRKE +L D+N   KLKLE E  + K  Q    +          F L  
Subjt:  SLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAVEHGNPFPLHL

Query:  SQTSPI-ECQHEPVLQIGYQNYFSE-EGPSVQKSMA---CETNFIQ
        +  + I +C     LQIG+Q ++ + EG SV KS A    ETNF+Q
Subjt:  SQTSPI-ECQHEPVLQIGYQNYFSE-EGPSVQKSMA---CETNFIQ

AT5G15800.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein6.6e-5449.42Show/hide
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        MGRG+VELKRIENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELS+LCDAEVALI+FS+RGKL+EF  S+   KTL+RYQ+C + S   +N    E +N ++E  KLK 
Subjt:  MGRGKVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSILCDAEVALIVFSSRGKLFEF-GSAGTTKTLERYQRCCFSS--QHNYTEPETQNWFQEISKLKA

Query:  KYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAVEHGN---
        +YE+L R QR+LLGEDLGPL+ KEL+ LE+QL+ +L Q R  KTQ M++Q+  L+ KE  L + NR L +KL+    ++  ++S         E G    
Subjt:  KYESLCRTQRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAVEHGN---

Query:  PFPLHLSQT----SPIECQHEPVLQIGYQN-YFSEEGPSVQKSMACETN-FIQGWVI
         +  H +Q+     P+EC   P LQ+GY N   SE+  +  ++ A + N +I GW++
Subjt:  PFPLHLSQT----SPIECQHEPVLQIGYQN-YFSEEGPSVQKSMACETN-FIQGWVI


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGAAGAGGAAAAGTTGAACTCAAGCGAATAGAGAACAAAATTAATCGACAAGTTACTTTCTCGAAACGCCGAAATGGCCTCCTCAAAAAAGCTTACGAACTCTCCAT
TCTTTGCGATGCTGAGGTCGCTCTCATCGTCTTCTCCAGCCGAGGCAAGCTCTTTGAATTCGGAAGCGCAGGTACAACCAAAACATTGGAGCGGTACCAACGTTGTTGCT
TCTCTTCTCAACACAATTATACTGAACCAGAAACCCAGAATTGGTTCCAGGAAATCTCAAAATTGAAAGCTAAATATGAATCTCTTTGTCGGACTCAGAGGCATTTGCTT
GGTGAAGATCTTGGACCATTGAGTGTAAAGGAGCTTCAAAATCTTGAAAAACAACTTGAAATAGCCCTTGCTCAAGCTAGACAAAGGAAGACTCAGATCATGGTTGAGCA
GGTGGATTATCTACGCAGGAAGGAGTGCCAACTTGAGGATCTCAACAGAGAGCTTAAGCTCAAGCTTGAGGCAGAGGGACAAAATCTTAAGGCCATCCAAAGTTTTTGGA
GCTCTAGCGCTGCTGCTGTTGAACATGGCAACCCCTTCCCATTGCATCTTTCACAAACTAGCCCTATCGAATGCCAACACGAACCCGTCTTACAAATCGGGTACCAAAAT
TATTTCTCAGAAGAGGGGCCATCTGTCCAAAAGAGCATGGCATGTGAGACAAACTTCATACAAGGATGGGTCATTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GEDLGPLSVKELQNLEKQLEIALAQARQRKTQIMVEQVDYLRRKECQLEDLNRELKLKLEAEGQNLKAIQSFWSSSAAAVEHGNPFPLHLSQTSPIECQHEPVLQIGYQN
YFSEEGPSVQKSMACETNFIQGWVI