CuGenDBv2

Gene ID	Sed0021334
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein-like protein
Genome location	LG03:4074198..4075100
RNA-Seq Expression	Sed0021334
Synteny	Sed0021334
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6602714.1 hypothetical protein SDJN03_07947, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

3.7e-67

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KAG7033401.1 hypothetical protein SDJN02_07457, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]

2.9e-67

76.73

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XP_008441227.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103485423 [Cucumis melo]

1.3e-67

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XP_011649907.1 uncharacterized protein LOC105434677 [Cucumis sativus]

2.1e-70

78.5

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XP_038885392.1 uncharacterized protein LOC120075791 [Benincasa hispida]

7.8e-73

78.89

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        F DWRKS+R  QN QRDPFFDAF+ECSKEP+T AA  AE+WSGGG SNGKA++RSLSDRFGFLNLYSSCKRT  VSESIV  P TPRSSFDLLN R+GG
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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3B2H5 uncharacterized protein LOC103485423

6.2e-68

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A0A5D3C8I6 Trinucleotide repeat-containing gene 18 protein-like protein

6.2e-68

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A0A6J1DE38 uncharacterized protein LOC111020211

8.4e-65

78.95

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        MFQSSRRT SFSSS   SSSSSSRGSYYFPDDSPLS +ATPIRSFSG IPFSWEHLPGIPKK  SPARLR+DSA    SLLPLPPNS TPPS+KRF  F 
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        +WRKS+R   N QRDPFFDAF+ECSK+   +AAAE+WSGGG SN GKA+SRSLSDRFGFLNLYSSCKRT  VSESIV  P TPRSSFDLL
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A0A6J1GNZ5 uncharacterized protein LOC111456137

1.7e-65

75.37

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         GG
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A0A6J1JTM6 uncharacterized protein LOC111487739

2.6e-66

75.74

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        HDWRKS+R  QN QRDPFFDAF+ECSKEP+   A      AE+W+ G  SNGKAVSRSLSDRFGFLN YSSCKRT  VSESIV RP   RSSFDLLNHR+
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        GG
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SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G22680.1 unknown protein

8.4e-17

41.14

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        S SSSS  S  F  +SP    ATP+      IPFSWE LPG PK+ S  R     ++LLPLPP+ +           H      + N +P   RDPF  A
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Query:  FIECSKEPTTTAAAEIWSGGGRSNGKAVSRSLSDRFGFLNLYSSCKRTGVVSESIVNRPVTPRSSFDLLNHRTGG
         +ECSK  TT         GG S  K + +S S   G LNLYSSC+R   VSESIV  P +  +S+D L+  T G
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AT1G71970.1 unknown protein

2.8e-20

41.58

Show/hide

Query:  SSRRTRSFSS--SSSSSSSRGSYYFPDDSPLSAAATPIRSFSGNIPFSWEHLPGIPKKHS----PARLRRDSASLLPLPP--NSATPPSAKRFAAFHDWR
        SSRR+ S SS  SS SS S  S  FP DSPL++ ATP+R     +PFSWE LPG PK +S      R    S  LLPLPP  N + P + K+        
Subjt:  SSRRTRSFSS--SSSSSSSRGSYYFPDDSPLSAAATPIRSFSGNIPFSWEHLPGIPKKHS----PARLRRDSASLLPLPP--NSATPPSAKRFAAFHDWR

Query:  KSSRLNQNP--QRDPFFDAFIECSKEPTTTA-----------AAEIWSGGGRSNGKAVSR-SLSDRFGFLNLYSSCKRTGVVSESIVNRP
         SS+ N  P   +DPF  A +ECSK+  T +               + G    + K +S+ S+ DRFG +NLY SC+RT  V+ESIV  P
Subjt:  KSSRLNQNP--QRDPFFDAFIECSKEPTTTA-----------AAEIWSGGGRSNGKAVSR-SLSDRFGFLNLYSSCKRTGVVSESIVNRP

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGTTTCAATCTTCACGCCGAACTCGTTCTTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCATCCTCCTCTCGCGGTTCCTACTATTTCCCCGATGACTCTCCGCTCTCTGCCGCCGCCAC
TCCGATCCGCTCCTTCTCCGGCAACATTCCCTTTTCCTGGGAGCATTTGCCCGGAATCCCCAAAAAACACTCTCCGGCGAGGCTCCGCCGCGACTCCGCCTCTCTCCTCC
CCCTGCCTCCCAACTCCGCCACTCCGCCCTCCGCCAAGCGCTTCGCCGCATTTCACGATTGGAGGAAATCCAGCCGCCTAAATCAAAATCCGCAGCGAGATCCGTTCTTC
GACGCCTTCATCGAGTGCTCTAAAGAACCTACCACCACCGCCGCCGCCGAGATCTGGAGCGGCGGCGGACGCAGTAACGGCAAGGCGGTCTCGAGAAGCTTGAGCGACCG
ATTCGGTTTCCTGAATCTGTACTCTTCTTGCAAACGAACCGGCGTCGTTTCGGAATCCATCGTGAATCGCCCGGTCACGCCGAGGAGTTCGTTCGATCTGCTAAACCACC
GCACCGGCGGCTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

TAGAAACTTGAAGGCTGTGCAAAAGGCCATTCTGAAGAAGAGAATGTGAAAAAGCATTAGAGAAGAAATAGAGAGGCAATATGTTTCAATCTTCACGCCGAACTCGTTCT
TTCTCTTCTTCTTCTTCTTCATCCTCCTCTCGCGGTTCCTACTATTTCCCCGATGACTCTCCGCTCTCTGCCGCCGCCACTCCGATCCGCTCCTTCTCCGGCAACATTCC
CTTTTCCTGGGAGCATTTGCCCGGAATCCCCAAAAAACACTCTCCGGCGAGGCTCCGCCGCGACTCCGCCTCTCTCCTCCCCCTGCCTCCCAACTCCGCCACTCCGCCCT
CCGCCAAGCGCTTCGCCGCATTTCACGATTGGAGGAAATCCAGCCGCCTAAATCAAAATCCGCAGCGAGATCCGTTCTTCGACGCCTTCATCGAGTGCTCTAAAGAACCT
ACCACCACCGCCGCCGCCGAGATCTGGAGCGGCGGCGGACGCAGTAACGGCAAGGCGGTCTCGAGAAGCTTGAGCGACCGATTCGGTTTCCTGAATCTGTACTCTTCTTG
CAAACGAACCGGCGTCGTTTCGGAATCCATCGTGAATCGCCCGGTCACGCCGAGGAGTTCGTTCGATCTGCTAAACCACCGCACCGGCGGCTGAATCGCCGCCGCCGCCG
CTAAAAGTTAAGTGGCTGATTTGATTATTTGTTTGTTTGTTTAGTTTTGTAATTGATCTTTGAGTTTTTGTTGTGACTAATTTTCATGTGAGGCTGTTTGGGAAAAATAT
TATGAACATGAAATGAAATGAATGGGGTGGGGATATTGTTGTGCGCTGGAATTTGTTTGTAAATTACGTGAAATTTGAAGTTGAAATTAGTCTCTGTGTGTATTATTCTC
TCTATGATTGTTCTGTGCTGTGC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MFQSSRRTRSFSSSSSSSSSRGSYYFPDDSPLSAAATPIRSFSGNIPFSWEHLPGIPKKHSPARLRRDSASLLPLPPNSATPPSAKRFAAFHDWRKSSRLNQNPQRDPFF
DAFIECSKEPTTTAAAEIWSGGGRSNGKAVSRSLSDRFGFLNLYSSCKRTGVVSESIVNRPVTPRSSFDLLNHRTGG

Sed0021334 (gene) of Chayote v1 genome