; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0021948 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0021948
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionProtein TIC 20
Genome locationLG01:8161290..8165387
RNA-Seq ExpressionSed0021948
SyntenySed0021948
Gene Ontology termsGO:0009706 - chloroplast inner membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008459737.1 PREDICTED: protein TIC 20-I, chloroplastic-like [Cucumis melo]1.5e-13081.72Show/hide
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XP_022151560.1 protein TIC 20-I, chloroplastic isoform X1 [Momordica charantia]3.8e-13788.1Show/hide
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XP_022151562.1 protein TIC 20-I, chloroplastic isoform X2 [Momordica charantia]1.5e-13888.43Show/hide
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XP_023006630.1 protein TIC 20-I, chloroplastic-like [Cucurbita maxima]9.0e-13184.39Show/hide
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XP_038875339.1 protein TIC 20-I, chloroplastic [Benincasa hispida]1.7e-13788.48Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CAY7 Protein TIC 207.4e-13181.72Show/hide
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A0A5A7TDM5 Protein TIC 207.4e-13181.72Show/hide
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A0A6J1DBI9 Protein TIC 201.8e-13788.1Show/hide
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A0A6J1DDV0 Protein TIC 207.4e-13988.43Show/hide
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A0A6J1KYA1 Protein TIC 204.4e-13184.39Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P73387 Tic20 family protein1.6e-0527.27Show/hide
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        R  + L Y++PL + +M+G       P L+       P L+     P +     F V ++ +VR     HF RF+ +  +L+ I L + G +  ++   V
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Query:  YWGKFGMHFWTAVAFAYLFT-VLEC----IRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPY
            FG    T   + + F   L C    I  ++ G YA+IP + DAAY Q+ +
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Q8GZ79 Protein TIC 20-I, chloroplastic6.7e-10571.53Show/hide
Query:  ILNGCTTPTGCFFSNSRLCIPS--RSATSRTPDYSIRAA--GIRSSW--EPRLANRTCFYRGLLPLN-LRAASSPLLSGDLGGLLHTIPRLPNQRKIGTT
        ++ G +TP+     +SR    S  R+A  +T  Y  R++   +++SW   P   N        +PL+ L A+SS LL+G+ G L  T+P LP +RK   T
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        PRA+KDVP+SFRFPPMT KP+WWWRTLACLPYLMPLHETWMY ETAYHLHPFLEDFEF TYPFL AIG LPSWFLMAYFFVAYLGIVRRKEWPHFFRFHV
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Query:  VMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
        VMGMLLEIALQVIGTVS+WMPL VYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLE IRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
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Q9ZQZ9 Protein TIC 20-IV, chloroplastic2.2e-3944.74Show/hide
Query:  GLLHTIPRLPNQRKIGTTPRAAKDVPTSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPLHETWMYGETAYHLHPFLEDFEF---CTYPFLEAIGSLPSWFLMAYF
        GL    P L   R+     R AKD     + P +  +P+WWWRTLAC+PYL+ L       +  +++ PFLE  +      Y    AI   P+WF M Y 
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Query:  FVAYLGIVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALAGMYADIPFVCDAAYI
        ++ Y+ +V+ KE PH+ RFH++MGMLLE ALQVI   S + PL  + G+FGM++W A+ F Y+  +LECIRCALAG+YA IPF+ DAA I
Subjt:  FVAYLGIVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALAGMYADIPFVCDAAYI

Q9ZST8 Protein TIC 20, chloroplastic1.0e-8459.56Show/hide
Query:  MILNGCTTPTGCFFSNSRLC----IPSRSATSRTPDYSIRAAGIRSSWEPRLANRTCFYRGLLPLNLRAASSPLLSGDLGGLLHTIPRLPNQRKIGTTPR
        MI NG T   G     S LC    IP++ A S           IRS W   L N+    RG+   ++ A SS LLSG    L  TIP LP   K  TTPR
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Query:  AAKDVPTSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPLHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFCTYPFLEAIGSLPSWFLMAYFFVAYLGIVRRKEWPHFFRFHVVM
        A KD  + FRFPPMT KP+WWWRTL+C+PYL+P H+ WMY  TAYHLHPF+  F+  TYPFL AIG+LP W L+AYF +AYL IVRRKEWPHFFRFHV +
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Query:  GMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
        GML+EIALQV G VSRWMP + YWGK GMHFWT   F +LFT +ECIRCAL GMYAD+PFVCDAAYIQIP++
Subjt:  GMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G04940.1 translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 204.8e-10671.53Show/hide
Query:  ILNGCTTPTGCFFSNSRLCIPS--RSATSRTPDYSIRAA--GIRSSW--EPRLANRTCFYRGLLPLN-LRAASSPLLSGDLGGLLHTIPRLPNQRKIGTT
        ++ G +TP+     +SR    S  R+A  +T  Y  R++   +++SW   P   N        +PL+ L A+SS LL+G+ G L  T+P LP +RK   T
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Query:  PRAAKDVPTSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPLHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFCTYPFLEAIGSLPSWFLMAYFFVAYLGIVRRKEWPHFFRFHV
        PRA+KDVP+SFRFPPMT KP+WWWRTLACLPYLMPLHETWMY ETAYHLHPFLEDFEF TYPFL AIG LPSWFLMAYFFVAYLGIVRRKEWPHFFRFHV
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        VMGMLLEIALQVIGTVS+WMPL VYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLE IRCALAGMYADIPFVCDAAYIQIPYD
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AT1G04945.3 HIT-type Zinc finger family protein3.6e-9369.29Show/hide
Query:  ILNGCTTPTGCFFSNSRLCIPS--RSATSRTPDYSIRAA--GIRSSW--EPRLANRTCFYRGLLPLN-LRAASSPLLSGDLGGLLHTIPRLPNQRKIGTT
        ++ G +TP+     +SR    S  R+A  +T  Y  R++   +++SW   P   N        +PL+ L A+SS LL+G+ G L  T+P LP +RK   T
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Query:  PRAAKDVPTSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPLHETWMYGETAYHLHPFLEDFEFCTYPFLEAIGSLPSWFLMAYFFVAYLGIVRRKEWPHFFRFHV
        PRA+KDVP+SFRFPPMT KP+WWWRTLACLPYLMPLHETWMY ETAYHLHPFLEDFEF TYPFL AIG LPSWFLMAYFFVAYLGIVRRKEWPHFFRFHV
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Query:  VMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALA
        VMGMLLEIALQVIGTVS+WMPL VYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLE IRCALA
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AT4G03320.1 translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 20-IV1.6e-4044.74Show/hide
Query:  GLLHTIPRLPNQRKIGTTPRAAKDVPTSFRFPPMTTKPKWWWRTLACLPYLMPLHETWMYGETAYHLHPFLEDFEF---CTYPFLEAIGSLPSWFLMAYF
        GL    P L   R+     R AKD     + P +  +P+WWWRTLAC+PYL+ L       +  +++ PFLE  +      Y    AI   P+WF M Y 
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Query:  FVAYLGIVRRKEWPHFFRFHVVMGMLLEIALQVIGTVSRWMPLAVYWGKFGMHFWTAVAFAYLFTVLECIRCALAGMYADIPFVCDAAYI
        ++ Y+ +V+ KE PH+ RFH++MGMLLE ALQVI   S + PL  + G+FGM++W A+ F Y+  +LECIRCALAG+YA IPF+ DAA I
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AGCTGGAATTAGGAGTTCATGGGAACCTCGTTTAGCGAATCGGACATGTTTTTATAGAGGTCTCTTACCCTTAAACCTACGAGCTGCATCTTCACCTCTCTTAAGCGGGG
ATCTAGGTGGCTTGCTACATACAATCCCAAGGTTACCAAATCAAAGAAAAATAGGCACGACACCACGAGCAGCAAAAGATGTTCCTACAAGCTTTCGTTTCCCTCCAATG
ACAACCAAACCGAAATGGTGGTGGAGGACACTAGCATGCCTACCCTATCTAATGCCCCTTCATGAAACGTGGATGTACGGGGAAACCGCATACCATCTACACCCATTTCT
GGAAGACTTCGAATTCTGCACTTATCCCTTTCTTGAAGCCATTGGGAGTCTACCAAGTTGGTTCTTGATGGCGTATTTCTTCGTAGCCTATCTAGGAATTGTAAGAAGGA
AGGAATGGCCACACTTCTTTAGATTTCACGTAGTCATGGGCATGTTGTTGGAGATTGCCCTGCAAGTTATTGGCACAGTGAGTCGTTGGATGCCCCTTGCAGTCTATTGG
GGTAAATTTGGGATGCACTTTTGGACCGCCGTGGCGTTTGCTTACCTGTTCACGGTCTTGGAATGCATACGCTGTGCTCTTGCAGGCATGTATGCTGATATCCCCTTTGT
CTGTGATGCAGCCTACATCCAAATTCCATATGATTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTTAAAAAAAGAAAATCCGTGTAGAAGCTGCCTCTCTCCTCTATCCTGCCGGCCGCGCAGCACAAGTTCGCAGATTTCACAACTGCCTTCGATGTTTATGTTGGTGTGC
ATCAGATTCAGGTAGCCTAGATATGATTCTCAATGGATGCACCACACCCACTGGGTGCTTCTTCTCAAATTCCAGGTTATGTATTCCTAGCCGCTCTGCCACTTCACGTA
CCCCTGATTATAGTATTCGAGCAGCTGGAATTAGGAGTTCATGGGAACCTCGTTTAGCGAATCGGACATGTTTTTATAGAGGTCTCTTACCCTTAAACCTACGAGCTGCA
TCTTCACCTCTCTTAAGCGGGGATCTAGGTGGCTTGCTACATACAATCCCAAGGTTACCAAATCAAAGAAAAATAGGCACGACACCACGAGCAGCAAAAGATGTTCCTAC
AAGCTTTCGTTTCCCTCCAATGACAACCAAACCGAAATGGTGGTGGAGGACACTAGCATGCCTACCCTATCTAATGCCCCTTCATGAAACGTGGATGTACGGGGAAACCG
CATACCATCTACACCCATTTCTGGAAGACTTCGAATTCTGCACTTATCCCTTTCTTGAAGCCATTGGGAGTCTACCAAGTTGGTTCTTGATGGCGTATTTCTTCGTAGCC
TATCTAGGAATTGTAAGAAGGAAGGAATGGCCACACTTCTTTAGATTTCACGTAGTCATGGGCATGTTGTTGGAGATTGCCCTGCAAGTTATTGGCACAGTGAGTCGTTG
GATGCCCCTTGCAGTCTATTGGGGTAAATTTGGGATGCACTTTTGGACCGCCGTGGCGTTTGCTTACCTGTTCACGGTCTTGGAATGCATACGCTGTGCTCTTGCAGGCA
TGTATGCTGATATCCCCTTTGTCTGTGATGCAGCCTACATCCAAATTCCATATGATTAAGAACTTGGTGCAAGGAGAATGCGAAAGTAGACATAAATTGAACAATCTGTA
TGGAAGAGCAGAGCTTGTGGTGGAAGTAAAGAAGGAAACTTGTGCCCACTACCTTCTGAGGGTATGTATGTTCACTTTAACTATAAACTTCTCTGCTTTCTCTGTGCGCC
TTGACTCATAATTTTCTCAAAACCATTTTAATCTTGGAAAGCAATCAACTTTAGCAGGCCTTTGTTTATTCTAAACCGAATGTAAGAACTGTTCTGGTTTATTTCTCCAT
TTTTTTCTCGTTGCCTGTGCTGGTTTCGATTGTTTTTACATTGTTGAATTCTTTGGTTTTTTTCTTTATCTAGTTTAATTTTCAAATCTGTTAAAAGTATTGCTATTCAA
TGTTCACATCATATAGCTGATTTGATATCCAATTGATTATGTAGTGTGAAGACAAAAAATTTCCAATTATTGAAATTGGCTGTGCTAGAACGTCCTTGGATATCTGAAAG
AAACTCAAAGATGGTGATGGGATTGGTCTGAGTTGTGATTATAAATTAAATTGGTTTGGCCTCTTCATCTCAAAATCAATCGAATCATTTGATTTTTTTTGGAGTAATCC
ATTGAATTTGATTAGTTTTATTAATTAAATGGATTTGAACCTACCATATTTGCAAAATGCTATACCGAAACTACTGTATACTTGATGTTTTGTGGGGAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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