; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0023399 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0023399
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationLG03:19608681..19611159
RNA-Seq ExpressionSed0023399
SyntenySed0023399
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
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GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.4e-7487.75Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.9e-7387.62Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.4e-7287.13Show/hide
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A0A6J1DU94 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.3e-7688.67Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit3.6e-7487.75Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit3.6e-7487.75Show/hide
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A0A6J1IKQ7 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.8e-7386.63Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 11.4e-3863.05Show/hide
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Q6AYA1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 19.0e-3857.67Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 19.2e-5976.67Show/hide
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Q9CY66 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 12.6e-3757.69Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 22.1e-5073Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein6.6e-6076.67Show/hide
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         G FRGRGR+
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.5e-5173Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GCTCCAGGGGTGGCAGCCGTGGTGGCGGTGGTGGCTTTAGGGGTAGAGGGAGATATTAGAATAATCCATTATGTAATATCATCATGGTTTTGTCCATTTTTCATTTCAGA
AGAGTTTTCATGAGTCTCTTTTTGTACTACTGTACTTTGTCTGGAATTTAAACTTCGTTTGATTATGCTGCAACAACTTTTACCGACTAATGTAGCCTTACTTTGAAGCA
AGTCTATTTAACAGGATTGGTTTCTACTTCTATCAAAATGTATTGAGGTTTAAGTGTCTCGCCTTGGAGATTATAAAATTTTTCCTTTATAAATACAATGGTTTTGATTT
ACTTC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GIVATSYASGDKFYIDPAKLLPLARFLPQPKGSASRGGGRGGGRGGGRGGGFRGGRGGGGGFRGRGPPRGGSRGGSRGGGGGFRGRGRY