CuGenDBv2

Gene ID	Sed0024545
Organism	Sechium edule (Chayote v1)
Description	60S ribosomal protein L30-like
Genome location	LG01:31918819..31922091
RNA-Seq Expression	Sed0024545
Synteny	Sed0024545
Gene Ontology terms	GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0022625 - cytosolic large ribosomal subunit (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000231 - Ribosomal protein L30e IPR004038 - Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 IPR022991 - Ribosomal protein L30e, conserved site IPR029064 - 50S ribosomal protein L30e-like IPR039109 - Ribosomal protein L30/YlxQ

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6602049.1 60S ribosomal protein L30, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

2.4e-53

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_004140311.1 60S ribosomal protein L30 [Cucumis sativus]

6.3e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_008460497.1 PREDICTED: 60S ribosomal protein L30-like [Cucumis melo]

4.9e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_022141723.1 60S ribosomal protein L30-like [Momordica charantia]

1.4e-53

95.54

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MA  KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

XP_022952815.1 60S ribosomal protein L30-like [Cucurbita moschata]

2.4e-53

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLP +Q
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KQ98 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein

3.1e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A1S3CCQ4 60S ribosomal protein L30-like

2.3e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A5D3DSZ7 60S ribosomal protein L30-like

2.3e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A6J1FH91 60S ribosomal protein L30-like

2.3e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

A0A6J1JWW8 60S ribosomal protein L30-like

2.3e-54

94.64

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        MAP KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVLRTIR+SKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAK+GVHHYNGSNVDLGTACGKY+RVSCLSIIDPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O49884 60S ribosomal protein L30

1.2e-52

85.71

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKKTHESINNRLALV+KSGK+TLGYKTVL+++R+SKGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKY+RV CLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q8VZ19 60S ribosomal protein L30-2

1.5e-50

82.14

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALV+KSGK+TLGYK+VL+++R SKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKS+PGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9C8F7 Putative 60S ribosomal protein L30-1

3.4e-50

82.14

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALV+KSGK+TLGYK+VL+++R+SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYN +NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9LSA3 60S ribosomal protein L30-3

3.7e-49

80.36

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALV+KSGK+TLGYK+VL+++R+SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVH YNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Q9M5M6 60S ribosomal protein L30

6.8e-51

85.59

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKKTHESIN+RLALV+KSGKFTLGYKTVL ++R++KGKLII++NNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKYFRV CLSIID G
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGD
        DSDIIKS+PGD
Subjt:  DSDIIKSLPGD

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G36240.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

2.4e-51

82.14

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALV+KSGK+TLGYK+VL+++R+SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYN +NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKSLPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

AT1G77940.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

1.1e-51

82.14

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KKTKK+HE IN+RLALV+KSGK+TLGYK+VL+++R SKGKLI++S NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVHHYNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIKS+PGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

AT3G18740.1 Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein

2.7e-50

80.36

Show/hide

Query:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG
        M   KK KK+HE IN+RLALV+KSGK+TLGYK+VL+++R+SKGKLI++S+NCPPLR+SEIEYYAMLAKVGVH YNG+NVDLGTACGKYFRVSCLSI+DPG
Subjt:  MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPG

Query:  DSDIIKSLPGDQ
        DSDIIK+LPGDQ
Subjt:  DSDIIKSLPGDQ

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCCGACGAAGAAGACCAAGAAGACTCATGAGAGCATTAACAACAGGCTAGCCCTTGTGGTGAAGAGCGGCAAGTTCACGCTGGGCTATAAAACCGTCCTTCGCAC
CATCCGCAACTCCAAAGGAAAGCTTATTATTCTATCCAACAACTGCCCGCCTCTGCGTAAATCCGAAATCGAGTACTACGCAATGCTTGCTAAAGTTGGGGTTCACCATT
ACAATGGAAGTAACGTTGATCTTGGAACTGCTTGTGGCAAGTATTTCCGTGTCTCATGCCTCAGCATTATTGACCCAGGCGATTCTGATATTATCAAATCACTTCCCGGT
GATCAGTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GGAAAAAGTAGAGCCCATTATTAGAAAAGCCCAATTATACACGAACTGGGCCGAAGAAAAAGCCCGGTTCTAATGACCTAGCTCTAAAATGATAACCCTAACCCTAACAC
CCACTTCCGTCTTCTTCATTCCCGCTACCAGTGGAAAAGCTTCAGCACAAGGTAAGGTTTTTGCACACCCTTTGAGCAGCAACAATGGCGCCGACGAAGAAGACCAAGAA
GACTCATGAGAGCATTAACAACAGGCTAGCCCTTGTGGTGAAGAGCGGCAAGTTCACGCTGGGCTATAAAACCGTCCTTCGCACCATCCGCAACTCCAAAGGAAAGCTTA
TTATTCTATCCAACAACTGCCCGCCTCTGCGTAAATCCGAAATCGAGTACTACGCAATGCTTGCTAAAGTTGGGGTTCACCATTACAATGGAAGTAACGTTGATCTTGGA
ACTGCTTGTGGCAAGTATTTCCGTGTCTCATGCCTCAGCATTATTGACCCAGGCGATTCTGATATTATCAAATCACTTCCCGGTGATCAGTGATCATGCTCTGAAGATAG
CTGTCTTCATTGTGGTGTCTTTTGGCTTCGGCAAACGGTAGAATTGATTTTTTTTTTCAATGTCATGCAGTAAAAATTTTATGTTGATAAACCAGATTTTGTTGGAGACT
TTAAGGTTTTGTTTAGTTGAGATGGTCGAATGTTCAAAGTAGATTTATGTCTACTATTTTTTTATGCCCTAAAGAACTCTAAAATTTTCTTGCCTTCTTACATTAGCAAT
GCAATTCCGTTTTTAGTTACAGTTTTATTTTTAGTGCCTTAGAAGTGAACCCCATCTTTGGCGTTGGAACATGCCTTAGAATTTATGTAATGTACTTTCTCTTCAATTTT
GATTGTATTACTAGTGGTATTATTGAGGAAATGTAAGCTCGAGTATGATGATTAAAATCCTGGCTTTTTGCTCTGCAAATTTGCATATTTGAC

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAPTKKTKKTHESINNRLALVVKSGKFTLGYKTVLRTIRNSKGKLIILSNNCPPLRKSEIEYYAMLAKVGVHHYNGSNVDLGTACGKYFRVSCLSIIDPGDSDIIKSLPG
DQ

Sed0024545 (gene) of Chayote v1 genome