; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0025621 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0025621
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationLG14:6937337..6939349
RNA-Seq ExpressionSed0025621
SyntenySed0025621
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]9.5e-7184.5Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]8.6e-7285.71Show/hide
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XP_022156221.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Momordica charantia]1.2e-7384.42Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]1.2e-7084.5Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]7.3e-7185.71Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.2e-7285.71Show/hide
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A0A1S3B5D8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.2e-7285.71Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.2e-7285.71Show/hide
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A0A6J1DU94 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.8e-7484.42Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit6.0e-7184.5Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 18.5e-3860Show/hide
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         YFSIK+ E + A+S+    KFYIDPAKLLPL RFLP+P G+  P   G  G  RG   G RGR GG  G G  RGG  GG G GGGFRG
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR17.6e-3956.57Show/hide
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        TS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+P            K   AP GR     GFG  G SRG F G  G  GGF GRG  RGG  G GG  GGF GRG
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Q757V8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR13.2e-3755.33Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 16.7e-5974.76Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 24.2e-5372.68Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.7e-6074.76Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein3.0e-5472.68Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GGGTCCTCCATCTGAAGTAGTTGAGGTTTCAACTTTTCTTCATGCTTGCGAGGGAGATGCAGTGACGAAACTCACGAATGAGAAGATTCCTTTCTTTAATGCCCCTATCT
ATCTTAAAAATATGACCCAGATAGGTAAAGTTGACGAAATTTTTGGCCCCATTAACGAATCTTATTTCTCGATCAAAGTCATGGAAGGAATTGTTGCCACCTCGTATGCT
TCCGGGGATAAATTTTATATTGATCCAGCTAAACTGTTACCTCTCGCTAGATTCCTCCCGCAACCGAAGGGACAGTCTGCCCCTAGAGGTAGAGGCTTTGGTGGGAGTAG
CAGAGGTAGCTTCAGAGGTACCCGTGGGAGAAGTGGTGGCTTTCGTGGAAGGGGTGCCCCTAGAGGTGGTCCAAGAGGGGGCGGTGGCCGTGGTGGTGGCTTCAGGGGTA
GAGGAAGATACTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CAAAAATGAGTTGGTAAAGAAACCTCAATGGGAAAACGACAAACATAAAACCCTAAAACCCTAGTCGCGACTGGTGCAGTCAGCCTCCGATCAAAGAAACTCCATCGTTT
TTGCACAGCAAGAGCAGAAAATGCGACCTCCAAGAGGCGGCGGTGGCTTCAGGGGAGGCCGTGACGGCGGTAGAGGCGGCGGCGGCAGGGGTGGAGGCCGTTTTGGCGGT
CGCGGCGGGTTCCGCGATGAGGGTCCTCCATCTGAAGTAGTTGAGGTTTCAACTTTTCTTCATGCTTGCGAGGGAGATGCAGTGACGAAACTCACGAATGAGAAGATTCC
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AGAGGCTTTGGTGGGAGTAGCAGAGGTAGCTTCAGAGGTACCCGTGGGAGAAGTGGTGGCTTTCGTGGAAGGGGTGCCCCTAGAGGTGGTCCAAGAGGGGGCGGTGGCCG
TGGTGGTGGCTTCAGGGGTAGAGGAAGATACTAGATTAGCATTATGTAATATCATAGTTTTATCTAATTTTCATTTGCAACGTTGTTTTGAGAAGAGTTTGAAAGAGTTG
TCCTTTGTTTTTACTGTATTTTGCTTGGAATTGAACTTCTTCTCGGGAAATTTAATGCTGCTGCAAATTTTAATTTCTTACTGACAACTTTTAACTGAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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