; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0025629 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0025629
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionProtein Ycf2
Genome locationLG13:18532811..18533300
RNA-Seq ExpressionSed0025629
SyntenySed0025629
Gene Ontology termsGO:0009570 - chloroplast stroma (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0016887 - ATPase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR008543 - Uncharacterised protein family Ycf2


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
QIT04176.1 Ycf2 protein [Sechium edule]2.0e-44100Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

WP_131792709.1 Ycf2 [Candidatus Frankia datiscae]4.5e-4195.15Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDS DIDDS DID SGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

YP_009733686.1 hypothetical chloroplast RF21 [Begonia guangxiensis]4.5e-4195.15Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDS DIDDS DIDDS DIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

YP_009775177.1 hypothetical chloroplast RF21 [Begonia versicolor]4.5e-4195.15Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDS DIDDS DIDDS DIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

YP_009945458.1 Ycf2 [Sechium edule]9.7e-4494.44Show/hide
Query:  FSDRFSIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEID
        FS R ++  GRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEID
Subjt:  FSDRFSIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEID

Query:  RFYITLQF
        RFYITLQF
Subjt:  RFYITLQF

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6C0MDV7 Protein Ycf22.2e-4195.15Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDS DIDDS DIDDS DIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

A0A6H0EQH0 Protein Ycf29.5e-45100Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

A0A6H1XHY3 Protein Ycf22.2e-4195.15Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDS DIDDS DIDDS DIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

A0A7T1C674 Ycf24.9e-4191.74Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFL------IDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEI
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFL      IDDSDDIDDSGDIDDS DIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EI
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFL------IDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEI

Query:  DRFYITLQF
        DRFYITLQF
Subjt:  DRFYITLQF

E5KUD9 Protein Ycf22.9e-4195.15Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDS DIDDS DIDDS DIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0ZZ78 Protein Ycf21.6e-3688.35Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYL KYLATNSY+PFITVFLNKFLDNK KGFLIDD  DIDDS DID S DID S  IDDSD IDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

B1A978 Protein Ycf22.2e-3889.32Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGF IDD  DID S DID S DID S DIDDSDDIDR+LDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

Q0ZIV6 Protein Ycf23.7e-3889.32Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGFL DD  DIDDS DID S DID S DID SDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

Q2L949 Protein Ycf21.6e-3688.35Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYL KYLATNSY+PFITVFLNKFLDNK KGFLIDD  DIDDS DID S DID S  IDDSD IDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

Q9B1K6 Protein Ycf22.8e-3888.35Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLA NSY+PFI VFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDID   DIDDS DIDD  D +DSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
ATCG00860.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core1.1e-3479.61Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGF IDD              DIDDS DID S+DIDR+LDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF

ATCG01280.1 Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core1.1e-3479.61Show/hide
Query:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT
        SIGTGRSYLVKYLATNSY+PFITVFLNKFLDNKPKGF IDD              DIDDS DID S+DIDR+LDTELELLTMMNALTMDMM EIDRFYIT
Subjt:  SIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLDTELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYIT

Query:  LQF
        LQF
Subjt:  LQF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTCAATACATCCTCAGAAAGACGGACATTCCTTGCTCATTATCAGACAATCACTTATTCACAAACCTCGTGTGGGGCTAATAGGGTATTTTAGTGATAGGTTCTC
TATAGGAACTGGACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATCTTCCTTTCATTACAGTATTTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCTAAGGGTTTTC
TTATTGATGATAGTGACGATATTGATGATAGTGGCGATATTGATGATAGTGGCGATATTGATGATAGTGGCGATATTGATGATAGTGACGATATCGACCGTGACCTTGAT
ACGGAGCTGGAGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTCGGAAATAGACCGATTTTATATCACCCTTCAATTCAATTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGTTCAATACATCCTCAGAAAGACGGACATTCCTTGCTCATTATCAGACAATCACTTATTCACAAACCTCGTGTGGGGCTAATAGGGTATTTTAGTGATAGGTTCTC
TATAGGAACTGGACGATCCTATTTGGTCAAATACCTAGCGACAAACTCCTATCTTCCTTTCATTACAGTATTTCTGAACAAGTTCCTGGATAACAAGCCTAAGGGTTTTC
TTATTGATGATAGTGACGATATTGATGATAGTGGCGATATTGATGATAGTGGCGATATTGATGATAGTGGCGATATTGATGATAGTGACGATATCGACCGTGACCTTGAT
ACGGAGCTGGAGCTTCTAACTATGATGAATGCGCTAACTATGGATATGATGTCGGAAATAGACCGATTTTATATCACCCTTCAATTCAATTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSSIHPQKDGHSLLIIRQSLIHKPRVGLIGYFSDRFSIGTGRSYLVKYLATNSYLPFITVFLNKFLDNKPKGFLIDDSDDIDDSGDIDDSGDIDDSGDIDDSDDIDRDLD
TELELLTMMNALTMDMMSEIDRFYITLQFN