; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0026288 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0026288
OrganismSechium edule (Chayote v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationLG10:959200..960000
RNA-Seq ExpressionSed0026288
SyntenySed0026288
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6594489.1 hypothetical protein SDJN03_11042, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.3e-14194.36Show/hide
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A0A0A0KGD7 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.7e-14193.63Show/hide
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A0A1S3AZW8 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.2e-14193.61Show/hide
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A0A1S3C301 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.3e-14294.01Show/hide
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A0A5D3DVR3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.3e-14294.01Show/hide
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P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic8.4e-14090.67Show/hide
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P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic1.4e-13989.85Show/hide
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P12333 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.8e-14089.51Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic7.6e-14190.23Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic3.4e-14190.64Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 33.7e-13586.89Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGN SLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 23.7e-13586.89Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AG+A+ LSP +SE+  +GRV+MRKT  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE+PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGN SLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 19.8e-13687.27Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AG+A+KLSP +SE+  +GRV+MRKT  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE+PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGN SLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.3e-13286.14Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AG+A+K  P +S++  +GRV+MRKT  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGN SLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B17.0e-13487.27Show/hide
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        MAASTMALSSP+L G+A+KLSP +SE+   GR++MRK A KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNSSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGN SLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNSSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAW++ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCTTCAACCATGGCTCTTTCCTCCCCATCTTTGGCCGGCCAGGCCATCAAGCTTTCCCCCAACTCCTCTGAGCTTCAGAGCAATGGAAGGGTCAGCATGAGGAA
GACCGCCGGCAAGCCAGCTTCCTCCTCTGGCAGCCCATGGTACGGCCCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCTGGCGAGGCACCGTCCTACCTGACTGGAGAAT
TCCCCGGCGACTACGGTTGGGACACCGCTGGACTTTCAGCCGATCCCGAGACCTTTGCCAAGAACCGTGAGCTTGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCC
TTGGGCTGTGTCTTCCCCGAGCTGTTGTCCCGCAATGGCGTGAAGTTTGGTGAGGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGCTCTCAGATCTTCAGCGAGGGAGGACTTGACTATTT
GGGCAACTCGAGCTTGGTTCATGCTCAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAGGTTGTGCTCATGGGTGCCGTCGAGGGCTACCGTATTGCTGGCGGTCCGCTCGGGG
AGATCACCGACCCAATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCTTTTGCTGAGCTGAAGGTGAAGGAGCTAAAGAATGGAAGGCTG
GCCATGTTCTCCATGTTTGGGTTCTTTGTTCAAGCTATTGTTACTGGAAAGGGTCCTTTGGAGAACTTGGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGTC
CTATGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTGCTTCAACCATGGCTCTTTCCTCCCCATCTTTGGCCGGCCAGGCCATCAAGCTTTCCCCCAACTCCTCTGAGCTTCAGAGCAATGGAAGGGTCAGCATGAGGAA
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CTATGCCACCAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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LGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNSSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRL
AMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWSYATNFVPGK