; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Sed0027740 (gene) of Chayote v1 genome

Gene IDSed0027740
OrganismSechium edule (Chayote v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationLG11:907040..910011
RNA-Seq ExpressionSed0027740
SyntenySed0027740
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.6e-17083.48Show/hide
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KAG7030401.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.6e-17083.48Show/hide
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XP_022946029.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita moschata]9.6e-17083.77Show/hide
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XP_022999273.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita maxima]2.9e-16682.61Show/hide
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A0A0A0LKX6 Uncharacterized protein2.3e-16179.83Show/hide
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A0A1S3C7N3 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.0e-16481.56Show/hide
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A0A5A7V7E5 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.0e-16481.56Show/hide
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A0A6J1G2M8 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like4.6e-17083.77Show/hide
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A0A6J1KJ53 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.4e-16682.61Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 281.7e-2328.89Show/hide
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               + G+V      V P  V+ + TSS  T  P    ++        KWKG  KI+R+Y DW+DD+
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 311.6e-1033.62Show/hide
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        K+K C KF+    CP+GE C+F H  P  ++        +  +++G    P           P RA  +       + GN+ P S  KT++CTK+     
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        C FG+KCHFAHG+ EL
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 562.2e-4434.27Show/hide
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        PPP  ++          N   ++ I  +FFKT++C KF+ G C     CNFAHG+E++R+PPPNWQEIV   E+    +   ++ +I             
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Query:  FWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLGREGEVSNTAFNVQPQ----VVAMEATSSLATSVPT-------------------TALSEGQAKP
         WKT++C KWE+TG+CPFG KCHFAHG +EL  Y G   ++ +      P     VV+ +A +  A +  T                        GQ + 
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Query:  CLLKWKGLKKINRIYADWLDD
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Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 121.0e-4434.17Show/hide
Query:  WSQFPGNDLFDTQSQFERREPPFKRARNSEENQSPPYPPPNSRAHPQNAPVN--KGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPNWQEI
        W+  P N   D         PP K+ R S         P +S A   +A  N  K I  +FFKT++C KF+ G C     CNFAH VE++R+PPPNWQEI
Subjt:  WSQFPGNDLFDTQSQFERREPPFKRARNSEENQSPPYPPPNSRAHPQNAPVN--KGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPNWQEI

Query:  VGIREDDQPVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSD
        V   E+++          +++                      K + C+KFY  E CPYGE C FLH       D++ R RES AIS+G  G     G  
Subjt:  VGIREDDQPVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSD

Query:  SSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNA---------KPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLY-------LGREGEVSN--TAFNVQPQVVAM
        S         S+S        G +         KPS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL  +        G++G   N  T   VQ      
Subjt:  SSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNA---------KPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLY-------LGREGEVSN--TAFNVQPQVVAM

Query:  EATSSLATSVP----------------TTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDL
        + T+ L+  VP                ++A+++        KWKG  KI+RIY DW+DD+
Subjt:  EATSSLATSVP----------------TTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 391.6e-7948.55Show/hide
Query:  NDLFDTQSQ---FERREPPFKRARNSEENQSPP---YPPPNSRAHP------QNAPVNKGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPN
        + L ++QSQ    ++ +P  KR R  ++N   P   +P P+S ++P         PVNKG  NIF+KTR+CAKF+ G CRNGE CNFAHG+ED+RQPP N
Subjt:  NDLFDTQSQ---FERREPPFKRARNSEENQSPP---YPPPNSRAHP------QNAPVNKGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPN

Query:  WQEIVG--------------IREDDQPV------SNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNG
        WQEIVG               RE ++P       +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYG+RCNF+HED SKFR+DSG+ RESS IS+G T     + 
Subjt:  WQEIVG--------------IREDDQPV------SNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNG

Query:  SDSSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLGR-EGEVSNTAFNVQPQVV--AMEATSSLATSVPTT
        + S+  E  R  S  V     + G  K  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL   +GR EGE  N   +V  Q V  A EA +    +  T 
Subjt:  SDSSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLGR-EGEVSNTAFNVQPQVV--AMEATSSLATSVPTT

Query:  ALS----EGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDLPLSPSSVSKLE
          S    EG+ K CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  ALS----EGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDLPLSPSSVSKLE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein7.1e-4634.17Show/hide
Query:  WSQFPGNDLFDTQSQFERREPPFKRARNSEENQSPPYPPPNSRAHPQNAPVN--KGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPNWQEI
        W+  P N   D         PP K+ R S         P +S A   +A  N  K I  +FFKT++C KF+ G C     CNFAH VE++R+PPPNWQEI
Subjt:  WSQFPGNDLFDTQSQFERREPPFKRARNSEENQSPPYPPPNSRAHPQNAPVN--KGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPNWQEI

Query:  VGIREDDQPVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSD
        V   E+++          +++                      K + C+KFY  E CPYGE C FLH       D++ R RES AIS+G  G     G  
Subjt:  VGIREDDQPVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSD

Query:  SSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNA---------KPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLY-------LGREGEVSN--TAFNVQPQVVAM
        S         S+S        G +         KPS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL  +        G++G   N  T   VQ      
Subjt:  SSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNA---------KPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLY-------LGREGEVSN--TAFNVQPQVVAM

Query:  EATSSLATSVP----------------TTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDL
        + T+ L+  VP                ++A+++        KWKG  KI+RIY DW+DD+
Subjt:  EATSSLATSVP----------------TTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein7.2e-0660Show/hide
Query:  KTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQ
        KT+LC KW+ TG CP+G+ C FAHG  EL+
Subjt:  KTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQ

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein7.2e-0660Show/hide
Query:  KTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQ
        KT+LC KW+ TG CP+G+ C FAHG  EL+
Subjt:  KTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQ

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein1.2e-2428.89Show/hide
Query:  INNIFFKTRICAKFKLGLC-RNGETCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQPVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFR
        I   FFKT++C KF+ G C  +  +C+FAH  E++R    PPPNWQE V                                                   
Subjt:  INNIFFKTRICAKFKLGLC-RNGETCNFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQPVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFR

Query:  DDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSDSSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLG-----------
         ++ R RES A+S+G  G                    +V+   +S        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL  + G           
Subjt:  DDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSDSSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLG-----------

Query:  -------REGEVSNTAFNVQPQVVAMEATSSLATSVPTTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDL
               + G+V      V P  V+ + TSS  T  P    ++        KWKG  KI+R+Y DW+DD+
Subjt:  -------REGEVSNTAFNVQPQVVAMEATSSLATSVPTTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.2e-8048.55Show/hide
Query:  NDLFDTQSQ---FERREPPFKRARNSEENQSPP---YPPPNSRAHP------QNAPVNKGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPN
        + L ++QSQ    ++ +P  KR R  ++N   P   +P P+S ++P         PVNKG  NIF+KTR+CAKF+ G CRNGE CNFAHG+ED+RQPP N
Subjt:  NDLFDTQSQ---FERREPPFKRARNSEENQSPP---YPPPNSRAHP------QNAPVNKGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAHGVEDMRQPPPN

Query:  WQEIVG--------------IREDDQPV------SNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNG
        WQEIVG               RE ++P       +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYG+RCNF+HED SKFR+DSG+ RESS IS+G T     + 
Subjt:  WQEIVG--------------IREDDQPV------SNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNG

Query:  SDSSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLGR-EGEVSNTAFNVQPQVV--AMEATSSLATSVPTT
        + S+  E  R  S  V     + G  K  +WKT+LC K++ITG CPFG+KCHFAHGQ+EL   +GR EGE  N   +V  Q V  A EA +    +  T 
Subjt:  SDSSYSEPIRAASNSVSDAFRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLGR-EGEVSNTAFNVQPQVV--AMEATSSLATSVPTT

Query:  ALS----EGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDLPLSPSSVSKLE
          S    EG+ K CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  ALS----EGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDLPLSPSSVSKLE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATTCGAGGCTGTGTTATACCCCCGCCTCTGCATTCCCATGGTGCCAATGGCAATGAAACTGATTGCTGGTCTCAGTTTCCCGGGAATGATTTATT
CGACACACAATCACAATTTGAGCGACGAGAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTCCGCCTTATCCGCCGCCAAATTCCAGAGCTCACCCGC
AAAATGCTCCAGTGAATAAAGGGATAAACAATATCTTCTTCAAGACAAGGATCTGTGCAAAATTCAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGAGAAACTTGCAACTTTGCTCAT
GGTGTTGAAGACATGCGACAACCCCCGCCAAATTGGCAAGAAATTGTGGGGATACGTGAGGATGATCAACCCGTTAGCAACTGGAATGATGATCAGAAAATAATCCAGAA
AATGAAGCTGTGTAGGAAGTTTTATATTGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGAGAGGTGCAATTTTCTTCATGAAGATCCTTCTAAATTTAGAGATGATTCTGGTAGGTTTA
GGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACTACAGGAACTCCATTCATGAATGGAAGTGATTCTAGTTATTCTGAACCTATCAGAGCAGCTTCTAATTCTGTTTCTGATGCT
TTTCGATCGAATGGAAATGCGAAGCCTTCATTCTGGAAGACCAAGCTATGCACCAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCTTTTGGTGAAAAGTGTCATTTTGCTCATGG
CCAATCTGAATTACAACTCTATCTTGGACGTGAAGGGGAAGTATCCAACACTGCCTTCAATGTACAGCCTCAAGTTGTGGCCATGGAAGCAACTTCAAGTTTGGCGACAA
GTGTTCCGACCACTGCCCTCTCAGAGGGCCAGGCAAAGCCATGCTTGCTGAAATGGAAAGGCCTCAAAAAGATAAATCGGATCTATGCCGATTGGCTCGATGATTTACCT
CTATCTCCAAGCTCAGTGAGCAAATTGGAGGGATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GACTTCTCGGATTTGAGATTCCATGGTTTTTTTTAGCCATCTCCATCTCTGATTCCTCTAGGGTTTTTCTTTCTCCTTGGCGGCTAGGTTTTTTTTTAATTAATTTTTTT
TTCTCTTTCATTTCCATATAAATTTATACAGCTTTCATTCATACACTTCCGCCATTGTTTCGATTTGATTCCTTCCCCCCATTGATCTCGATTCCGCCGACTTATGCGTT
TTTCGGCGATGTTTTGATCATTGAAACAAACCCTTTTGTTCCCTTTGGCCAATTTGACTTCCTGTTTGTGTTCATCTTTCATTGTTCTGGCGTTTCATCACATCCATTTA
AGCTTTAAGAGTTTGTTTTGTATTTTTTTTTTTGATTTTGGTTGTTTGATTCGTTGTTTTATTGGTTGAAGAGGACTGGGTTTTAGTTTAGAAGATGAATTTCATTGACA
GAATGTTAAAGTGATGTACTTCTATCTTGGATGATGTTTTGATCGTTGAATCAGACCCTTTTGCTCCATTTGGGGAATTCGACTTCGATTTTGATCAATATCGTCTGTGT
TCATCTTTTATTGAATCATTTAGCTTGTTTCTTGCTGTTCTGGCGTTTCATCACATTCGTATAAGCATTGGTTCTGTAAGGACTTTAGATTGAGTTTTTTGGTTGTTTGA
TTGATTGGTTCATTGCTTGAAGGGATTGGGTTTAAGTTAATGAGATGAGTTTCTATAACATAATGTTCCAGTGATTTACCTCTATTGTGCATGACGTCTTGATCATTGAA
ACAGACCCTTTTGTTCCTTTTGGCGAATTCGACTTCAGTTTTGGTTTGTGTTGTCCCTGTTCATCTGTCGTTGAATCATCTTGTTTGTTGTTCTGGTGTTTCATCGCATC
CGAATACACATTGGTTCTGTAAGGGGTTTTGATTGAGTTTTATTGGTTGTTTGATTTATTGTTTCATTGATTGAAGAGGACTGAGTTTAATTTTACAAGATGAGTTTCAA
TGATATTCGAGGCTGTGTTATACCCCCGCCTCTGCATTCCCATGGTGCCAATGGCAATGAAACTGATTGCTGGTCTCAGTTTCCCGGGAATGATTTATTCGACACACAAT
CACAATTTGAGCGACGAGAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTCCGCCTTATCCGCCGCCAAATTCCAGAGCTCACCCGCAAAATGCTCCA
GTGAATAAAGGGATAAACAATATCTTCTTCAAGACAAGGATCTGTGCAAAATTCAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGAGAAACTTGCAACTTTGCTCATGGTGTTGAAGA
CATGCGACAACCCCCGCCAAATTGGCAAGAAATTGTGGGGATACGTGAGGATGATCAACCCGTTAGCAACTGGAATGATGATCAGAAAATAATCCAGAAAATGAAGCTGT
GTAGGAAGTTTTATATTGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGAGAGGTGCAATTTTCTTCATGAAGATCCTTCTAAATTTAGAGATGATTCTGGTAGGTTTAGGGAGAGTTCA
GCTATAAGTATTGGAACTACAGGAACTCCATTCATGAATGGAAGTGATTCTAGTTATTCTGAACCTATCAGAGCAGCTTCTAATTCTGTTTCTGATGCTTTTCGATCGAA
TGGAAATGCGAAGCCTTCATTCTGGAAGACCAAGCTATGCACCAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCTTTTGGTGAAAAGTGTCATTTTGCTCATGGCCAATCTGAAT
TACAACTCTATCTTGGACGTGAAGGGGAAGTATCCAACACTGCCTTCAATGTACAGCCTCAAGTTGTGGCCATGGAAGCAACTTCAAGTTTGGCGACAAGTGTTCCGACC
ACTGCCCTCTCAGAGGGCCAGGCAAAGCCATGCTTGCTGAAATGGAAAGGCCTCAAAAAGATAAATCGGATCTATGCCGATTGGCTCGATGATTTACCTCTATCTCCAAG
CTCAGTGAGCAAATTGGAGGGATGAGTACTAGTTTTGTTTTGAAGTTTGTTTGATAAGCACAATTGATTAGTTTCAATGTGGGAGTCGGGCTGGTGCTTGTTTTCTGAAT
CAAGGAGTGTAGCAAAAAGGTTTTTGCTGAGAGTTTATTTGGGGTATGGATAGAAAGAGAGTGAGGTACATCTTATTGTTTGTTCTCTATTGTTCATTTATTTTGTTATT
TTATATTTGTTTATATCCCACAGAAAACTTGTTTGAGATTTTAATGTCATTCAATATATTCCAGCAATTTTTAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDIRGCVIPPPLHSHGANGNETDCWSQFPGNDLFDTQSQFERREPPFKRARNSEENQSPPYPPPNSRAHPQNAPVNKGINNIFFKTRICAKFKLGLCRNGETCNFAH
GVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQPVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYIGEECPYGERCNFLHEDPSKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPFMNGSDSSYSEPIRAASNSVSDA
FRSNGNAKPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGEKCHFAHGQSELQLYLGREGEVSNTAFNVQPQVVAMEATSSLATSVPTTALSEGQAKPCLLKWKGLKKINRIYADWLDDLP
LSPSSVSKLEG